RNA–Protein interactions for RNA: YMR047C

NUP116, Transcript of FG-nucleoporin component of central core of the nuclear pore complex, yeast

Gene NUP116, Length 3,342 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NUP116	YMR047C	IML3	P38265	245 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PKP1	P40530	394 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YJR039W	P47107	1121 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	KAP114	P53067	1004 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YGL108C	P53139	140 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SWS2	P53937	143 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	NPL3	Q01560	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.82	□□□□□ -1.64	not detected
NUP116	YMR047C	RKM2	Q03942	479 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YDL109C	Q12103	647 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ATP16	Q12165	160 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	MCM16	Q12262	181 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	OCA6	Q12454	224 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RIP1	P08067	215 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	IMA3	P0CW40	589 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	IMA4	P0CW41	589 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YRO2	P38079	344 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	REV7	P38927	245 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DSS1	P39112	969 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	IMA5	P40884	581 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YJR098C	P47139	656 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RSM10	Q03201	203 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	IMA2	Q08295	589 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	STT4	P37297	1900 aa		4.82	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SEM1	O94742	89 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TRP3	P00937	484 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ADE8	P04161	214 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YKR104W	P0CE69	306 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ERG11	P10614	530 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PPQ1	P32945	549 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	HIS2	P38635	335 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SRP72	P38688	640 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DBP8	P38719	431 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	BOL3	P39724	118 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	FRT2	P39734	528 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	UBP6	P43593	499 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YFR018C	P43599	363 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	MAD3	P47074	515 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	MNT2	P53059	558 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TRM112	P53738	135 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YEL077C	Q3E7X8	1277 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RVS161	P25343	265 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YCR015C	P25616	317 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	BEM3	P32873	1128 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	CTF13	P35203	478 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PHO11	P35842	467 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ALY1	P36117	915 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PHO12	P38693	467 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DED81	P38707	554 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ERV46	P39727	415 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	AST2	P39945	430 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	AMA1	P50082	593 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	UIP4	Q08926	304 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TRM8	Q12009	286 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RPS17A	P02407	136 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PAB1	P04147	577 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.8	□□□□□ -1.64	not detected
NUP116	YMR047C	GAL4	P04386	881 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YMR085W	P0CF18	432 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RPS17B	P14127	136 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TAL1	P15019	335 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RAD57	P25301	460 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DDI1	P40087	428 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DPH1	P40487	425 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YGL176C	P46945	554 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SEH1	P53011	349 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YNR063W	P53749	607 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	CDC14	Q00684	551 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RLI1	Q03195	608 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	STE23	Q06010	1027 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SWC7	Q06707	132 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YOR378W	Q08902	515 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	VPS68	Q12016	184 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YDR018C	Q12185	396 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	IES3	Q12345	250 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ARF2	P19146	181 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	URA4	P20051	364 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SIS1	P25294	352 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TGL4	P36165	910 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	DIA4	P38705	446 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PPE1	P38796	400 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	UPF3	P48412	387 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	ALG12	P53730	551 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SEC10	Q06245	871 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SAM3	Q08986	587 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	APL4	Q12028	832 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	MSH5	Q12175	901 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	CMR1	Q12510	522 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	SCEI	P03882	235 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	CRM1	P30822	1084 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	LYP1	P32487	611 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	PDR3	P33200	976 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YKL069W	P36088	180 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	LEU5	P38702	357 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	RTC3	P38804	111 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	NPT1	P39683	429 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TOK1	P40310	691 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	TRS85	P46944	698 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YGR012W	P53206	393 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	YGR127W	P53275	312 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NUP116	YMR047C	GND2	P53319	492 aa		4.8	□□□□□ -1.64

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