RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	GADD45GIP1	Q8TAE8	222 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP6V0A1	Q93050	837 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM122A	Q96E09	287 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ZSCAN16	Q9H4T2	348 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	GJB4	Q9NTQ9	266 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNJ14	Q9UNX9	436 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	AMH	P03971	560 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ICAM3	P32942	547 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ADCY7	P51828	1080 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	ADAM17	P78536	824 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	REST	Q13127	1097 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	GALNT17	Q6IS24	598 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	BRAP	Q7Z569	592 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	BICD2	Q8TD16	824 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	INPP4A	Q96PE3	977 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	C6orf50	Q9HD87	102 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CTSH	P09668	335 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GNA11	P29992	359 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	LEXM	Q3ZCV2	418 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	EPC2	Q52LR7	807 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TRIM50	Q86XT4	487 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM178B	Q8IXR5	827 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CUL5	Q93034	780 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TOP1MT	Q969P6	601 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GBP4	Q96PP9	640 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR20	Q99678	358 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GLT8D2	Q9H1C3	349 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PI4K2B	G5E9Z4	385 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GPR37L1	O60883	481 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	IL9	P15248	144 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	KCNA5	P22460	613 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TYW1B	Q6NUM6	668 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	METTL7B	Q6UX53	244 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	BLID	Q8IZY5	108 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA4	Q9UN74	947 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF318	Q5VUA4	2279 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SMCO2	A6NFE2	343 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607		H3BNC9	293 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CAND2	O75155	1236 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	UPP2	O95045	317 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	HOXD11	P31277	338 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	REXO1	Q8N1G1	1221 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NEK9	Q8TD19	979 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SEPT8	Q92599	483 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	BTBD18	B2RXH4	712 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MEIS2	O14770	477 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FIBP	O43427	364 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	STAM2	O75886	525 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	LINC00271	P0C7V0	271 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NR5A1	Q13285	461 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NEDD9	Q14511	834 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	COL19A1	Q14993	1142 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	USP17L6P	Q6QN14	398 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT25	Q7Z3Z0	450 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	SAMD11	Q96NU1	681 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NOL7	Q9UMY1	257 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ARIH1	Q9Y4X5	557 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	MYH15	Q9Y2K3	1946 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	CHRNA1	P02708	482 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	KRT85	P78386	507 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	ARHGAP4	P98171	946 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	GPM6B	Q13491	265 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	NPY5R	Q15761	445 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	TCEAL5	Q5H9L2	206 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-208	ENST00000437607	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		13.73	□□□□□ -0.21

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