RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	ADO	Q96SZ5	270 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ENKD1	Q9H0I2	346 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CDH19	Q9H159	772 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	EPC1	Q9H2F5	836 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	SAP30BP	Q9UHR5	308 aa	Known RBP	5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	SCOC	Q9UIL1	159 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF180	Q9UJW8	692 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	LUC7L2	Q9Y383	392 aa	Known RBP	5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TESMIN	Q9Y4I5	508 aa		5.43	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	XPOT	O43592	962 aa	Known RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TSPAN6	O43657	245 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA12	O60330	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	MFAP3L	O75121	409 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ITGA10	O75578	1167 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ENDOD1	O94919	500 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ABLIM3	O94929	683 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF20	P17024	532 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GNAT2	P19087	354 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CASR	P41180	1078 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	BUD31	P41223	144 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	MCAM	P43121	646 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	SLC16A1	P53985	500 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ELAVL1	Q15717	326 aa	Known RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	APBB1IP	Q7Z5R6	666 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	WWC2-AS2	Q96NR7	200 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	BCO1	Q9HAY6	547 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TCF7L1	Q9HCS4	588 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	AURKAIP1	Q9NWT8	199 aa	Predicted RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	IP6K2	Q9UHH9	426 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TSC22D4	Q9Y3Q8	395 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA9	Q9Y5G4	932 aa	Known RBP	5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA8	Q9Y5G5	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA7	Q9Y5G6	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA3	Q9Y5H0	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHGA2	Q9Y5H1	932 aa		5.42	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	HOXA3	O43365	443 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	RFPL1	O75677	317 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	MGAT2	Q10469	447 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL49	Q13405	166 aa	Known RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	LRRC41	Q15345	812 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM240	Q5SV17	173 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454		Q6ZSN1	163 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GSPT2	Q8IYD1	628 aa	Known RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CPA6	Q8N4T0	437 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF808	Q8N4W9	903 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	OR7D4	Q8NG98	312 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	JPH3	Q8WXH2	748 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	KRTAP3-1	Q9BYR8	98 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	HECA	Q9UBI9	543 aa	Predicted RBP	5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CLCA2	Q9UQC9	943 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ANKRD6	Q9Y2G4	727 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GIT1	Q9Y2X7	761 aa		5.41	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	NDUFS2	O75306	463 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	SCGB1D2	O95969	90 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	VCAM1	P19320	739 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	PER3	P56645	1201 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	APBA1	Q02410	837 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ODF1	Q14990	250 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	R3HDM1	Q15032	1099 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	DBX2	Q6ZNG2	339 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	DOK3	Q7L591	496 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	FAM83A	Q86UY5	434 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	WDR75	Q8IWA0	830 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	MDGA1	Q8NFP4	955 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	ST8SIA2	Q92186	375 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	JADE3	Q92613	823 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GPR20	Q99678	358 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	TRPS1	Q9UHF7	1281 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	DNM3	Q9UQ16	869 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLK1-208	ENST00000464454		B5MCH6	92 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	C1QTNF3-AMACR	E9PGA6	284 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	ACRV1	P26436	265 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	ADSL	P30566	484 aa	Predicted RBP	5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	WAS	P42768	502 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	5.39	□□□□□ -1.55	3e-7	■■■■■ 27
CLK1-208	ENST00000464454	PPP3CA	Q08209	521 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	CRHR2	Q13324	411 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	NOMO1	Q15155	1222 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	DCAF17	Q5H9S7	520 aa	Predicted RBP	5.39	□□□□□ -1.55
CLK1-208	ENST00000464454	METTL24	Q5JXM2	366 aa		5.39	□□□□□ -1.55

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