RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568076.6

CLN3-230, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,968 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-230ENST00000568076 ZSWIM2Q8NEG5 633 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 SENP7Q9BQF6 1050 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 TIPINQ9BVW5 301 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 DNAJC12Q9UKB3 198 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 AFG3L2Q9Y4W6 797 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 TARSL2A2RTX5 802 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 SLC16A4O15374 487 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 FTCDO95954 541 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 STAT1P42224 750 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 NCKAP1LP55160 1127 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 PEX3P56589 373 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 MYL7Q01449 175 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 ALKBH5Q6P6C2 394 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 NLRX1Q86UT6 975 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 NSUN6Q8TEA1 469 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 STK33Q9BYT3 514 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 A1CFQ9NQ94 594 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 CYP39A1Q9NYL5 469 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 TCEAL9Q9UHQ7 104 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 PCDHA10Q9Y5I2 948 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 GRID2IPA4D2P6 1211 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP22.09■■□□□ 1.133e-8■■■□□ 15.1
CLN3-230ENST00000568076 EVI5O60447 810 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 SOX5P35711 763 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 ITIH3Q06033 890 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 PRKG1Q13976 671 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 DRAP1Q14919 205 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 NOL9Q5SY16 702 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 FAM102BQ5T8I3 360 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 MMGT1Q8N4V1 131 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 SPATA4Q8NEY3 305 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 LMO3Q8TAP4 145 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 TEX13BQ9BXU2 312 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 SPDYE16A6NNV3 312 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 ZNF862O60290 1169 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 FERP16591 822 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 ANXA13P27216 316 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 MEI1Q5TIA1 1274 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 RDM1Q8NG50 284 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 TSKSQ9UJT2 592 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-230ENST00000568076 MAFGO15525 162 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 STBD1O95210 358 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SMC1AQ14683 1233 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 C1orf220Q5T0J3 134 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 HDXQ7Z353 690 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 PLEKHO2Q8TD55 490 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 ACAD9Q9H845 621 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 HSPBP1Q9NZL4 362 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 TMOD4Q9NZQ9 345 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 GABBR1Q9UBS5 961 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 APEX2Q9UBZ4 518 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 PPP2R3BQ9Y5P8 575 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 ZMYND10O75800 440 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 PHLDB3Q6NSJ2 640 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 DLK2Q6UY11 383 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 INTS8Q75QN2 995 aaKnown RBP22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 GPC2Q8N158 579 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 LNX1Q8TBB1 728 aaPredicted RBP22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 MS4A14Q96JA4 679 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 PACSIN2Q9UNF0 486 aaPredicted RBP22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 KRT13P13646 458 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 VAMP7P51809 220 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 PPP3CAQ08209 521 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 DMTNQ08495 405 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 TERF2Q15554 542 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 XXYLT1Q8NBI6 393 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 TMEM161BQ8NDZ6 487 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SLC30A5Q8TAD4 765 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SYT11Q9BT88 431 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 KIFC3Q9BVG8 833 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 EMSYQ7Z589 1322 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 LRRN2O75325 713 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 USP2O75604 605 aaPredicted RBP22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 NPTX2P47972 431 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SOX10P56693 466 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 KIAA1217Q5T5P2 1943 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 FBXO41Q8TF61 875 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 BSNDQ8WZ55 320 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 ATP8B3O60423 1300 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 OAS2P29728 719 aaKnown RBP22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 ADSSP30520 456 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 CCDC181Q5TID7 509 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 ANKRD63C9JTQ0 380 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 H3BQF6 201 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 MYBL2P10244 700 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 CASP8Q14790 479 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SH3D19Q5HYK7 790 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SWSAP1Q6NVH7 229 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 VPS36Q86VN1 386 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 HDAC7Q8WUI4 952 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 CEP170P1Q96L14 293 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 LRRC1Q9BTT6 524 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 HOXC10Q9NYD6 342 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 TBX20Q9UMR3 447 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 WDR90Q96KV7 1748 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 LCTP09848 1927 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 NFASCO94856 1347 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 CCDC169A6NNP5 214 aa22.04■■□□□ 1.12
CLN3-230ENST00000568076 SORBS3O60504 671 aa22.04■■□□□ 1.12
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