RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000449058.6

TOM1-210, Transcript of target of myb1 membrane trafficking protein, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene TOM1, Length 2,389 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TOM1-210	ENST00000449058	GDF11	O95390	407 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	NR2F2	P24468	414 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	HOXD13	P35453	343 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	KCNH2	Q12809	1159 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	18.64	■□□□□ 0.57	3e-6	■□□□□ 9
TOM1-210	ENST00000449058	SLC18A3	Q16572	532 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	DPY19L2P1	Q6NXN4	242 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	FRMD5	Q7Z6J6	570 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	REEP2	Q9BRK0	252 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	LRRC1	Q9BTT6	524 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	SELENOO	Q9BVL4	669 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ZHX3	Q9H4I2	956 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	LUC7L	Q9NQ29	371 aa	Known RBP	18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	VAV3	Q9UKW4	847 aa		18.64	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	MEIS1	O00470	390 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	JAG1	P78504	1218 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	NAB2	Q15742	525 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	KNOP1	Q1ED39	458 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	USH1G	Q495M9	461 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	SFR1	Q86XK3	245 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ZBTB9	Q96C00	473 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	MSH4	O15457	936 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	BUB1	O43683	1085 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CXCR5	P32302	372 aa		18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	GSPT2	Q8IYD1	628 aa	Known RBP	18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	18.63	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CYP3A4	P08684	503 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	BMP3	P12645	472 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RAPGEF1	Q13905	1077 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	BMT2	Q1RMZ1	405 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	HDAC7	Q8WUI4	952 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TBC1D5	Q92609	795 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	DMGDH	Q9UI17	866 aa	Known RBP	18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	HDAC9	Q9UKV0	1011 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PDXK	O00764	312 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	EPS15	P42566	896 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PSMB7	Q99436	277 aa		18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	18.62	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058		A0A087X0T9	212 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PIK3CD	O00329	1044 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RNF40	O75150	1001 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PHACTR2	O75167	634 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ENTPD3	O75355	529 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	FAM228B	P0C875	321 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PAFAH1B1	P43034	410 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	KLHL30	Q0D2K2	578 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ASIC2	Q16515	512 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ZSCAN26	Q16670	478 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CCDC181	Q5TID7	509 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	SMARCAL1	Q9NZC9	954 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	EHD2	Q9NZN4	543 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RNF14	Q9UBS8	474 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ARMCX3	Q9UH62	379 aa	Predicted RBP	18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	SYNPO2	Q9UMS6	1093 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	GH2	P01242	217 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ACTN2	P35609	894 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	KCTD17	Q8N5Z5	321 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		18.61	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	SMCHD1	A6NHR9	2005 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	MYB	P10242	640 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TAL1	P17542	331 aa	Predicted RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	KLRC1	P26715	233 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	GDAP1L1	Q96MZ0	367 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	AGPS	O00116	658 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	PALM	O75781	387 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	EYA4	O95677	639 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RBM26	Q5T8P6	1007 aa	Known RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	STYK1	Q6J9G0	422 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	IRF2BP2	Q7Z5L9	587 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TDRD3	Q9H7E2	651 aa	Known RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	FAM204A	Q9H8W3	233 aa		18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TYW1	Q9NV66	732 aa	Known RBP	18.6	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ASTN1	O14525	1302 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058		A0A1W2PRG0	241 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RSPH10B	P0C881	870 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TNFRSF8	P28908	595 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	NAP1L1	P55209	391 aa	Known RBP	18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	STIM2	Q9P246	746 aa		18.59	■□□□□ 0.57
TOM1-210	ENST00000449058	ADAMTS1	Q9UHI8	967 aa		18.59	■□□□□ 0.57

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