RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564574.5

CLN3-212, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,159 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-212ENST00000564574 CLSTN1O94985 981 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 LINC00271P0C7V0 271 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SLC9A1P19634 815 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 AARSP49588 968 aaKnown RBP eCLIP22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 MRE11P49959 708 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SCARA3Q6AZY7 606 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 CD300LGQ6UXG3 332 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SLC39A11Q8N1S5 342 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 C3orf58Q8NDZ4 430 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 MARCH5Q9NX47 278 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 GDAP2Q9NXN4 497 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 STK39Q9UEW8 545 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SIK3Q9Y2K2 1263 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 TADA2AO75478 443 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 PBX1P40424 430 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 TNNC1P63316 161 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 ELAVL2Q12926 359 aaKnown RBP22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 WDR72Q3MJ13 1102 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 RABGGTAQ92696 567 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 MRFAP1L1Q96HT8 127 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 IGSF21Q96ID5 467 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 PCMTD1Q96MG8 357 aaPredicted RBP22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 PI4K2AQ9BTU6 479 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 LSM14BQ9BX40 385 aaKnown RBP22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 PLVAPQ9BX97 442 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 PBX4Q9BYU1 374 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SPG21Q9NZD8 308 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-212ENST00000564574 SPTLC1O15269 473 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CA3P07451 260 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 RFX1P22670 979 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TBXAS1P24557 533 aaPredicted RBP22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 BMPR1AP36894 532 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ZNF75DP51815 510 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SMYD5Q6GMV2 418 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 DSTYKQ6XUX3 929 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 DPH6Q7L8W6 267 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 IQCDQ96DY2 449 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TMEM169Q96HH4 297 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SUSD3Q96L08 255 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NIF3L1Q9GZT8 377 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FAM124BQ9H5Z6 455 aaPredicted RBP22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 APOBEC3GQ9HC16 384 aaKnown RBP22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 APEX2Q9UBZ4 518 aa22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 YBX2Q9Y2T7 364 aaKnown RBP22.14■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TSC2P49815 1807 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP22.13■■□□□ 1.133e-9■■■■■ 164.7
CLN3-212ENST00000564574 ITIH6Q6UXX5 1313 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NT5C1B-RDH14C9J2C7 533 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 M0QZQ0 153 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 LRRN2O75325 713 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 RB1P06400 928 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FAM163BP0C2L3 166 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 MYOGP15173 224 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PBX3P40426 434 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 GCNT1Q02742 428 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TIGD5Q53EQ6 642 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SPOPLQ6IQ16 392 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FUT10Q6P4F1 479 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TOP6BLQ8N6T0 577 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NEK11Q8NG66 645 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SENP8Q96LD8 212 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SIX2Q9NPC8 291 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FBXL5Q9UKA1 691 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SNX9Q9Y5X1 595 aa22.13■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 C5orf67F2Z3F1 127 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 HUS1O60921 280 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ITGB1P05556 798 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ODC1P11926 461 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CTNNB1P35222 781 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PBX2P40425 430 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 BRCC3P46736 316 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PLCB3Q01970 1234 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 LRMPQ12912 555 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 LRIT3Q3SXY7 679 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 KLHDC7AQ5VTJ3 777 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 DPY19L2P1Q6NXN4 242 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ENOSF1Q7L5Y1 443 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SPATA18Q8TC71 538 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 HASPINQ8TF76 798 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TATDN2Q93075 761 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TGS1Q96RS0 853 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NUP58Q9BVL2 599 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CYP3A43Q9HB55 503 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NXF1Q9UBU9 619 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 DSEQ9UL01 958 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PCDHB8Q9UN66 801 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PLXNA4Q9HCM2 1894 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 F8W810 466 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CYB561D2O14569 222 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SYN3O14994 580 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 EFEMP2O95967 443 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TYMPP19971 482 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ASPAP45381 313 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 KLK7P49862 253 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ERVK-21P61565 698 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 YWHAEP62258 255 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 KRT17Q04695 432 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CUL2Q13617 745 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FIGNQ5HY92 759 aa22.11■■□□□ 1.13
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