RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000463041.1

PTPRF-210, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRF, Length 298 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-210ENST00000463041 IL25Q9H293 177 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PDGFCQ9NRA1 345 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TMEM39AQ9NV64 488 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 COL6A3P12111 3177 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ASTN1O14525 1302 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TNKSO95271 1327 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ABCB11O95342 1321 aa8.51□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 LCTP09848 1927 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 A0A0C4DFX4 3053 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 C11orf97A0A1B0GVM6 126 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ERICH2A1L162 156 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MYADML2A6NDP7 307 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 KLRF2D3W0D1 207 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PQBP1O60828 265 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CYP21A2P08686 494 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SMPD1P17405 629 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CALML3P27482 149 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 IRX5P78411 483 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PDE4DQ08499 809 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TRAF1Q13077 416 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SHHQ15465 462 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FSCN1Q16658 493 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 DUSP28Q4G0W2 176 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CYB5R4Q7L1T6 521 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 EEPD1Q7L9B9 569 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TLK2Q86UE8 772 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FBXO11Q86XK2 927 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SAMD3Q8N6K7 520 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 NCOA7Q8NI08 942 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PURBQ96QR8 312 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 WDR11Q9BZH6 1224 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 JMJD4Q9H9V9 463 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 VAT1LQ9HCJ6 419 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MYH7BA7E2Y1 1941 aa8.5□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PALM3A6NDB9 673 aaPredicted RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 E7EWF7 191 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 IFIT3O14879 490 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 NKRFO15226 690 aaKnown RBP eCLIP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TLR3O15455 904 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 DHX16O60231 1041 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TIMP1P01033 207 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 EDNRBP24530 442 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 BEX3Q00994 111 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SART3Q15020 963 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CDC37Q16543 378 aaPredicted RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 QRICH1Q2TAL8 776 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 USH1GQ495M9 461 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 BRDTQ58F21 947 aaPredicted RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 RALYLQ86SE5 291 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FBXO16Q8IX29 292 aaPredicted RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 DEFB123Q8N688 67 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SLC43A3Q8NBI5 491 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 IWS1Q96ST2 819 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CPVLQ9H3G5 476 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MAP3K20Q9NYL2 800 aaKnown RBP8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 LTBP2Q14767 1821 aa8.49□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 KIAA1217Q5T5P2 1943 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 KPNA6O60684 536 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CD4P01730 458 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ITGB8P26012 769 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CPT1AP50416 773 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FPGSQ05932 587 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ITGA7Q13683 1181 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 WTAPQ15007 396 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MFSD5Q6N075 450 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CXCL17Q6UXB2 119 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SLC30A10Q6XR72 485 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TMTC2Q8N394 836 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 STAG2Q8N3U4 1231 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SYTL5Q8TDW5 730 aaPredicted RBP8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 IGDCC4Q8TDY8 1250 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 NSUN6Q8TEA1 469 aaKnown RBP8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SCFD2Q8WU76 684 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TBC1D5Q92609 795 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MTMR8Q96EF0 704 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MAP3K14Q99558 947 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MTA3Q9BTC8 594 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 AMNQ9BXJ7 453 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 RIOX1Q9H6W3 641 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 POLR3EQ9NVU0 708 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 MAD2L2Q9UI95 211 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TBX21Q9UL17 535 aa8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP8.48□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 ZBTB5O15062 677 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TXNP10599 105 aaKnown RBP8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SMARCA1P28370 1054 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 GHRHRQ02643 423 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 PPIGQ13427 754 aaKnown RBP eCLIP8.47□□□□□ -1.052e-9■■□□□ 14.1
PTPRF-210ENST00000463041 TTLL4Q14679 1199 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 GRM4Q14833 912 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 STXBP2Q15833 593 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 C9orf50Q5SZB4 431 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 TMEM63BQ5T3F8 832 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 CATIPQ7Z7H3 387 aa8.47□□□□□ -1.05
PTPRF-210ENST00000463041 FAM126BQ8IXS8 530 aa8.47□□□□□ -1.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.3 ms