RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464		H3BRB1	525 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP9A	O75110	1047 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH6	P13533	1939 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NEDD9	Q14511	834 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF618	Q5T7W0	954 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM50	Q86XT4	487 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CUL5	Q93034	780 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC9A7	Q96T83	725 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TUT1	Q9H6E5	874 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	UBIAD1	Q9Y5Z9	338 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	BAIAP3	O94812	1187 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CA3	P07451	260 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM10L2A	P0DMW4	78 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SMIM10L2B	P0DMW5	78 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ACTN1	P12814	892 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CPA1	P15085	419 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNA2	P16389	499 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC27	P30260	824 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAM17	P78536	824 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GPRASP2	Q96D09	838 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FTO	Q9C0B1	505 aa	Known RBP eCLIP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SCN5A	Q14524	2016 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NID2	Q14112	1375 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	EPOP	A6NHQ4	379 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	DEFB103A	P81534	67 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	HEATR3	Q7Z4Q2	680 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SPRED2	Q7Z698	418 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	USP26	Q9BXU7	913 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RNPEP	Q9H4A4	650 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX14	Q9Y5W7	946 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	KLF18	A0A0U1RQI7	1052 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	C17orf102	A2RUQ5	167 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	STXBP3	O00186	592 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TREH	O43280	583 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB43	O43298	467 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPA4	P34932	840 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RCAN1	P53805	252 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TAP1	Q03518	808 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT32	Q14532	448 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RTN1	Q16799	776 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRX1	Q86UT6	975 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GAS2L1	Q99501	681 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	XIRP2	A4UGR9	3374 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GSTTP1	A0A1W2PQM5	241 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	LCHN	A4D1U4	455 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAMTS3	O15072	1205 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TEX2	Q8IWB9	1127 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP6V0A1	Q93050	837 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	JADE2	Q9NQC1	790 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	BARHL2	Q9NY43	387 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	REV3L	O60673	3130 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	RFXAP	O00287	272 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGB1	P09429	215 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	TCF7	P36402	384 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	THPO	P40225	353 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	SP4	Q02446	784 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	APOBR	Q0VD83	1088 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR1	Q13613	665 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHG4	Q58EX7	1191 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	UTP14C	Q5TAP6	766 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXL16	Q8N461	479 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GIMAP8	Q8ND71	665 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CRYGN	Q8WXF5	182 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC136	Q96JN2	1154 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	CDHR1	Q96JP9	859 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PGBD1	Q96JS3	809 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	PCYT2	Q99447	389 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	MUC3A	Q02505	3323 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	GBF1	Q92538	1859 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		13.71	□□□□□ -0.21

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