RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555617.5

ABCD4-222, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 4

Gene ABCD4, Length 542 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-222	ENST00000555617	AKT3	Q9Y243	479 aa		12.81	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	COL1A2	P08123	1366 aa		12.81	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ORC4	O43929	436 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	DHX16	O60231	1041 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	HBP1	O60381	514 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ITGB6	P18564	788 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	RTP5	Q14D33	572 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	IGFBP7	Q16270	282 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	FAM26E	Q8N5C1	309 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	SNRNP27	Q8WVK2	155 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	CNOT6L	Q96LI5	555 aa	Known RBP	12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	NAPB	Q9H115	298 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PCDHB2	Q9Y5E7	798 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ARID2	Q68CP9	1835 aa		12.8	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	CSMD2	Q7Z408	3487 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PTPN2	P17706	415 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ATP5J	P18859	108 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	TEAD2	Q15562	447 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PSMD5	Q16401	504 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PTPRN	Q16849	979 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	YAF2	Q8IY57	180 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	GPRASP2	Q96D09	838 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	MTMR8	Q96EF0	704 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		12.79	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	IGKV6D-21	A0A0A0MT36	114 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	FGR	P09769	529 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	HOXD12	P35452	270 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	CREM	Q03060	361 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	STXBP5	Q5T5C0	1151 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	NLRX1	Q86UT6	975 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	CCDC60	Q8IWA6	550 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	RHPN1	Q8TCX5	695 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	HASPIN	Q8TF76	798 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	LGMN	Q99538	433 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	SEPT3	Q9UH03	358 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	TMEM131	Q92545	1883 aa		12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	ANKHD1	Q8IWZ3	2542 aa	Known RBP	12.78	□□□□□ -0.36
ABCD4-222	ENST00000555617	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TRIM66	O15016	1216 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	GNAT2	P19087	354 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	OR1D2	P34982	312 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	DRP2	Q13474	957 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	RAB33A	Q14088	237 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	MAP7D1	Q3KQU3	841 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	LINC00303	Q3SY05	128 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ZSCAN25	Q6NSZ9	544 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TRMT1L	Q7Z2T5	733 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	MRPL10	Q7Z7H8	261 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	SAMD3	Q8N6K7	520 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	CEP76	Q8TAP6	659 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ZFP42	Q96MM3	310 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	12.77	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	HIVEP3	Q5T1R4	2406 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	MICAL2	O94851	1124 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	CCNE2	O96020	404 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	COL8A1	P27658	744 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	SCNN1G	P51170	649 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	VAC14	Q08AM6	782 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	GRIK2	Q13002	908 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TBC1D25	Q3MII6	688 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	UBXN11	Q5T124	520 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	C6orf118	Q5T5N4	469 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	SHKBP1	Q8TBC3	707 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	RNF39	Q9H2S5	420 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	HPS4	Q9NQG7	708 aa		12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	FNDC3A	Q9Y2H6	1198 aa	Known RBP	12.76	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ARHGEF37	A1IGU5	675 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ATG7	O95352	703 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	RNF224	P0DH78	156 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TARDBP	Q13148	414 aa	Known RBP eCLIP	12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	USP49	Q70CQ1	688 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	PDZD4	Q76G19	769 aa	Predicted RBP	12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	TTC30A	Q86WT1	665 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	CEP57	Q86XR8	500 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	SLC41A1	Q8IVJ1	513 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	KANSL3	Q9P2N6	904 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		12.75	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ANO9	A1A5B4	782 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	SYP	P08247	313 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	MLH1	P40692	756 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	RAB27A	P51159	221 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	GALK1	P51570	392 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	FOXK1	P85037	733 aa		12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	12.74	□□□□□ -0.37
ABCD4-222	ENST00000555617	MTMR1	Q13613	665 aa		12.74	□□□□□ -0.37

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