RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000487284.2

CUX1-209, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

TSL 2

Gene CUX1, Length 1,566 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-209ENST00000487284 SLC12A3P55017 1021 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 SP2Q02086 613 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 EPHA7Q15375 998 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 OLFML2BQ68BL8 750 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 DYMQ7RTS9 669 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 KIAA0895Q8NCT3 520 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 DHTKD1Q96HY7 919 aaPredicted RBP15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 ABHD16BQ9H3Z7 469 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 BCAS3Q9H6U6 928 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 DNM3Q9UQ16 869 aa15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP15.79■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 CENPFP49454 3210 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 CHMP2AO43633 222 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 SERPINC1P01008 464 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 CYP11B2P19099 503 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 UBA1P22314 1058 aaKnown RBP15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 UBASH3AP57075 661 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 PSMC6P62333 389 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 CYP4A11Q02928 519 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 STK4Q13043 487 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 PSMD2Q13200 908 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 TMEM63BQ5T3F8 832 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 TAPT1Q6NXT6 567 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 GPBP1Q86WP2 473 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 SYT2Q8N9I0 419 aaPredicted RBP15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 NEK9Q8TD19 979 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 SCFD2Q8WU76 684 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 TRIB2Q92519 343 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 TBC1D22BQ9NU19 505 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 RGL1Q9NZL6 768 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 DDX41Q9UJV9 622 aaKnown RBP15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 ZHX1Q9UKY1 873 aaPredicted RBP15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 MAPK8IP1Q9UQF2 711 aa15.78■□□□□ 0.12
CUX1-209ENST00000487284 SORBS3O60504 671 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 SLITRK3O94933 977 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 EYA4O95677 639 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 HOXD10P28358 340 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ACVR2BQ13705 512 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 LY6KQ17RY6 165 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCDC144BQ3MJ40 725 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 PRAMEF19Q5SWL8 479 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCDC62Q6P9F0 684 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 DYDC2Q96IM9 177 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 SENP7Q9BQF6 1050 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 NRBP1Q9UHY1 535 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 NFASCO94856 1347 aa15.77■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 FRMD3A2A2Y4 597 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 GNRH1P01148 92 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TGFB3P10600 412 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 IDEP14735 1019 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 PTGS1P23219 599 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCNE1P24864 410 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ADCYAP1R1P41586 468 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 COASYQ13057 564 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ARSHQ5FYA8 562 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TTI2Q6NXR4 508 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 APTXQ7Z2E3 356 aaKnown RBP15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCDC186Q7Z3E2 898 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 INTS13Q9NVM9 706 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 IMPACTQ9P2X3 320 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TELO2Q9Y4R8 837 aa15.76■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 RBM47A0AV96 593 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 GGPS1O95749 300 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCNE2O96020 404 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ZNF865P0CJ78 1059 aaPredicted RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TXNP10599 105 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ELNP15502 786 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 SPAG1Q07617 926 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 IRF5Q13568 498 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CTTNQ14247 550 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TTLL4Q14679 1199 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 ARHGEF6Q15052 776 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 HSP90AA4PQ58FG1 418 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 KCNV1Q6PIU1 500 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CYFIP1Q7L576 1253 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 MIER3Q7Z3K6 550 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 CCDC65Q8IXS2 484 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 GUF1Q8N442 669 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 COPS5Q92905 334 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 P2RX5Q93086 422 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 HPS3Q969F9 1004 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 KCNF1Q9H3M0 494 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 PANK4Q9NVE7 773 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TRIM17Q9Y577 477 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 A0A1B0GTH6 734 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 C11orf97A0A1B0GVM6 126 aaPredicted RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 BICDL2A1A5D9 508 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 TRIM49BA6NDI0 452 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 MSNP26038 577 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 PMS1P54277 932 aaKnown RBP15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 KRT76Q01546 638 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 SP4Q02446 784 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 NEDD9Q14511 834 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 FAM26FQ5R3K3 315 aa15.75■□□□□ 0.11
CUX1-209ENST00000487284 GJC2Q5T442 439 aaPredicted RBP15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.3 ms