RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000483519.5

USP40-214, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene USP40, Length 2,722 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-214ENST00000483519 EDEM3Q9BZQ6 932 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 SALL4Q9UJQ4 1053 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 LY75O60449 1722 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 ESYT3A0FGR9 886 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 EPHB6O15197 1021 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 BUB1O43683 1085 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 RASSF9O75901 435 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 VEGFAP15692 232 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 SEC24CP53992 1094 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 LRIG3Q6UXM1 1119 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CACNA2D4Q7Z3S7 1137 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 ANKRD13CQ8N6S4 541 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 DDX52Q9Y2R4 599 aaKnown RBP eCLIP14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 NUP98P52948 1817 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 FLT1P17948 1338 aa14.66□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 C21orf2O43822 256 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 FCER1AP12319 257 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 IGHMBP2P38935 993 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 TNNC1P63316 161 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 GFPT1Q06210 699 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CEP85LQ5SZL2 805 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 GALNT17Q6IS24 598 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 ARHGAP27Q6ZUM4 889 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 EIF1ADQ8N9N8 165 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 RASGRP4Q8TDF6 673 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CD248Q9HCU0 757 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 HSPA9P38646 679 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 SLC1A4P43007 532 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 PSEN1P49768 467 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 ASTE1Q2TB18 679 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 PREPLQ4J6C6 727 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 TDRD12Q587J7 1177 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CENPPQ6IPU0 288 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 PDXDC1Q6P996 788 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CCDC50Q8IVM0 306 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 CYFIP2Q96F07 1278 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 KRT12Q99456 494 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 PLAAQ9Y263 795 aa14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 BAZ2BQ9UIF8 2168 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP40-214ENST00000483519 ZSCAN5CA6NGD5 496 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 TMCO5BA8MYB1 307 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 RBAK-RBAKDNI3L0D1 243 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 M0R2N6 131 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 MYZAPP0CAP1 466 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 INF2Q27J81 1249 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 C6orf89Q6UWU4 347 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 DAGLBQ8NCG7 672 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 LRRC15Q8TF66 581 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 BAP1Q92560 729 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 NUCKS1Q9H1E3 243 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 SEMA6BQ9H3T3 888 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 TMBIM4Q9HC24 238 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 POLD4Q9HCU8 107 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PLCB1Q9NQ66 1216 aa14.65□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CASZ1Q86V15 1759 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 NMT2O60551 498 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 IL6STP40189 918 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CDC37Q16543 378 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 SLC9C1Q4G0N8 1177 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 KIAA0895Q8NCT3 520 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CCDC114Q96M63 670 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 SLC40A1Q9NP59 571 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 MCM8Q9UJA3 840 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PCDHA6Q9UN73 950 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PCDHA8Q9Y5H6 950 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 USP17L12C9JPN9 530 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 USP17L21D6R901 530 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 HPDP32754 393 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 NF2P35240 595 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 DYNLL1P63167 89 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 SUFUQ9UMX1 484 aa14.64□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PALMO75781 387 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 OR52Z1P0C646 297 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 ZNF34Q8IZ26 560 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PROM2Q8N271 834 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CENPHQ9H3R5 247 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 PPANQ9NQ55 473 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 A0A1B0GUL6 1792 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 GMNCA6NCL1 334 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 NKRFO15226 690 aaKnown RBP eCLIP14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 LRRC63Q05C16 580 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 BIRC3Q13489 604 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 SNCBQ16143 134 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CCDC152Q4G0S7 254 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 GRIPAP1Q4V328 841 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 FAM47AQ5JRC9 791 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 RUFY4Q6ZNE9 571 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 ARMC9Q7Z3E5 817 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 DZIP3Q86Y13 1208 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 LRRC45Q96CN5 670 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CACNA1SQ13698 1873 aa14.63□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 TSPY2A6NKD2 308 aa14.62□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 ELF1P32519 619 aa14.62□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 GNAQP50148 359 aa14.62□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 CUL1Q13616 776 aa14.62□□□□□ -0.07
USP40-214ENST00000483519 HLTFQ14527 1009 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.4 ms