RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000573600.5

CTDNEP1-208, Transcript of CTD nuclear envelope phosphatase 1, human

APPRIS P1 TSL 5 BASIC

Gene CTDNEP1, Length 1,724 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CTDNEP1-208	ENST00000573600	C7orf25	Q9BPX7	421 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NT5C3A	Q9H0P0	336 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RLF	Q13129	1914 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OTOF	Q9HC10	1997 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TPM3	P06753	285 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TMEM119	Q4V9L6	283 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HYI	Q5T013	277 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZNF658	Q5TYW1	1059 aa	Predicted RBP	32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SV2B	Q7L1I2	683 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DSG3	P32926	999 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	OAZ1	P54368	228 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	COG2	Q14746	738 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCDC47	Q96A33	483 aa	Known RBP	32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ATG4C	Q96DT6	458 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LRRC27	Q9C0I9	530 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZSCAN30	Q86W11	494 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	LARP4B	Q92615	738 aa	Known RBP	32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GJA10	Q969M2	543 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	GTPBP4	Q9BZE4	634 aa	Known RBP	32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ADAMTS5	Q9UNA0	930 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MYPN	Q86TC9	1320 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IGLV3-22	A0A075B6J6	115 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IQCA1L	A6NCM1	817 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ESPN	B1AK53	854 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HSD3B7	Q9H2F3	369 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	BLOC1S4	Q9NUP1	217 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NFIB	O00712	420 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MSH4	O15457	936 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DRC7	Q8IY82	874 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RAD54L	Q92698	747 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRIM9	Q9C026	710 aa		32.67	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CCT6A	P40227	531 aa	Known RBP	32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FMR1	Q06787	632 aa	Known RBP eCLIP	32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DLK2	Q6UY11	383 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ERMN	Q8TAM6	284 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CDCA5	Q96FF9	252 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KLRC4	O43908	158 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPC24	Q8NBT2	197 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RPTOR	Q8N122	1335 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	COL11A1	P12107	1806 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RHOBTB3	O94955	611 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPIRE1	Q08AE8	756 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KMT5B	Q4FZB7	885 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CEP55	Q53EZ4	464 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	REPS2	Q8NFH8	660 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRERF1	Q96PN7	1200 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FANCL	Q9NW38	375 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HOXC10	Q9NYD6	342 aa		32.65	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PTPRF	P10586	1907 aa		32.64	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	32.64	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		32.64	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NFE2L3	Q9Y4A8	694 aa		32.64	■■■□□ 2.82
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ANKRD13A	Q8IZ07	590 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ATP2A1	O14983	1001 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FANCC	Q00597	558 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ZKSCAN5	Q9Y2L8	839 aa		32.63	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SYNRG	Q9UMZ2	1314 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PPAT	Q06203	517 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MCM6	Q14566	821 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SPATA1	Q5VX52	437 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SMYD4	Q8IYR2	804 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MAF1	Q9H063	256 aa		32.62	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CBFA2T2	O43439	604 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MSN	P26038	577 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	UBXN2A	P68543	259 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ASIC1	P78348	528 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	KLHL10	Q6JEL2	608 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	WNK4	Q96J92	1243 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	IFNK	Q9P0W0	207 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	COL20A1	Q9P218	1284 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	VAV3	Q9UKW4	847 aa		32.61	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MEIS1	O00470	390 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	ECM1	Q16610	540 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TKFC	Q3LXA3	575 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	TRMT44	Q8IYL2	757 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	SLC5A5	Q92911	643 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	UIMC1	Q96RL1	719 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	MED15	Q96RN5	788 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RNF146	Q9NTX7	359 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	EXOC1	Q9NV70	894 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	RWDD2A	Q9UIY3	292 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	PVALEF	A0A1B0GWK0	134 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STAT3	P40763	770 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	STIM1	Q13586	685 aa		32.6	■■■□□ 2.81
CTDNEP1-208	ENST00000573600	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81

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