RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CAND2	O75155	1236 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	LGR5	O75473	907 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPH10B	P0C881	870 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNJ6	P48051	423 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NAPA	P54920	295 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PKN1	Q16512	942 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464		Q6ZUG5	572 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	BRF1	Q92994	677 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	JAKMIP1	Q96N16	626 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ANO3	Q9BYT9	981 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM260	Q9NX78	707 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF215	Q9UL58	517 aa	Predicted RBP	13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TRANK1	O15050	2925 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TET1	Q8NFU7	2136 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPRS	Q13332	1948 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EMSY	Q7Z589	1322 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MAFG	O15525	162 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GJB5	O95377	273 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFBP4	P22692	258 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	RPS6KB1	P23443	525 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SREBF1	P36956	1147 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ADCY7	P51828	1080 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NTRK3	Q16288	839 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM26D	Q5JW98	314 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LIN28B	Q6ZN17	250 aa	Known RBP eCLIP	13.7	□□□□□ -0.22	5e-6	■■■■□ 24.2
PTPRF-211	ENST00000467464	SEPT1	Q8WYJ6	367 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CERS4	Q9HA82	394 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNH7	Q9NS40	1196 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MTCH2	Q9Y6C9	303 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NFASC	O94856	1347 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SMCO2	A6NFE2	343 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TLL1	O43897	1013 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LPXN	O60711	386 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EFCAB14	O75071	495 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CTSH	P09668	335 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	AR	P10275	920 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EVC	P57679	992 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ARHGAP4	P98171	946 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MGAT3	Q09327	533 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	AP3B2	Q13367	1082 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IKBKE	Q14164	716 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT40	Q6A162	431 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	BLOC1S2	Q6QNY1	142 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PPM1E	Q8WY54	764 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ESYT2	A0FGR8	921 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	KIF28P	B7ZC32	967 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MEIS1	O00470	390 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CHRNA1	P02708	482 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GNAT1	P11488	350 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SCG2	P13521	617 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GRIK4	Q16099	956 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP55	Q53EZ4	464 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	RAD9A	Q99638	391 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EHMT1	Q9H9B1	1298 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	AGO4	Q9HCK5	861 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	JPH1	Q9HDC5	661 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	LINC01553	A4QN01	128 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM86B1	E9PN63	330 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EPB41L2	O43491	1005 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	EDIL3	O43854	480 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ATG7	O95352	703 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	CCNE2	O96020	404 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM86B2	P0C5J1	330 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	MARK3	P27448	753 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	HTRA4	P83105	476 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	PPFIA1	Q13136	1202 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	GRB10	Q13322	594 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	SMARCAD1	Q9H4L7	1026 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	ERAP1	Q9NZ08	941 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	THEG	Q9P2T0	379 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	COL4A6	Q14031	1691 aa		13.66	□□□□□ -0.22
PTPRF-211	ENST00000467464	IGKV6D-21	A0A0A0MT36	114 aa		13.66	□□□□□ -0.22

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