RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564574.5

CLN3-212, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,159 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-212ENST00000564574 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-212ENST00000564574 ARHGAP23Q9P227 1491 aa29.79■■■□□ 2.36
CLN3-212ENST00000564574 TMEM2Q9UHN6 1383 aa29.77■■■□□ 2.36
CLN3-212ENST00000564574 STAC3Q96MF2 364 aa29.77■■■□□ 2.36
CLN3-212ENST00000564574 RIMS2Q9UQ26 1411 aa29.76■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 ZFYVE9O95405 1425 aa29.75■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 HDGFP51858 240 aaKnown RBP29.75■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 L3MBTL2Q969R5 705 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 MYOM2P54296 1465 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP29.73■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 DCAF11Q8TEB1 546 aa29.7■■■□□ 2.35
CLN3-212ENST00000564574 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP29.69■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 VGFO15240 615 aaPredicted RBP29.68■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 EID1Q9Y6B2 187 aa29.68■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 HSPA2P54652 639 aa29.67■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP29.66■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 NRXN1Q9ULB1 1477 aa29.65■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP29.64■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 ANKLE2Q86XL3 938 aa29.64■■■□□ 2.34
CLN3-212ENST00000564574 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP29.63■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 TXNDC2Q86VQ3 553 aa29.63■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa29.62■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 LTKP29376 864 aa29.6■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa29.59■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 PIK3C2GO75747 1445 aa29.58■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP29.58■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 PRAG1Q86YV5 1406 aa29.58■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa29.58■■■□□ 2.33
CLN3-212ENST00000564574 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa29.57■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 MED14O60244 1454 aa29.57■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa29.57■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 LAMC1P11047 1609 aa29.56■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 STRCQ7RTU9 1775 aa29.54■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 IQGAP1P46940 1657 aa29.54■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa29.54■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP29.52■■■□□ 2.32
CLN3-212ENST00000564574 TRPM1Q7Z4N2 1603 aa29.51■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 DIP2AQ14689 1571 aa29.51■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa29.5■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 FBXO41Q8TF61 875 aa29.48■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 ALKQ9UM73 1620 aa29.48■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 NBPF8Q3BBV2 869 aa29.47■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 BCANQ96GW7 911 aa29.46■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa29.45■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 RALGAPBQ86X10 1494 aa29.45■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP29.45■■■□□ 2.31
CLN3-212ENST00000564574 CFAP70Q5T0N1 1121 aa29.41■■■□□ 2.3
CLN3-212ENST00000564574 TBX22Q9Y458 520 aa29.41■■■□□ 2.3
CLN3-212ENST00000564574 DMRT2Q9Y5R5 561 aa29.38■■■□□ 2.29
CLN3-212ENST00000564574 ADGRB1O14514 1584 aa29.37■■■□□ 2.29
CLN3-212ENST00000564574 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa29.36■■■□□ 2.29
CLN3-212ENST00000564574 SLC26A8Q96RN1 970 aa29.36■■■□□ 2.29
CLN3-212ENST00000564574 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP29.36■■■□□ 2.29
CLN3-212ENST00000564574 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP29.36■■■□□ 2.29
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CLN3-212ENST00000564574 PIK3R4Q99570 1358 aa29.36■■■□□ 2.29
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CLN3-212ENST00000564574 NBPF1Q3BBV0 1214 aa29.32■■■□□ 2.28
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CLN3-212ENST00000564574 KNDC1Q76NI1 1749 aa29.3■■■□□ 2.28
CLN3-212ENST00000564574 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP29.28■■■□□ 2.28
CLN3-212ENST00000564574 TMEM132EQ6IEE7 984 aa29.27■■■□□ 2.28
CLN3-212ENST00000564574 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP29.26■■■□□ 2.28
CLN3-212ENST00000564574 CERKQ8TCT0 537 aa29.26■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 CARD11Q9BXL7 1154 aa29.26■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 NWD1Q149M9 1564 aa29.26■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP29.25■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 PTPRUQ92729 1446 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 DLC1Q96QB1 1528 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 ABCC11Q96J66 1382 aa29.23■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 TECPR2O15040 1411 aa29.22■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 CPS1P31327 1500 aa29.21■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 ARHGEF28Q8N1W1 1705 aaKnown RBP29.21■■■□□ 2.27
CLN3-212ENST00000564574 KCNA6P17658 529 aa29.19■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP29.18■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa29.18■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 PTCH1Q13635 1447 aa29.17■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 SIRT1Q96EB6 747 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 STK26Q9P289 416 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP29.16■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 STRCP1A6NGW2 1772 aa29.16■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 TRAK1Q9UPV9 953 aa29.15■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 USP47Q96K76 1375 aa29.14■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 FAM135BQ49AJ0 1406 aa29.14■■■□□ 2.26
CLN3-212ENST00000564574 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP29.11■■■□□ 2.25
CLN3-212ENST00000564574 ROBO2Q9HCK4 1378 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-212ENST00000564574 QRICH2Q9H0J4 1663 aa29.08■■■□□ 2.25
CLN3-212ENST00000564574 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP29.07■■■□□ 2.24
CLN3-212ENST00000564574 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP29.06■■■□□ 2.24
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CLN3-212ENST00000564574 PRAM1Q96QH2 718 aa29.04■■■□□ 2.24
CLN3-212ENST00000564574 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP29.02■■■□□ 2.24
CLN3-212ENST00000564574 SBNO2Q9Y2G9 1366 aa29.01■■■□□ 2.24
CLN3-212ENST00000564574 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa29.01■■■□□ 2.23
CLN3-212ENST00000564574 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa29.01■■■□□ 2.23
CLN3-212ENST00000564574 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa29.01■■■□□ 2.23
CLN3-212ENST00000564574 WAPLQ7Z5K2 1190 aa29■■■□□ 2.23
CLN3-212ENST00000564574 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP29■■■□□ 2.23
CLN3-212ENST00000564574 LTBP4Q8N2S1 1624 aa29■■■□□ 2.23
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