RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	TNPO2	O14787	897 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	ELN	P15502	786 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	SPP2	Q13103	211 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD13C	Q8N6S4	541 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	FRAT1	Q92837	279 aa	Predicted RBP	27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	CLUAP1	Q96AJ1	413 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	MGAM	O43451	1857 aa		27.87	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	IRF5	Q13568	498 aa		27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	PXYLP1	Q8TE99	480 aa		27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	LRP2BP	Q9P2M1	347 aa		27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	COL2A1	P02458	1487 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	CAP2	P40123	477 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	TEX11	Q8IYF3	940 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	ZNF280C	Q8ND82	737 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	SZT2	Q5T011	3432 aa		27.85	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	SGPL1	O95470	568 aa		27.84	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	INHA	P05111	366 aa		27.84	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	PNMA3	Q9UL41	463 aa		27.84	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		27.83	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		27.83	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		27.83	■■■□□ 2.05
USP4-208	ENST00000464168	FARP2	O94887	1054 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	HMGCS2	P54868	508 aa		27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	COA7	Q96BR5	231 aa		27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	SNRK	Q9NRH2	765 aa		27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	HERC5	Q9UII4	1024 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	USP17L5	A8MUK1	530 aa		27.81	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	GPR108	Q9NPR9	543 aa		27.81	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	POLA2	Q14181	598 aa		27.8	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		27.8	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		27.8	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	GCLC	P48506	637 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TNNI3K	Q59H18	835 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	DEFB118	Q96PH6	123 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	ASCC2	Q9H1I8	757 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	PAK6	Q9NQU5	681 aa	Predicted RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	AATF	Q9NY61	560 aa	Known RBP eCLIP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	RBM27	Q9P2N5	1060 aa	Known RBP	27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	FPGT-TNNI3K	V9GXZ4	949 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	DOCK3	Q8IZD9	2030 aa		27.79	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	PPP4C	P60510	307 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	PABPC4	Q13310	644 aa	Known RBP eCLIP	27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	SSH3	Q8TE77	659 aa		27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	DHX36	Q9H2U1	1008 aa	Known RBP	27.78	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	BAG3	O95817	575 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	ATP8B2	P98198	1209 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	WDR18	Q9BV38	432 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		27.77	■■■□□ 2.04
USP4-208	ENST00000464168	PLCG2	P16885	1265 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	CAPN2	P17655	700 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	JAG1	P78504	1218 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	METTL16	Q86W50	562 aa	Known RBP	27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	TGFBRAP1	Q8WUH2	860 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	CRISPLD2	Q9H0B8	497 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	AS3MT	Q9HBK9	375 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	GJD2	Q9UKL4	321 aa		27.76	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	27.75	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	MAPKAPK5	Q8IW41	473 aa		27.75	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	PRO3102	Q9H379	93 aa		27.75	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	DNAJC18	Q9H819	358 aa		27.75	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		27.75	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	OS9	Q13438	667 aa	Predicted RBP	27.74	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	27.74	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	FLT1	P17948	1338 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ASNS	P08243	561 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	BACE1	P56817	501 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	MTMR2	Q13614	643 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	FOXP4	Q8IVH2	680 aa	Predicted RBP	27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	PALD1	Q9ULE6	856 aa		27.73	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ZAP70	P43403	619 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	XRN2	Q9H0D6	950 aa	Known RBP eCLIP	27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	MORF4L1	Q9UBU8	362 aa		27.72	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	HOXA7	P31268	230 aa	Predicted RBP	27.71	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	27.71	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	SIPA1L1	O43166	1804 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	ATAD5	Q96QE3	1844 aa		27.71	■■■□□ 2.03
USP4-208	ENST00000464168	EVI5	O60447	810 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	IGSF3	O75054	1194 aa		27.7	■■■□□ 2.02
USP4-208	ENST00000464168	HMGCR	P04035	888 aa		27.7	■■■□□ 2.02

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