RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000576241.1

CCDC40-216, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 2

Gene CCDC40, Length 714 nt, Biotype retained intron.

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-216ENST00000576241 MLECQ14165 292 aa22.47■■□□□ 1.19
CCDC40-216ENST00000576241 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa22.46■■□□□ 1.19
CCDC40-216ENST00000576241 AKNAQ7Z591 1439 aa22.46■■□□□ 1.19
CCDC40-216ENST00000576241 YEATS2Q9ULM3 1422 aa22.46■■□□□ 1.19
CCDC40-216ENST00000576241 TTC37Q6PGP7 1564 aa22.45■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 STRCQ7RTU9 1775 aa22.45■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 HECW1Q76N89 1606 aa22.44■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP22.44■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 DMRT2Q9Y5R5 561 aa22.44■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 PREX1Q8TCU6 1659 aa22.43■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 CFAP74Q9C0B2 1584 aa22.42■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.4■■□□□ 1.18
CCDC40-216ENST00000576241 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa22.4■■□□□ 1.18
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CCDC40-216ENST00000576241 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa22.32■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 MAGI2Q86UL8 1455 aa22.31■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 CLIP1P30622 1438 aa22.31■■□□□ 1.16
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CCDC40-216ENST00000576241 LTBP4Q8N2S1 1624 aa22.29■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 PTPRTO14522 1441 aa22.29■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 KIF14Q15058 1648 aa22.28■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa22.28■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa22.27■■□□□ 1.16
CCDC40-216ENST00000576241 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa22.26■■□□□ 1.15
CCDC40-216ENST00000576241 SCAPERQ9BY12 1400 aa22.26■■□□□ 1.15
CCDC40-216ENST00000576241 IQSEC2Q5JU85 1478 aa22.25■■□□□ 1.15
CCDC40-216ENST00000576241 CCDC18Q5T9S5 1454 aa22.25■■□□□ 1.15
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CCDC40-216ENST00000576241 MYO5CQ9NQX4 1742 aa22.24■■□□□ 1.15
CCDC40-216ENST00000576241 ATP10AO60312 1499 aa22.22■■□□□ 1.15
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CCDC40-216ENST00000576241 C9orf84Q5VXU9 1444 aa22.2■■□□□ 1.14
CCDC40-216ENST00000576241 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa22.2■■□□□ 1.14
CCDC40-216ENST00000576241 FYCO1Q9BQS8 1478 aa22.19■■□□□ 1.14
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa22.15■■□□□ 1.14
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CCDC40-216ENST00000576241 C3P01024 1663 aa22.11■■□□□ 1.13
CCDC40-216ENST00000576241 NCOA1Q15788 1441 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC40-216ENST00000576241 MYT1LQ9UL68 1186 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC40-216ENST00000576241 PREX2Q70Z35 1606 aa22.09■■□□□ 1.13
CCDC40-216ENST00000576241 AFAP1Q8N556 730 aa22.08■■□□□ 1.13
CCDC40-216ENST00000576241 KDM5CP41229 1560 aa22.07■■□□□ 1.12
CCDC40-216ENST00000576241 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa22.06■■□□□ 1.12
CCDC40-216ENST00000576241 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa22.04■■□□□ 1.12
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP22.04■■□□□ 1.12
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CCDC40-216ENST00000576241 MLH3Q9UHC1 1453 aa22■■□□□ 1.11
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CCDC40-216ENST00000576241 CEP162Q5TB80 1403 aa21.98■■□□□ 1.11
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CCDC40-216ENST00000576241 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa21.89■■□□□ 1.09
CCDC40-216ENST00000576241 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa21.89■■□□□ 1.09
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CCDC40-216ENST00000576241 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa21.87■■□□□ 1.09
CCDC40-216ENST00000576241 NPATQ14207 1427 aa21.85■■□□□ 1.09
CCDC40-216ENST00000576241 PKD2Q13563 968 aa21.84■■□□□ 1.09
CCDC40-216ENST00000576241 TIAM1Q13009 1591 aa21.82■■□□□ 1.08
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CCDC40-216ENST00000576241 PLA2R1Q13018 1463 aa21.81■■□□□ 1.08
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CCDC40-216ENST00000576241 MROH2AA6NES4 1674 aa21.8■■□□□ 1.08
CCDC40-216ENST00000576241 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP21.8■■□□□ 1.08
CCDC40-216ENST00000576241 ZMYM3Q14202 1370 aa21.8■■□□□ 1.08
CCDC40-216ENST00000576241 TOM1O60784 492 aa21.79■■□□□ 1.08
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CCDC40-216ENST00000576241 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa21.78■■□□□ 1.08
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CCDC40-216ENST00000576241 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP21.78■■□□□ 1.08
CCDC40-216ENST00000576241 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP21.78■■□□□ 1.08
CCDC40-216ENST00000576241 MYO3AQ8NEV4 1616 aa21.77■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 VPS8Q8N3P4 1428 aa21.75■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 A2MP01023 1474 aa21.75■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP21.74■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 NCOA2Q15596 1464 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 MBD5Q9P267 1494 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC40-216ENST00000576241 PLXNC1O60486 1568 aa21.71■■□□□ 1.07
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