RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000561436.1

HERC1-215, Transcript of HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 1, human

TSL 4

Gene HERC1, Length 551 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HERC1-215	ENST00000561436	SNUPN	O95149	360 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SYN1	P17600	705 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PTGS1	P23219	599 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PTX3	P26022	381 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	AOAH	P28039	575 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KRTAP10-2	P60368	255 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PLP2	Q04941	152 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PPP2R5A	Q15172	486 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CATSPERE	Q5SY80	951 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZMAT4	Q9H898	229 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	C14orf119	Q9NWQ9	140 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MKS1	Q9NXB0	559 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MAGEL2	Q9UJ55	1249 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MSRA	Q9UJ68	235 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	EID1	Q9Y6B2	187 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZNF536	O15090	1300 aa		4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CELA3B	P08861	270 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SCAND1	P57086	179 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	NFATC3	Q12968	1075 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CLUL1	Q15846	466 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PTPN21	Q16825	1174 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ESRP1	Q6NXG1	681 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PGM2L1	Q6PCE3	622 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	LGI4	Q8N135	537 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CXorf38	Q8TB03	319 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MAML3	Q96JK9	1138 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	C16orf92	Q96LL3	132 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TUBGCP5	Q96RT8	1024 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	INCENP	Q9NQS7	918 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CHPF2	Q9P2E5	772 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		4.88	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CPS1	P31327	1500 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436		H0Y858	1186 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	GABRD	O14764	452 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CYP7B1	O75881	506 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	APOL3	O95236	402 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MT-CO1	P00395	513 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MTHFD2	P13995	350 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CSF2RB	P32927	897 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	HSPA1L	P34931	641 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KCNQ1	P51787	676 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ERVK-21	P61565	698 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	4.87	□□□□□ -1.63	3e-7	■□□□□ 8.8
HERC1-215	ENST00000561436	CD83	Q01151	205 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PIN1	Q13526	163 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ZFYVE27	Q5T4F4	411 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PRAMEF9	Q5VWM5	478 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SLFN12L	Q6IEE8	588 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436		Q6ZUG5	572 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	GNRHR2	Q96P88	292 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FOXB1	Q99853	325 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SLC13A1	Q9BZW2	595 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TOPORS	Q9NS56	1045 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		4.87	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	C9orf118	A6NHY6	69 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	VCAM1	P19320	739 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RECQL	P46063	649 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	STAT5B	P51692	787 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KRT85	P78386	507 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	SLC6A3	Q01959	620 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MCL1	Q07820	350 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	MAP3K12	Q12852	859 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	BORA	Q6PGQ7	559 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	LARP4	Q71RC2	724 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FAM124A	Q86V42	546 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CXorf67	Q86X51	503 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	KLHL36	Q8N4N3	616 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	HOOK2	Q96ED9	719 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	RAX2	Q96IS3	184 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	CAMKK2	Q96RR4	588 aa		4.86	□□□□□ -1.63
HERC1-215	ENST00000561436	TRIM8	Q9BZR9	551 aa		4.86	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.2 ms