RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000367740.2

VAMP4-202, Transcript of vesicle associated membrane protein 4, humanhuman

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene VAMP4, Length 1,193 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4-202ENST00000367740 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP25.47■■□□□ 1.67
VAMP4-202ENST00000367740 HECW1Q76N89 1606 aa25.44■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa25.43■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP25.42■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 MAGI2Q86UL8 1455 aa25.42■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.42■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP25.42■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 MLECQ14165 292 aa25.41■■□□□ 1.66
VAMP4-202ENST00000367740 DMRT2Q9Y5R5 561 aa25.32■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa25.29■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 LTBP4Q8N2S1 1624 aa25.29■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 C9orf84Q5VXU9 1444 aa25.29■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 ATP10AO60312 1499 aa25.28■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP25.28■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 PLEKHD1A6NEE1 506 aa25.27■■□□□ 1.64
VAMP4-202ENST00000367740 PTPRTO14522 1441 aa25.26■■□□□ 1.63
VAMP4-202ENST00000367740 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP25.25■■□□□ 1.63
VAMP4-202ENST00000367740 SCAPERQ9BY12 1400 aa25.25■■□□□ 1.63
VAMP4-202ENST00000367740 IQSEC2Q5JU85 1478 aa25.24■■□□□ 1.63
VAMP4-202ENST00000367740 C3P01024 1663 aa25.21■■□□□ 1.63
VAMP4-202ENST00000367740 PLCH2O75038 1416 aa25.19■■□□□ 1.62
VAMP4-202ENST00000367740 MYO5CQ9NQX4 1742 aa25.16■■□□□ 1.62
VAMP4-202ENST00000367740 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP25.16■■□□□ 1.62
VAMP4-202ENST00000367740 KDM5CP41229 1560 aa25.13■■□□□ 1.61
VAMP4-202ENST00000367740 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa25.12■■□□□ 1.61
VAMP4-202ENST00000367740 REREQ9P2R6 1566 aa25.1■■□□□ 1.61
VAMP4-202ENST00000367740 NCOA1Q15788 1441 aa25.1■■□□□ 1.61
VAMP4-202ENST00000367740 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa25.09■■□□□ 1.61
VAMP4-202ENST00000367740 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP25.07■■□□□ 1.6
VAMP4-202ENST00000367740 ABCA6Q8N139 1617 aa25.07■■□□□ 1.6
VAMP4-202ENST00000367740 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa25.03■■□□□ 1.6
VAMP4-202ENST00000367740 KIF14Q15058 1648 aa25.02■■□□□ 1.6
VAMP4-202ENST00000367740 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa25.01■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa25.01■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 CSRNP3Q8WYN3 585 aa25■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 AGLP35573 1532 aa25■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 AFAP1Q8N556 730 aa24.97■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 ARHGAP5Q13017 1502 aa24.96■■□□□ 1.59
VAMP4-202ENST00000367740 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP24.94■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 UBAP1LF5GYI3 381 aa24.94■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 MLH3Q9UHC1 1453 aa24.94■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 MROH2AA6NES4 1674 aa24.93■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP24.92■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa24.92■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 CNTLNQ9NXG0 1405 aa24.9■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP24.9■■□□□ 1.58
VAMP4-202ENST00000367740 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP24.88■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 MYT1LQ9UL68 1186 aa24.88■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 ITSN2Q9NZM3 1697 aa24.88■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa24.88■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 NPATQ14207 1427 aa24.87■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP24.87■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 ABCC1P33527 1531 aa24.86■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 MYO3AQ8NEV4 1616 aa24.86■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa24.85■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 PREX2Q70Z35 1606 aa24.84■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP24.84■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa24.83■■□□□ 1.57
VAMP4-202ENST00000367740 PLA2R1Q13018 1463 aa24.83■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP24.81■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 EEA1Q15075 1411 aa24.79■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP24.79■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP24.77■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP24.77■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 FMN1Q68DA7 1419 aa24.77■■□□□ 1.56
VAMP4-202ENST00000367740 CLIP1P30622 1438 aa24.76■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 HSPA1LP34931 641 aa24.75■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP24.75■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 ZMYM3Q14202 1370 aa24.75■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 PKD2Q13563 968 aa24.73■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa24.71■■□□□ 1.55
VAMP4-202ENST00000367740 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa24.7■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa24.69■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 PTPRKQ15262 1439 aa24.68■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP24.67■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 PPP6R1Q9UPN7 881 aa24.67■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 PLXNC1O60486 1568 aa24.67■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP24.66■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 PIP4K2BP78356 416 aa24.66■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 CPS1P31327 1500 aa24.65■■□□□ 1.54
VAMP4-202ENST00000367740 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP24.63■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 NEURL4Q96JN8 1562 aa24.63■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 ALKQ9UM73 1620 aa24.62■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 SYCP2Q9BX26 1530 aa24.61■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP24.59■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 TOM1O60784 492 aa24.59■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 ATP7AQ04656 1500 aa24.59■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 A2ML1A8K2U0 1454 aa24.58■■□□□ 1.53
VAMP4-202ENST00000367740 SHANK2Q9UPX8 1470 aa24.57■■□□□ 1.52
VAMP4-202ENST00000367740 A2MP01023 1474 aa24.53■■□□□ 1.52
VAMP4-202ENST00000367740 VWDEQ8N2E2 1590 aa24.53■■□□□ 1.52
VAMP4-202ENST00000367740 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP24.52■■□□□ 1.52
VAMP4-202ENST00000367740 CCDC18Q5T9S5 1454 aa24.51■■□□□ 1.51
VAMP4-202ENST00000367740 ADGBQ8N7X0 1667 aa24.49■■□□□ 1.51
VAMP4-202ENST00000367740 MSH5O43196 834 aa24.47■■□□□ 1.51
VAMP4-202ENST00000367740 GGT6Q6P531 493 aa24.46■■□□□ 1.51
VAMP4-202ENST00000367740 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP24.45■■□□□ 1.5
VAMP4-202ENST00000367740 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP24.44■■□□□ 1.5
VAMP4-202ENST00000367740 UBTFP17480 764 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
VAMP4-202ENST00000367740 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 50.4 ms