RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PTPRA	P18433	802 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PDE4D	Q08499	809 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PICALM	Q13492	652 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	FASTKD5	Q7L8L6	764 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PRRT2	Q7Z6L0	340 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	SMCR8	Q8TEV9	937 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	HLA-C	Q95604	372 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	AFG3L2	Q9Y4W6	797 aa		10.68	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	DDTL	A6NHG4	134 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PHKA1	P46020	1223 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ATP2B3	Q16720	1220 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	DIS3L	Q8TF46	1054 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	RWDD1	Q9H446	243 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	10.67	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	MYH8	P13535	1937 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	FAM196B	A6NMK8	535 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ADORA1	P30542	326 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	MSS51	Q4VC12	460 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	COA7	Q96BR5	231 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	DDX4	Q9NQI0	724 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ABCF2	Q9UG63	623 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		10.66	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	CUL9	Q8IWT3	2517 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ENTPD3	O75355	529 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	MTX1	Q13505	466 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	IRF5	Q13568	498 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	TREML2	Q5T2D2	321 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	CEP85	Q6P2H3	762 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	NECAB2	Q7Z6G3	386 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	IDI2	Q9BXS1	227 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	XRN2	Q9H0D6	950 aa	Known RBP eCLIP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PAK6	Q9NQU5	681 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	ZMYND8	Q9ULU4	1186 aa	Predicted RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		10.65	□□□□□ -0.7
USP4-213	ENST00000488520	LAMA2	P24043	3122 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SYN1	P17600	705 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	BTD	P43251	543 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	TIMM10	P62072	90 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	GUCA2A	Q02747	115 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	TRIM32	Q13049	653 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	CCDC102B	Q68D86	513 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	ERC1	Q8IUD2	1116 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SSH3	Q8TE77	659 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	COPRS	Q9NQ92	184 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	AKAP2	Q9Y2D5	859 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SLC45A1	Q9Y2W3	748 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		10.64	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SMCHD1	A6NHR9	2005 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	GAK	O14976	1311 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	MAST2	Q6P0Q8	1798 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPC1	479 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	RAB11FIP3	O75154	756 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SPP2	Q13103	211 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	ERICH6B	Q5W0A0	696 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520		Q7L0L9	218 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	BCL11A	Q9H165	835 aa		10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	XPO5	Q9HAV4	1204 aa	Known RBP eCLIP	10.63	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	MROH7-TTC4	A0A0A0MT08	1334 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	APBB1	O00213	710 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	CIAO1	O76071	339 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	FDX1	P10109	184 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SLC19A1	P41440	591 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	HMGCS2	P54868	508 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	MAP3K10	Q02779	954 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	RASGRF1	Q13972	1273 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	GORAB	Q5T7V8	394 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	PRDM9	Q9NQV7	894 aa		10.62	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	RLF	Q13129	1914 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	PEX10	O60683	326 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	HMGCR	P04035	888 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	CYP2B6	P20813	491 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	MECOM	Q03112	1051 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	SPTY2D1	Q68D10	685 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	DEFB123	Q8N688	67 aa		10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	10.61	□□□□□ -0.71
USP4-213	ENST00000488520	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		10.61	□□□□□ -0.71

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