RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF38A	Q8NAV1	312 aa	Known RBP	14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DIS3	Q9Y2L1	958 aa	Known RBP	14.23	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FRMPD3	Q5JV73	1810 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZMYM6	O95789	1325 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A1W2PPC1	479 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	DNM1L	O00429	736 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ORC4	O43929	436 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NMT2	O60551	498 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TAL1	P17542	331 aa	Predicted RBP	14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SYN1	P17600	705 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NMI	Q13287	307 aa	Predicted RBP	14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ANO1	Q5XXA6	986 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SLFN13	Q68D06	897 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	PLEKHM2	Q8IWE5	1019 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	GMCL1	Q96IK5	515 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FGD4	Q96M96	766 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC5A4	Q9NY91	659 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FEM1B	Q9UK73	627 aa		14.22	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	COL11A1	P12107	1806 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SOX1	O00570	391 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	FGA	P02671	866 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF865	P0CJ78	1059 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP8B	P34820	402 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MAGEA10	P43363	369 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	KCTD2	Q14681	263 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	MCMDC2	Q4G0Z9	681 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	KIFC2	Q96AC6	838 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	TINF2	Q9BSI4	451 aa		14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	14.21	□□□□□ -0.13
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF536	O15090	1300 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP290	O15078	2479 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAH12	Q6ZR08	3092 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	HSPD1	P10809	573 aa	Known RBP	14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP3	P12645	472 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC41	Q15345	812 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	GJC2	Q5T442	439 aa	Predicted RBP	14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SENP6	Q9GZR1	1112 aa	Predicted RBP	14.2	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC171	Q6TFL3	1326 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPY2	A6NKD2	308 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM232	C9JQI7	657 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PLA2G6	O60733	806 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBED4	O75132	1171 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	OAZ1	P54368	228 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	MAMDC4	Q6UXC1	1216 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CPXCR1	Q8N123	301 aa		14.19	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SNAI1	O95863	264 aa	Predicted RBP	14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SDS	P20132	328 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	MCC	P23508	829 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	STAT2	P52630	851 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SNX17	Q15036	470 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	MSL3	Q8N5Y2	521 aa	Known RBP	14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	LENG1	Q96BZ8	264 aa	Predicted RBP	14.18	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SYNGAP1	Q96PV0	1343 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIOBP	Q9H2D6	2365 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	RANBP6	O60518	1105 aa	Known RBP	14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	FDX1	P10109	184 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC1A4	P43007	532 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	RTP1	P59025	263 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP4R3B	Q5MIZ7	849 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	KCTD1	Q719H9	257 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM160B2	Q86V87	743 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CHST13	Q8NET6	341 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	RILPL2	Q969X0	211 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CHMP4C	Q96CF2	233 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	KATNBL1	Q9H079	304 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	STX8	Q9UNK0	236 aa		14.17	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ADCY6	O43306	1168 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ADAMTS4	O75173	837 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PGK1	P00558	417 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	HAND2	P61296	217 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	LRCH3	Q96II8	777 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	XPNPEP3	Q9NQH7	507 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO40	Q9UH90	709 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PHF24	Q9UPV7	400 aa		14.16	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ASTN1	O14525	1302 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	KBTBD13	C9JR72	458 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	RARB	P10826	455 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	AKR1A1	P14550	325 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE4A	P27815	886 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	ADCYAP1R1	P41586	468 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC4A3	P48751	1232 aa		14.15	□□□□□ -0.14
PTPRF-211	ENST00000467464	SNAP25	P60880	206 aa		14.15	□□□□□ -0.14

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