RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540445.5

LMO3-222, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 2 BASIC

Gene LMO3, Length 906 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-222	ENST00000540445	PIP4K2B	P78356	416 aa		13.71	□□□□□ -0.21
LMO3-222	ENST00000540445	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	13.7	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		13.7	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		13.68	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	BCAN	Q96GW7	911 aa		13.68	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		13.67	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	KCNA6	P17658	529 aa		13.66	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		13.66	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	NUP155	O75694	1391 aa		13.66	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
LMO3-222	ENST00000540445	TMEM94	Q12767	1356 aa		13.64	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	DIP2A	Q14689	1571 aa		13.63	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	13.62	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	NAIP	Q13075	1403 aa		13.62	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		13.62	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	ROBO1	Q9Y6N7	1651 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	SOCS7	O14512	581 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	KIF1B	O60333	1816 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	CLTCL1	P53675	1640 aa		13.61	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	ABCF1	Q8NE71	845 aa	Known RBP eCLIP	13.6	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	TBX22	Q9Y458	520 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	TRIM52	Q96A61	297 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	TRPM2	O94759	1503 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		13.58	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	PIK3R4	Q99570	1358 aa		13.58	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		13.56	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	HFM1	A2PYH4	1435 aa		13.56	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		13.55	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	MSH6	P52701	1360 aa		13.55	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	PTPRU	Q92729	1446 aa		13.55	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	PHLPP1	O60346	1717 aa		13.54	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
LMO3-222	ENST00000540445	PPL	O60437	1756 aa		13.51	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	SLAIN2	Q9P270	581 aa		13.49	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	C14orf37	Q86TY3	774 aa		13.48	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		13.48	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		13.47	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	MET	P08581	1390 aa		13.46	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		13.46	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	RGS17	Q9UGC6	210 aa	Predicted RBP	13.46	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	IFT172	Q9UG01	1749 aa		13.46	□□□□□ -0.25
LMO3-222	ENST00000540445	DCC	P43146	1447 aa		13.46	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	SHPRH	Q149N8	1683 aa		13.45	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	NHSL1	Q5SYE7	1610 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	FOXD1	Q16676	465 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	JCAD	Q9P266	1359 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	MST1R	Q04912	1400 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	ATF3	P18847	181 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	ASXL1	Q8IXJ9	1541 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-222	ENST00000540445	PTCH1	Q13635	1447 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	BRINP3	Q76B58	766 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	LRP6	O75581	1613 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	LAMC1	P11047	1609 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	RGL3	Q3MIN7	710 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	POTEA	Q6S8J7	498 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-222	ENST00000540445	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		13.32	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		13.32	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	TECPR2	O15040	1411 aa		13.31	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	PIK3C2G	O75747	1445 aa		13.3	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		13.3	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		13.29	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	13.28	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		13.28	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		13.27	□□□□□ -0.28
LMO3-222	ENST00000540445	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	13.27	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	STK26	Q9P289	416 aa		13.27	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	MYOM2	P54296	1465 aa		13.27	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29

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