RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	CNNM3	Q8NE01	707 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TTYH3	Q9C0H2	523 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CABP5	Q9NP86	173 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	UBASH3A	P57075	661 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PLCB2	Q00722	1185 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KANK3	Q6NY19	840 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TOGARAM2	Q6ZUX3	1019 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF507	Q8TCN5	953 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CD209	Q9NNX6	404 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	USP17L12	C9JPN9	530 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	USP17L21	D6R901	530 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SPATA1	Q5VX52	437 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	STXBP3	O00186	592 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RHBDL3	P58872	404 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SPECC1L	Q69YQ0	1117 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF662	Q6ZS27	426 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PDCL2	Q8N4E4	241 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SUGT1	Q9Y2Z0	365 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGAP6	O43182	974 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TEX33	O43247	280 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GYPC	P04921	128 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SCG2	P13521	617 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SMARCA1	P28370	1054 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA8F	Q08AF8	430 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA8DP	Q0D2H9	430 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NFXL1	Q6ZNB6	911 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RASGRP2	Q7LDG7	609 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	OGFR	Q9NZT2	677 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NFE2L3	Q9Y4A8	694 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MRFAP1	Q9Y605	127 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CBFA2T2	O43439	604 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	BMP15	O95972	392 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SNHG28	P0DPA3	235 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SART3	Q15020	963 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DACT2	Q5SW24	774 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CNKSR1	Q969H4	720 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	COA1	Q9GZY4	146 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CGN	Q9P2M7	1197 aa	Known RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912		A0A0U1RQJ8	604 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ARHGAP25	P42331	645 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	EHHADH	Q08426	723 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ISM2	Q6H9L7	571 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RAD9B	Q6WBX8	426 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ATRIP	Q8WXE1	791 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	WDR24	Q96S15	920 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MRPL44	Q9H9J2	332 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	UCHL5	Q9Y5K5	329 aa	Known RBP eCLIP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM75P	A6NK02	468 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912		H0YIN7	160 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RASA1	P20936	1047 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PRPH	P41219	470 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GABPA	Q06546	454 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SLU7	O95391	586 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CERS3	Q8IU89	383 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RWDD2A	Q9UIY3	292 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	REXO2	Q9Y3B8	237 aa	Known RBP	9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GPR75-ASB3	A0A0A6YYF3	556 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	CASP1	P29466	404 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PTGDR	Q13258	359 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TRIM29	Q14134	588 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNB1	Q14721	858 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TTC38	Q5R3I4	469 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	DRC7	Q8IY82	874 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MTMR14	Q8NCE2	650 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF397	Q8NF99	534 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	RAI14	Q9P0K7	980 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	IQSEC3	Q9UPP2	1182 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ZBTB7A	O95365	584 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PTPN21	Q16825	1174 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	MMTAG2	Q9BU76	263 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	TRMT1	Q9NXH9	659 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	BARHL2	Q9NY43	387 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	GGA1	Q9UJY5	639 aa		9.96	□□□□□ -0.81
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA4	Q9UN74	947 aa		9.96	□□□□□ -0.81

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