RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000271628.8

SF3B4-201, Transcript of splicing factor 3b subunit 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene SF3B4, Length 2,085 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC5O15440 1437 aa22.3■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP22.3■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa22.29■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa22.29■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa22.29■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.27■■□□□ 1.16
SF3B4-201ENST00000271628 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.24■■□□□ 1.15
SF3B4-201ENST00000271628 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP22.24■■□□□ 1.15
SF3B4-201ENST00000271628 OSCARQ8IYS5 282 aa22.2■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 KDM5BQ9UGL1 1544 aa22.2■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 CROCC2H7BZ55 1655 aa22.18■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 ADGBQ8N7X0 1667 aa22.18■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP22.17■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 ADGRL2O95490 1459 aa22.17■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 PREX2Q70Z35 1606 aa22.17■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 SIN3AQ96ST3 1273 aa22.16■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 NEUROD1Q13562 356 aa22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 NCOA1Q15788 1441 aa22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 KDM6BO15054 1643 aa22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 TRIM52Q96A61 297 aa22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa22.15■■□□□ 1.14
SF3B4-201ENST00000271628 SHANK2Q9UPX8 1470 aa22.14■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP22.14■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa22.14■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 RSPH4AQ5TD94 716 aa22.13■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 TSPY4P0CV99 314 aa22.12■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 TSPY10P0CW01 314 aa22.12■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 ARHGEF5Q12774 1597 aa22.12■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 TTC37Q6PGP7 1564 aa22.1■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 MYO5CQ9NQX4 1742 aa22.09■■□□□ 1.13
SF3B4-201ENST00000271628 MPHOSPH9Q99550 1183 aa22.08■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa22.08■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 MBD5Q9P267 1494 aa22.07■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 C9orf84Q5VXU9 1444 aa22.07■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 KCNH8Q96L42 1107 aa22.07■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 ARHGAP5Q13017 1502 aa22.06■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa22.05■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP22.05■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 TONSLQ96HA7 1378 aa22.04■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 CCDC141Q6ZP82 1450 aa22.04■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 PLCH2O75038 1416 aa22.03■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP22.03■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP22.02■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa22.02■■□□□ 1.12
SF3B4-201ENST00000271628 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP22.01■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa22.01■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa21.98■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 WDR7Q9Y4E6 1490 aa21.98■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP21.97■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 SYCP2Q9BX26 1530 aa21.97■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 ARAP3Q8WWN8 1544 aa21.96■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 MAST1Q9Y2H9 1570 aa21.96■■□□□ 1.11
SF3B4-201ENST00000271628 KIF15Q9NS87 1388 aa21.94■■□□□ 1.1
SF3B4-201ENST00000271628 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP21.92■■□□□ 1.1
SF3B4-201ENST00000271628 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP21.92■■□□□ 1.1
SF3B4-201ENST00000271628 PZPP20742 1482 aa21.91■■□□□ 1.1
SF3B4-201ENST00000271628 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa21.91■■□□□ 1.1
SF3B4-201ENST00000271628 ASXL2Q76L83 1435 aa21.88■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 ABCA9Q8IUA7 1624 aa21.88■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 ABCC1P33527 1531 aa21.87■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 FOXD1Q16676 465 aa21.87■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 KDM5DQ9BY66 1539 aa21.86■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 PLXNC1O60486 1568 aa21.86■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP21.86■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa21.85■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 NUP155O75694 1391 aa21.85■■□□□ 1.09
SF3B4-201ENST00000271628 PKD2Q13563 968 aa21.81■■□□□ 1.08
SF3B4-201ENST00000271628 FANCAO15360 1455 aa21.8■■□□□ 1.08
SF3B4-201ENST00000271628 DUOX2Q9NRD8 1548 aa21.8■■□□□ 1.08
SF3B4-201ENST00000271628 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa21.78■■□□□ 1.08
SF3B4-201ENST00000271628 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa21.77■■□□□ 1.08
SF3B4-201ENST00000271628 L3MBTL2Q969R5 705 aa21.76■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 ERBINQ96RT1 1412 aa21.76■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 UNC13BO14795 1591 aa21.74■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP21.74■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 MIER1Q8N108 512 aa21.73■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa21.73■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 FAM135AQ9P2D6 1515 aa21.72■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 TEX14Q8IWB6 1497 aa21.71■■□□□ 1.07
SF3B4-201ENST00000271628 AFAP1Q8N556 730 aa21.7■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 ADGRL1O94910 1474 aa21.7■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa21.68■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 SCAPERQ9BY12 1400 aa21.68■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 CFAP74Q9C0B2 1584 aa21.67■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 CD109Q6YHK3 1445 aa21.67■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 IQGAP3Q86VI3 1631 aa21.66■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 MAGI2Q86UL8 1455 aa21.65■■□□□ 1.06
SF3B4-201ENST00000271628 ATP7AQ04656 1500 aa21.64■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP21.64■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP21.63■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 CYB5RLQ6IPT4 315 aa21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP21.6■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 NBPF8Q3BBV2 869 aa21.58■■□□□ 1.05
SF3B4-201ENST00000271628 MYT1LQ9UL68 1186 aa21.57■■□□□ 1.04
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