RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561187.1

SNRPA1-215, Transcript of small nuclear ribonucleoprotein polypeptide A', human

TSL 2

Gene SNRPA1, Length 509 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNRPA1-215	ENST00000561187		E9PCH4	1651 aa		41.49	■■■■■ 4.23
SNRPA1-215	ENST00000561187	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	41.47	■■■■■ 4.23
SNRPA1-215	ENST00000561187	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	41.47	■■■■■ 4.23
SNRPA1-215	ENST00000561187	TMEM94	Q12767	1356 aa		41.45	■■■■■ 4.23
SNRPA1-215	ENST00000561187	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		41.44	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		41.43	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		41.43	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	41.42	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	ZFYVE9	O95405	1425 aa		41.42	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	KCNA6	P17658	529 aa		41.41	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	NUP155	O75694	1391 aa		41.39	■■■■■ 4.22
SNRPA1-215	ENST00000561187	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	41.37	■■■■■ 4.21
SNRPA1-215	ENST00000561187	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	41.36	■■■■■ 4.21
SNRPA1-215	ENST00000561187	NWD1	Q149M9	1564 aa		41.36	■■■■■ 4.21
SNRPA1-215	ENST00000561187	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		41.34	■■■■■ 4.21
SNRPA1-215	ENST00000561187	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	41.31	■■■■■ 4.2
SNRPA1-215	ENST00000561187	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	41.3	■■■■■ 4.2
SNRPA1-215	ENST00000561187	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	41.23	■■■■■ 4.19
SNRPA1-215	ENST00000561187	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	41.21	■■■■■ 4.19
SNRPA1-215	ENST00000561187	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		41.2	■■■■■ 4.19
SNRPA1-215	ENST00000561187	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	41.19	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		41.18	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	MSH6	P52701	1360 aa		41.17	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		41.15	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		41.15	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	41.15	■■■■■ 4.18
SNRPA1-215	ENST00000561187	TBX22	Q9Y458	520 aa		41.11	■■■■■ 4.17
SNRPA1-215	ENST00000561187	DIP2A	Q14689	1571 aa		41.08	■■■■■ 4.17
SNRPA1-215	ENST00000561187	C14orf37	Q86TY3	774 aa		41.07	■■■■■ 4.17
SNRPA1-215	ENST00000561187	NAIP	Q13075	1403 aa		41.04	■■■■■ 4.16
SNRPA1-215	ENST00000561187	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	41.03	■■■■■ 4.16
SNRPA1-215	ENST00000561187	TRPM2	O94759	1503 aa		41.01	■■■■■ 4.16
SNRPA1-215	ENST00000561187	SLAIN2	Q9P270	581 aa		41	■■■■■ 4.15
SNRPA1-215	ENST00000561187	CLTCL1	P53675	1640 aa		41	■■■■■ 4.15
SNRPA1-215	ENST00000561187	PTPRU	Q92729	1446 aa		40.97	■■■■■ 4.15
SNRPA1-215	ENST00000561187	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		40.96	■■■■■ 4.15
SNRPA1-215	ENST00000561187	PHLPP1	O60346	1717 aa		40.96	■■■■■ 4.15
SNRPA1-215	ENST00000561187	PIK3R4	Q99570	1358 aa		40.94	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		40.93	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	40.91	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	TRIM52	Q96A61	297 aa		40.91	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	40.9	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		40.89	■■■■■ 4.14
SNRPA1-215	ENST00000561187	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		40.87	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	HFM1	A2PYH4	1435 aa		40.85	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		40.85	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	40.84	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	ATF3	P18847	181 aa		40.83	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	KIF1B	O60333	1816 aa		40.83	■■■■■ 4.13
SNRPA1-215	ENST00000561187	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		40.81	■■■■■ 4.12
SNRPA1-215	ENST00000561187	MET	P08581	1390 aa		40.81	■■■■■ 4.12
SNRPA1-215	ENST00000561187	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	40.8	■■■■■ 4.12
SNRPA1-215	ENST00000561187	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		40.8	■■■■■ 4.12
SNRPA1-215	ENST00000561187	JCAD	Q9P266	1359 aa		40.76	■■■■■ 4.12
SNRPA1-215	ENST00000561187	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	40.75	■■■■■ 4.11
SNRPA1-215	ENST00000561187	POTEA	Q6S8J7	498 aa		40.7	■■■■■ 4.11
SNRPA1-215	ENST00000561187	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	40.68	■■■■■ 4.1
SNRPA1-215	ENST00000561187	FOXD1	Q16676	465 aa		40.68	■■■■■ 4.1
SNRPA1-215	ENST00000561187	BRINP3	Q76B58	766 aa		40.65	■■■■■ 4.1
SNRPA1-215	ENST00000561187	DCC	P43146	1447 aa		40.64	■■■■■ 4.1
SNRPA1-215	ENST00000561187	LRP6	O75581	1613 aa		40.62	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		40.62	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	MST1R	Q04912	1400 aa		40.6	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		40.6	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		40.59	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	40.57	■■■■■ 4.09
SNRPA1-215	ENST00000561187	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	40.55	■■■■■ 4.08
SNRPA1-215	ENST00000561187	PPL	O60437	1756 aa		40.54	■■■■■ 4.08
SNRPA1-215	ENST00000561187	SHPRH	Q149N8	1683 aa		40.54	■■■■■ 4.08
SNRPA1-215	ENST00000561187	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	40.54	■■■■■ 4.08
SNRPA1-215	ENST00000561187	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		40.51	■■■■■ 4.08
SNRPA1-215	ENST00000561187	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	40.5	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		40.48	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		40.47	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	40.47	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	40.47	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	40.47	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	PTCH1	Q13635	1447 aa		40.47	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		40.46	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		40.45	■■■■■ 4.07
SNRPA1-215	ENST00000561187	RGL3	Q3MIN7	710 aa		40.42	■■■■■ 4.06
SNRPA1-215	ENST00000561187	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		40.4	■■■■■ 4.06
SNRPA1-215	ENST00000561187	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		40.38	■■■■■ 4.05
SNRPA1-215	ENST00000561187	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		40.37	■■■■■ 4.05
SNRPA1-215	ENST00000561187	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		40.37	■■■■■ 4.05
SNRPA1-215	ENST00000561187	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		40.32	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	40.29	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		40.29	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	40.29	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	ORAI2	Q96SN7	254 aa		40.29	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	IFT172	Q9UG01	1749 aa		40.29	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		40.27	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	STK26	Q9P289	416 aa		40.27	■■■■■ 4.04
SNRPA1-215	ENST00000561187	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		40.22	■■■■■ 4.03
SNRPA1-215	ENST00000561187	AFF2	P51816	1311 aa		40.21	■■■■■ 4.03
SNRPA1-215	ENST00000561187	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		40.19	■■■■■ 4.02
SNRPA1-215	ENST00000561187	C8orf37	Q96NL8	207 aa		40.19	■■■■■ 4.02
SNRPA1-215	ENST00000561187	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		40.17	■■■■■ 4.02
SNRPA1-215	ENST00000561187	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		40.17	■■■■■ 4.02
SNRPA1-215	ENST00000561187	LAMC1	P11047	1609 aa		40.16	■■■■■ 4.02

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