RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000551691.5

LIMA1-208, Transcript of LIM domain and actin binding 1, human

TSL 3

Gene LIMA1, Length 583 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMA1-208	ENST00000551691	GCC1	Q96CN9	775 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	SLAMF8	Q9P0V8	285 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	ZSWIM5	Q9P217	1185 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	PCDHB10	Q9UN67	800 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	C4B	P0C0L5	1744 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	DOT1L	Q8TEK3	1739 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	ADGRB1	O14514	1584 aa		4.91	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		4.9	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		4.9	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	KDM6A	O15550	1401 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		4.9	□□□□□ -1.62
LIMA1-208	ENST00000551691	TRAF5	O00463	557 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	KRT1	P04264	644 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NME1	P15531	152 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ERVFC1	P60507	584 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NFKB2	Q00653	900 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	LONRF2	Q1L5Z9	754 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GORAB	Q5T7V8	394 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	PRAMEF13	Q5VWM6	474 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	KRT26	Q7Z3Y9	468 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	FAM13C	Q8NE31	585 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NINJ1	Q92982	152 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TOX2	Q96NM4	488 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CAAP1	Q9H8G2	361 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	FAM86C1	Q9NVL1	165 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ASAP1	Q9ULH1	1129 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ATP8A1	Q9Y2Q0	1164 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CORIN	Q9Y5Q5	1042 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CAPN6	Q9Y6Q1	641 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		4.9	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ALG1L2	C9J202	215 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	PDE8A	O60658	829 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TSPAN15	O95858	294 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	FAM153B	P0C7A2	387 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GBP1	P32455	592 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	RFC4	P35249	363 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	HK2	P52789	917 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	RALGPS1	Q5JS13	557 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	MRM1	Q6IN84	353 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	LETMD1	Q6P1Q0	360 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ADAT2	Q7Z6V5	191 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CDH24	Q86UP0	819 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NME9	Q86XW9	330 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ATG4C	Q96DT6	458 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	DDX21	Q9NR30	783 aa	Known RBP eCLIP	4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	LMCD1	Q9NZU5	365 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ST14	Q9Y5Y6	855 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TACC3	Q9Y6A5	838 aa		4.89	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	VCAN	P13611	3396 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	SLC22A31	A6NKX4	558 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NPIPB6	E9PJ23	425 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	VIL1	P09327	827 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GRK4	P32298	578 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TRHR	P34981	398 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	MAP2K2	P36507	400 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ZYX	Q15942	572 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	WDR75	Q8IWA0	830 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TTLL6	Q8N841	843 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	KCT2	Q8NC54	265 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	SGSM3	Q96HU1	749 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	APBA2	Q99767	749 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	WNT10A	Q9GZT5	417 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GBP3	Q9H0R5	595 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ADAM30	Q9UKF2	790 aa		4.88	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NFAT5	O94916	1531 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	LTBP1	Q14766	1721 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CENPF	P49454	3210 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TRBV23-1	A0A0A0MS06	115 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ANKRD34B	A5PLL1	514 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GFRA2	O00451	464 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	NFIB	O00712	420 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	CYP27B1	O15528	508 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TP53	P04637	393 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	TM4SF1	P30408	202 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	EPHX2	P34913	555 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	GDNF	P39905	211 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	STAT3	P40763	770 aa		4.87	□□□□□ -1.63
LIMA1-208	ENST00000551691	ECE1	P42892	770 aa		4.87	□□□□□ -1.63

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