RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	CCSAP	Q6IQ19	270 aa	Predicted RBP	14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	BTNL9	Q6UXG8	535 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC39A5	Q6ZMH5	540 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX11	Q96FC9	970 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	IL25	Q9H293	177 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	A1CF	Q9NQ94	594 aa	Known RBP	14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH4	Q9Y623	1939 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	NEDD4	P46934	1319 aa		14.15	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SYNRG	Q9UMZ2	1314 aa		14.15	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CNTN2	Q02246	1040 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM60	Q495X7	471 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	C1orf53	Q5VUE5	145 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TDH	Q8IZJ6	230 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	KLHDC9	Q8NEP7	349 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	DCAF4	Q8WV16	495 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	RANBP17	Q9H2T7	1088 aa	Known RBP	14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ACAD9	Q9H845	621 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF146	Q9NTX7	359 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CDKN2AIP	Q9NXV6	580 aa	Predicted RBP	14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CNPY2	Q9Y2B0	182 aa		14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	14.14	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MYADML2	A6NDP7	307 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SNHG28	P0DPA3	235 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MDM2	Q00987	491 aa	Predicted RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TKFC	Q3LXA3	575 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	LRIT3	Q3SXY7	679 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ARMCX2	Q7L311	632 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	FERMT2	Q96AC1	680 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	PDLIM7	Q9NR12	457 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TOMM22	Q9NS69	142 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP11B	Q9Y2G3	1177 aa		14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	14.13	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PQY0	241 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CTAGE5	O15320	804 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	PDHB	P11177	359 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC16A2	P36021	539 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ACVR2B	Q13705	512 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC174	Q6PII3	467 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CWC27	Q6UX04	472 aa	Known RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	UPF3A	Q9H1J1	476 aa	Known RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ZHX1	Q9UKY1	873 aa	Predicted RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM184B	Q9ULE4	1060 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR7	Q9Y216	660 aa		14.12	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM43B	A6NCK2	446 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEB2	H3BUK9	544 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP11	O75319	330 aa	Known RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MYCN	P04198	464 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ICAM1	P05362	532 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ALAS1	P13196	640 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MFAP1	P55081	439 aa	Known RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC96	Q2M329	555 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SH3RF1	Q7Z6J0	888 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF180	Q86T96	592 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM43	Q96BQ3	446 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TRERF1	Q96PN7	1200 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ABHD16B	Q9H3Z7	469 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP39A1	Q9NYL5	469 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	LTBP2	Q14767	1821 aa		14.11	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	PLXNA1	Q9UIW2	1896 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGB8	P26012	769 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ACLY	P53396	1101 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	NKX3-2	P78367	333 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TLE2	Q04725	743 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF543	Q08ER8	600 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	SYDE2	Q5VT97	1194 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC14	Q96N46	770 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC37A2	A6NM11	1700 aa		14.1	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	14.09	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	MOXD2P	A6NHM9	499 aa		14.09	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	HIP1	O00291	1037 aa		14.09	□□□□□ -0.15
PTPRF-211	ENST00000467464	NFIB	O00712	420 aa		14.09	□□□□□ -0.15

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