RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636839.1

CLN3-250, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 2,018 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-250ENST00000636839 TOM1L1O75674 476 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 KRT9P35527 623 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 POU5F1BQ06416 359 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CYP24A1Q07973 514 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ATF7IP2Q5U623 682 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TSHZ1Q6ZSZ6 1077 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TMX1Q9H3N1 280 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PTPRHQ9HD43 1115 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GTF2IRD1Q9UHL9 959 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CAPN11Q9UMQ6 739 aa21.89■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 FAM189A1O60320 539 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PON1P27169 355 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CST5P28325 142 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 SLFN12LQ6IEE8 588 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 IFNLR1Q8IU57 520 aaPredicted RBP21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PARD3BQ8TEW8 1205 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TMEM40Q8WWA1 233 aa21.88■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 LRRIQ3A6PVS8 624 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MAPK13O15264 365 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 DLATP10515 647 aaKnown RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PRMT2P55345 433 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PPP2R3AQ06190 1150 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TMEM132AQ24JP5 1023 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 LMBRD2Q68DH5 695 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CEP120Q8N960 986 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 VTI1AQ96AJ9 217 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 UNC93B1Q9H1C4 597 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP21.87■■□□□ 1.096e-9■■■■■ 134.6
CLN3-250ENST00000636839 ABHD10Q9NUJ1 306 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PTPN22Q9Y2R2 807 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ZNF233A6NK53 670 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ARF4P18085 180 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PROZP22891 400 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ACLYP53396 1101 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 OSTNP61366 133 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 EXOC3L4Q17RC7 722 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 RNF180Q86T96 592 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 NLRC4Q9NPP4 1024 aa21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PRMT7Q9NVM4 692 aaPredicted RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 LUC7L2Q9Y383 392 aaKnown RBP21.87■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MTFR1Q15390 333 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GJB7Q6PEY0 223 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TMEM192Q8IY95 271 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ELMO3Q96BJ8 720 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 BAG1Q99933 345 aaPredicted RBP21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PDE11AQ9HCR9 933 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GCNT4Q9P109 453 aa21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 AJAP1Q9UKB5 411 aaPredicted RBP21.86■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TSPAN1O60635 241 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MCL1Q07820 350 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TRIM14Q14142 442 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 FAM187BQ17R55 369 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 E4F1Q66K89 784 aaPredicted RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ZNF410Q86VK4 478 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CNGA4Q8IV77 575 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 THNSL1Q8IYQ7 743 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PCSK9Q8NBP7 692 aaKnown RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 NEK11Q8NG66 645 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 KIAA1524Q8TCG1 905 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ZNF516Q92618 1163 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 NUP58Q9BVL2 599 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TMEM117Q9H0C3 514 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 SIX2Q9NPC8 291 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PTPRJQ12913 1337 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TPM1P09493 284 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GNAT1P11488 350 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 POLR2FP61218 127 aaKnown RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MTF1Q14872 753 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ZNF568Q3ZCX4 644 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 SCARA3Q6AZY7 606 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MPZL3Q6UWV2 235 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GBP6Q6ZN66 633 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PANX2Q96RD6 677 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CDT1Q9H211 546 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GANQ9H2C0 597 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 PDZD7Q9H5P4 517 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 RBAKQ9NYW8 714 aaPredicted RBP21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TNFSF13BQ9Y275 285 aa21.85■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MYL7Q01449 175 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 NOLC1Q14978 699 aaKnown RBP eCLIP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 BAP1Q92560 729 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 XRN2Q9H0D6 950 aaKnown RBP eCLIP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 SOWAHDA6NJG2 315 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 DARSP14868 501 aaKnown RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MCCD1P59942 119 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 ITGA7Q13683 1181 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 FIGNQ5HY92 759 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 WDR59Q6PJI9 974 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 SRGAP1Q7Z6B7 1085 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 LMO3Q8TAP4 145 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CHP1Q99653 195 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 GCOM2Q9BZD3 368 aaPredicted RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TRMT13Q9NUP7 481 aaKnown RBP21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 CNTNAP2Q9UHC6 1331 aa21.84■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 MSNP26038 577 aaKnown RBP21.83■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 HOXA11P31270 313 aaPredicted RBP21.83■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 KLHDC7AQ5VTJ3 777 aa21.83■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 TRIM65Q6PJ69 517 aa21.83■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 RRAGAQ7L523 313 aa21.83■■□□□ 1.09
CLN3-250ENST00000636839 OR8K1Q8NGG5 319 aa21.83■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.8 ms