RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428026.6

PTPRU-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type U, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRU, Length 5,550 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRU-204ENST00000428026 NOL8Q76FK4 1167 aaKnown RBP18.18■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 KIAA1211Q6ZU35 1233 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 IPO8O15397 1037 aaKnown RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 CFAP44Q96MT7 982 aa18.17■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 RSPH6AQ9H0K4 717 aa18.16■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD4L5Q5VV16 416 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD4L4Q8WXT5 416 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 GSE1Q14687 1217 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 NPHP1O15259 732 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP18.15■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP18.15■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 GOLGA2Q08379 1002 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 L3MBTL2Q969R5 705 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 PRDM2Q13029 1718 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 RALBP1Q15311 655 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC146Q8IYE0 955 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 PDE4AP27815 886 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 TRAK1Q9UPV9 953 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 USP35Q9P2H5 1018 aa18.12■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 SYNJ1O43426 1573 aa18.11■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP18.11■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP18.1■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 SMC4Q9NTJ3 1288 aa18.1■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 CLSTN1O94985 981 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 AFAP1Q8N556 730 aa18.09■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 PLIN1O60240 522 aa18.08■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP18.08■□□□□ 0.49
PTPRU-204ENST00000428026 CUX1P39880 1505 aa18.08■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 TRIM6-TRIM34B2RNG4 842 aa18.07■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 HSP90B1P14625 803 aaKnown RBP18.07■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC144AA2RUR9 1427 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 EXOC6Q8TAG9 804 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 NOC3LQ8WTT2 800 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP18.04■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 DDX11L8A8MPP1 907 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 VGFO15240 615 aaPredicted RBP18.04■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 CENPJQ9HC77 1338 aaPredicted RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD4L6Q3SYB3 417 aaPredicted RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD4L3Q6VB84 417 aaPredicted RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 FAM161AQ3B820 660 aa18.02■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 SYNJ2O15056 1496 aa18.02■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 FANCIQ9NVI1 1328 aa18.02■□□□□ 0.48
PTPRU-204ENST00000428026 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP18.01■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 MYOM3Q5VTT5 1437 aa18.01■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 TPM4P67936 248 aa18.01■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 TERF2IPQ9NYB0 399 aa18.01■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 DNMBPQ6XZF7 1577 aa18.01■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa18■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 KIF15Q9NS87 1388 aa17.99■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 NLRP13Q86W25 1043 aa17.99■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa17.99■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 PDE3BQ13370 1112 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 CREBRFQ8IUR6 639 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 SLC4A10Q6U841 1118 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 CRBNQ96SW2 442 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 BCL2L13Q9BXK5 485 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 ARHGAP5Q13017 1502 aa17.97■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 ST18O60284 1047 aa17.97■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP17.97■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP17.97■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP17.97■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 PDE4CQ08493 712 aa17.96■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 FAM13BQ9NYF5 915 aa17.96■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 PHF14O94880 888 aa17.96■□□□□ 0.47
PTPRU-204ENST00000428026 RRP1P56182 461 aaKnown RBP17.96■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 TOP2BQ02880 1626 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP17.95■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 KIF21BO75037 1637 aa17.94■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 RAPGEF3O95398 923 aa17.94■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP17.94■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 FGD6Q6ZV73 1430 aa17.94■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 PHLDB1Q86UU1 1377 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 AMPHP49418 695 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF771Q7L3S4 317 aaPredicted RBP17.93■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 ST20-MTHFSA0A0A6YYL1 179 aa17.92■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP17.92■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 HMMRO75330 724 aa17.92■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 UACAQ9BZF9 1416 aa17.92■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 STK31Q9BXU1 1019 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 CCAR2Q8N163 923 aaKnown RBP17.91■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 NCOA2Q15596 1464 aa17.9■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 ZNF592Q92610 1267 aa17.9■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 KIF16BQ96L93 1317 aa17.9■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 ANKRD45Q5TZF3 282 aa17.89■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 COG6Q9Y2V7 657 aa17.89■□□□□ 0.46
PTPRU-204ENST00000428026 SKOR2Q2VWA4 1001 aaPredicted RBP17.89■□□□□ 0.45
PTPRU-204ENST00000428026 CHMP3Q9Y3E7 222 aa17.89■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.6 ms