RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000534705.5

USP48-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, human

TSL 4

Gene USP48, Length 566 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP48-215	ENST00000534705	EMC7	Q9NPA0	242 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SPTLC3	Q9NUV7	552 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	POLR3B	Q9NW08	1133 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PLA2G3	Q9NZ20	509 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CEP72	Q9P209	647 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705		A0A0A6YYJ9	748 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	BRINP1	O60477	761 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	H2AFY	O75367	372 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	RRAD	P55042	308 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MRPS21	P82921	87 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	HGFAC	Q04756	655 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	NOLC1	Q14978	699 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	LAIR1	Q6GTX8	287 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ESPNL	Q6ZVH7	1005 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	AFAP1L2	Q8N4X5	818 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CFHR4	Q92496	578 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SLC5A5	Q92911	643 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	USP7	Q93009	1102 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	TTC1	Q99614	292 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MYL10	Q9BUA6	226 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SLC2A4RG	Q9NR83	387 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CDC42EP3	Q9UKI2	254 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GRIN2B	Q13224	1484 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SHROOM2	Q13796	1616 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MATN2	O00339	956 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	OPHN1	O60890	802 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ULK1	O75385	1050 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	RHOBTB3	O94955	611 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	KRT4	P19013	534 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ADRA1B	P35368	520 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	STAT5B	P51692	787 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SESN3	P58005	492 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	COL10A1	Q03692	680 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	DDB1	Q16531	1140 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CCDC178	Q5BJE1	867 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	FRMD7	Q6ZUT3	714 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SLC7A6OS	Q96CW6	309 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	DYDC2	Q96IM9	177 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	POFUT1	Q9H488	388 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MTG2	Q9H4K7	406 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MSRA	Q9UJ68	235 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ERICH3	Q5RHP9	1530 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CEP170	Q5SW79	1584 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CUL7	Q14999	1698 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CPE	P16870	476 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GPR15	P49685	360 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GRM7	Q14831	915 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	TBR1	Q16650	682 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MAN2A1	Q16706	1144 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	GAGE13	Q4V321	117 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ATP13A4	Q4VNC1	1196 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705		Q6ZPA2	131 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	RASSF3	Q86WH2	238 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CXorf67	Q86X51	503 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	FERMT2	Q96AC1	680 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	WDR92	Q96MX6	357 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	OSBPL6	Q9BZF3	934 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SYNJ2	O15056	1496 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ARHGEF11	O15085	1522 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ZC3H11B	A0A1B0GUI2	810 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CAPN14	A8MX76	684 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ELL2	O00472	640 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	NEMP1	O14524	444 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MTSS1	O43312	755 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SLC26A4	O43511	780 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PFKM	P08237	780 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ZBTB41	Q5SVQ8	909 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	BROX	Q5VW32	411 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	D2HGDH	Q8N465	521 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CDYL2	Q8N8U2	506 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PPP1R14C	Q8TAE6	165 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	RABGGTA	Q92696	567 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	HIST1H2AH	Q96KK5	128 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	HIST1H2AJ	Q99878	128 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	SLC6A15	Q9H2J7	730 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PCDHB6	Q9Y5E3	794 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MYPN	Q86TC9	1320 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	KDM1A	O60341	852 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	APOL3	O95236	402 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	EYA4	O95677	639 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MANF	P55145	182 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ANTXR2	P58335	489 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	FSTL1	Q12841	308 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	FAP	Q12884	760 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	STRN3	Q13033	797 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CRHR2	Q13324	411 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63

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