RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000620466.4

ALMS1-208, Transcript of ALMS1, centrosome and basal body associated protein, human

TSL 2

Gene ALMS1, Length 6,720 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ALMS1-208	ENST00000620466	NUDC	Q9Y266	331 aa		10.82	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	NUP155	O75694	1391 aa		10.82	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	RALBP1	Q15311	655 aa		10.81	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		10.81	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		10.8	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		10.8	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	TOP2B	Q02880	1626 aa		10.78	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	CUX1	P39880	1505 aa		10.78	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		10.78	□□□□□ -0.68
ALMS1-208	ENST00000620466	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		10.77	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	KANK1	Q14678	1352 aa		10.77	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		10.77	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	CASC1	Q6TDU7	716 aa		10.76	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	10.75	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	10.75	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		10.75	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF15	Q9NS87	1388 aa		10.75	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	10.74	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	NPHP1	O15259	732 aa		10.74	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		10.74	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	UACA	Q9BZF9	1416 aa		10.74	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		10.73	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	ZBED9	Q6R2W3	1325 aa		10.73	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	10.73	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		10.73	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	TRIM44	Q96DX7	344 aa	Predicted RBP	10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	NCAPD3	P42695	1498 aa		10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	MORC1	Q86VD1	984 aa		10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	PRX	Q9BXM0	1461 aa		10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		10.72	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		10.71	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		10.71	□□□□□ -0.69
ALMS1-208	ENST00000620466	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		10.71	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	USP47	Q96K76	1375 aa		10.71	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	POGK	Q9P215	609 aa		10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	NCOA2	Q15596	1464 aa		10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	TIAM1	Q13009	1591 aa		10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	MS4A1	P11836	297 aa		10.7	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	NLRP13	Q86W25	1043 aa		10.69	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		10.69	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	ST20-MTHFS	A0A0A6YYL1	179 aa		10.69	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC7	Q96M83	1385 aa		10.68	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	PDE3B	Q13370	1112 aa		10.68	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	HSP90AB1	P08238	724 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	CFTR	P13569	1480 aa		10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	PRDM2	Q13029	1718 aa		10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	FANCI	Q9NVI1	1328 aa		10.67	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	WDR97	A6NE52	1622 aa		10.66	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		10.66	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	GOLGA2	Q08379	1002 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	HSCB	Q8IWL3	235 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	PTMA	P06454	111 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	SRPK2	P78362	688 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
ALMS1-208	ENST00000620466	PANK3	Q9H999	370 aa		10.64	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	NAP1L5	Q96NT1	182 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	PLIN1	O60240	522 aa		10.63	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		10.63	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	10.63	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	JPH4	Q96JJ6	628 aa		10.62	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		10.62	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		10.62	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	HMGXB3	Q12766	1538 aa		10.62	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	TRH	P20396	242 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	PDE4A	P27815	886 aa		10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	CRBN	Q96SW2	442 aa		10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	GGT6	Q6P531	493 aa		10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	NAP1L2	Q9ULW6	460 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	STK26	Q9P289	416 aa		10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		10.6	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
ALMS1-208	ENST00000620466	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71

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