RNA–Protein interactions for RNA: YMR309C

NIP1, Transcript of eIF3c subunit of the eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3), yeast

Gene NIP1, Length 2,439 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NIP1	YMR309C	RPN11	P43588	306 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	GUF1	P46943	645 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	PKP2	P53170	491 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	WSC2	P53832	503 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	DIC1	Q06143	298 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	PSR1	Q07800	427 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	SDH5	Q08230	162 aa		0.59	□□□□□ -2.31
NIP1	YMR309C	SOD1	P00445	154 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	MRS3	P10566	314 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	MSM1	P22438	575 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	DEG1	P31115	442 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SPC110	P32380	944 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SIP2	P34164	415 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	TUL1	P36096	758 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ICS2	P38284	255 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	MTC4	P38335	694 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	RPR2	P40571	144 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YFL067W	P43537	175 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	RSM23	Q01163	450 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YPL014W	Q02606	381 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	HEL2	Q05580	639 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ADE13	Q05911	482 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	LEU9	Q12166	604 aa	Known RBP	0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SSM4	P40318	1319 aa		0.59	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ATP4	P05626	244 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	UBC1	P21734	215 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PRE8	P23639	250 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PGS1	P25578	521 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ATS1	P31386	333 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YEL045C	P32616	141 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SLC1	P33333	303 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SPC34	P36131	295 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	AGP2	P38090	596 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	IFA38	P38286	347 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	DIA4	P38705	446 aa	Predicted RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	UBA4	P38820	440 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	NDT80	P38830	627 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	UIP3	P39547	235 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	VPS52	P39904	641 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YER130C	P39959	443 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ACA1	P39970	489 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SHO1	P40073	367 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ALG8	P40351	577 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ELP2	P42935	788 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	VPS4	P52917	437 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ERG26	P53199	349 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ARC35	P53731	342 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	DPB4	Q04603	196 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ERP1	Q05359	219 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SKG3	Q06315	1026 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ENT4	Q07872	247 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	TEN1	Q07921	160 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	TCO89	Q08921	799 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	NBP2	Q12163	236 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	AYT1	Q12226	474 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	VCX1	Q99385	411 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PUT2	P07275	575 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	NAT1	P12945	854 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	CPR1	P14832	162 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	APE1	P14904	514 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SUI2	P20459	304 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ADH7	P25377	361 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	MSN2	P33748	704 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PAD1	P33751	242 aa	Known RBP RIP-Chip data	0.58	□□□□□ -2.32	not detected
NIP1	YMR309C	PTH2	P34222	208 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SNU114	P36048	1008 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PMU1	P36069	295 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YKL023W	P36103	277 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ALY1	P36117	915 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	GEX2	P36173	615 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	TIF5	P38431	405 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SNG1	P46950	547 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SGM1	P47166	707 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	COS10	P52924	374 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YGL039W	P53183	348 aa	Known RBP	0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	RPM2	Q02773	1202 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SHR3	Q02774	210 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PSK2	Q08217	1101 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YOL057W	Q08225	711 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ATG9	Q12142	997 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	NKP1	Q12493	238 aa		0.58	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	HHF1	P02309	103 aa	Known RBP	0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	HEM2	P05373	342 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	MTF2	P10849	440 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	EXO70	P19658	623 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	BOS1	P25385	244 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	FRE1	P32791	686 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PRS1	P32895	427 aa	Known RBP	0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	XRS2	P33301	854 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YBL059W	P34224	193 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	RPL32	P38061	130 aa	Known RBP	0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	TSC10	P38342	320 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	PSD1	P39006	500 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ELO1	P39540	310 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	SLZ1	P40167	298 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	CSM2	P40465	213 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	IDP2	P41939	412 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	ALT2	P52892	507 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YGR126W	P53274	230 aa		0.57	□□□□□ -2.32
NIP1	YMR309C	YGR127W	P53275	312 aa		0.57	□□□□□ -2.32

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