RNA–Protein interactions for RNA: YLL039C

UBI4, Transcript of Ubiquitin, yeast

Gene UBI4, Length 1,146 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBI4	YLL039C	YBR225W	P38321	900 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SFB3	P38810	929 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ERP5	P38819	212 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	AVT2	P39981	480 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SNZ3	P43545	298 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	UTP8	P53276	713 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SNZ2	P53824	298 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	GCN5	Q03330	439 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SXM1	Q04175	944 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YMR018W	Q04364	514 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SOV1	Q04748	898 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ECM22	Q05958	814 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	FMP25	Q08023	583 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SIL1	Q08199	421 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SGO1	Q08490	590 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NDJ1	Q12366	352 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	EMP46	Q12396	444 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	FRT1	Q99332	602 aa		4.69	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BEM2	P39960	2167 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ADE3	P07245	946 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ERG11	P10614	530 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SAM35	P14693	329 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MTF1	P14908	341 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PUT4	P15380	627 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RAD57	P25301	460 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TOA1	P32773	286 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SRB2	P34162	210 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BLI1	P35727	113 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NUP60	P39705	539 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SAP1	P39955	897 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ASG1	P40467	964 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	EFM4	P40516	257 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MDJ2	P42834	146 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	OSW7	P43611	510 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PSP1	P50896	841 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RIM8	P53179	542 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DOS2	P54858	310 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MTD1	Q02046	320 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	LEE1	Q02799	301 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NSE5	Q03718	556 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HRD3	Q05787	833 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	AIM39	Q08223	395 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YPQ1	Q12010	308 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YKL068W-A	Q3E826	78 aa		4.68	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	FAB1	P34756	2278 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TOR2	P32600	2474 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TRX1	P22217	103 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RPL5	P26321	297 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PPZ1	P26570	692 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SEC1	P30619	724 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ABD1	P32783	436 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	STO1	P34160	861 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PPX1	P38698	397 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NMD3	P38861	518 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YAR028W	P39548	234 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SPC72	P39723	622 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	TMN3	P40071	706 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SEC9	P40357	651 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	IAH1	P41734	238 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NNF1	P47149	201 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ILM1	P47155	203 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	JJJ1	P53863	590 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	NOG1	Q02892	647 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YML119W	Q03208	357 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	ATG16	Q03818	150 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	GYL1	Q04322	720 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BSP1	Q06604	576 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YLR001C	Q07895	862 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	THI20	Q08224	551 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	CIR2	Q08822	631 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	VPS5	Q92331	675 aa		4.67	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	GFA1	P14742	717 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BET2	P20133	325 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PPH22	P23595	377 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DBF4	P32325	704 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YKL097C	P34245	136 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	DUG2	P38149	878 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HSL7	P38274	827 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YSW1	P38280	609 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SWC5	P38326	303 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	RRT2	P38332	387 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	HIS2	P38635	335 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YHR219W	P38900	624 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PMC1	P38929	1173 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PET100	P38958	111 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	LYS9	P38999	446 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YER189W	P40104	122 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YIL054W	P40524	105 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	PRP31	P49704	494 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	KAP114	P53067	1004 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	BTN2	P53286	410 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	YGR283C	P53336	341 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	MAP1	Q01662	387 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.66	□□□□□ -1.66	not detected
UBI4	YLL039C	ELP3	Q02908	557 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	INP2	Q03824	705 aa		4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	SPG3	Q04398	127 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
UBI4	YLL039C	AIM32	Q04689	311 aa		4.66	□□□□□ -1.66

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