RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000563220.1

COMMD4-208, Transcript of COMM domain containing 4, human

TSL 2

Gene COMMD4, Length 1,897 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
COMMD4-208	ENST00000563220	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.39
COMMD4-208	ENST00000563220	MUC12	Q9UKN1	5478 aa		6.38	□□□□□ -1.39
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		6.34	□□□□□ -1.39
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP9-1	A8MXZ3	250 aa	Predicted RBP	6.32	□□□□□ -1.4
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-9	P26371	169 aa		6.3	□□□□□ -1.4
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		6.28	□□□□□ -1.4
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		6.28	□□□□□ -1.4
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		6.26	□□□□□ -1.41
COMMD4-208	ENST00000563220	MT1G	P13640	62 aa		6.21	□□□□□ -1.42
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP6-3	Q3LI67	103 aa		6.17	□□□□□ -1.42
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE5A	Q5TCM9	118 aa		6.17	□□□□□ -1.42
COMMD4-208	ENST00000563220	MT1M	Q8N339	61 aa		6.16	□□□□□ -1.42
COMMD4-208	ENST00000563220	MDN1	Q9NU22	5596 aa		6.16	□□□□□ -1.42
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		6.13	□□□□□ -1.43
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-3	Q9BYR4	195 aa		6.1	□□□□□ -1.43
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP9-6	A8MVA2	160 aa		6.06	□□□□□ -1.44
COMMD4-208	ENST00000563220	SPRR2E	P22531	72 aa		6.05	□□□□□ -1.44
COMMD4-208	ENST00000563220	SPRR2B	P35325	72 aa		6.05	□□□□□ -1.44
COMMD4-208	ENST00000563220	SPRR2A	P35326	72 aa		6.05	□□□□□ -1.44
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP9-7	A8MTY7	169 aa		5.96	□□□□□ -1.46
COMMD4-208	ENST00000563220	INE1	O15225	51 aa		5.92	□□□□□ -1.46
COMMD4-208	ENST00000563220	LOC100996750	A0A140TA64	210 aa		5.9	□□□□□ -1.47
COMMD4-208	ENST00000563220	DST	Q03001	7570 aa	Known RBP	5.89	□□□□□ -1.47
COMMD4-208	ENST00000563220	SPRR2D	P22532	72 aa		5.82	□□□□□ -1.48
COMMD4-208	ENST00000563220	NEB	P20929	6669 aa		5.76	□□□□□ -1.49
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP2-3	P0C7H8	128 aa		5.71	□□□□□ -1.5
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP2-4	Q9BYR9	128 aa		5.71	□□□□□ -1.5
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP2-1	Q9BYU5	128 aa		5.71	□□□□□ -1.5
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE3B	Q5TA77	95 aa		5.6	□□□□□ -1.51
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-5	Q701N2	237 aa	Predicted RBP	5.56	□□□□□ -1.52
COMMD4-208	ENST00000563220	MT1A	P04731	61 aa		5.43	□□□□□ -1.54
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP6-1	Q3LI64	71 aa		5.43	□□□□□ -1.54
COMMD4-208	ENST00000563220	SYNE1	Q8NF91	8797 aa	Known RBP	5.31	□□□□□ -1.56
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-4	Q6L8H1	288 aa		5.28	□□□□□ -1.56
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		5.28	□□□□□ -1.56
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP20-1	Q3LI63	56 aa		5.27	□□□□□ -1.57
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP9-4	Q9BYQ2	154 aa		5.17	□□□□□ -1.58
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE4A	Q5TA78	99 aa		5.14	□□□□□ -1.59
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP12-4	P60329	112 aa		5.11	□□□□□ -1.59
COMMD4-208	ENST00000563220	MT4	P47944	62 aa		5.09	□□□□□ -1.6
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-6	Q9BYQ5	205 aa		5.07	□□□□□ -1.6
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		5.05	□□□□□ -1.6
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP6-2	Q3LI66	62 aa		4.98	□□□□□ -1.61
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1D	Q5T752	114 aa		4.98	□□□□□ -1.61
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP20-2	Q3LI61	65 aa		4.94	□□□□□ -1.62
COMMD4-208	ENST00000563220	HMCN1	Q96RW7	5635 aa		4.92	□□□□□ -1.62
COMMD4-208	ENST00000563220	MT3	P25713	68 aa		4.92	□□□□□ -1.62
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-2	Q701N4	177 aa		4.79	□□□□□ -1.64
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-3	Q6L8H2	238 aa		4.77	□□□□□ -1.65
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE3D	Q9BYE3	92 aa		4.76	□□□□□ -1.65
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE3E	Q5T5B0	92 aa		4.65	□□□□□ -1.66
COMMD4-208	ENST00000563220	OBSCN	Q5VST9	7968 aa		4.6	□□□□□ -1.67
COMMD4-208	ENST00000563220	PRM1	P04553	51 aa		4.32	□□□□□ -1.72
COMMD4-208	ENST00000563220	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		4.32	□□□□□ -1.72
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-11	Q9BYQ6	195 aa		4.28	□□□□□ -1.72
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1E	Q5T753	118 aa		4.25	□□□□□ -1.73
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-1	Q6L8H4	278 aa		4.17	□□□□□ -1.74
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-8	O75690	187 aa		4.12	□□□□□ -1.75
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-10	Q6L8G5	202 aa		4.11	□□□□□ -1.75
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1B	Q5T7P3	118 aa		4.03	□□□□□ -1.76
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		4.01	□□□□□ -1.77
COMMD4-208	ENST00000563220	MUC5AC	P98088	5654 aa		4	□□□□□ -1.77
COMMD4-208	ENST00000563220	GPR98	Q8WXG9	6306 aa		3.98	□□□□□ -1.77
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1C	Q5T751	118 aa		3.97	□□□□□ -1.77
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-7	Q6L8G8	165 aa		3.97	□□□□□ -1.77
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-6	Q6L8G9	129 aa	Predicted RBP	3.71	□□□□□ -1.82
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP9-9	Q9BYP9	154 aa		3.68	□□□□□ -1.82
COMMD4-208	ENST00000563220	MUC5B	Q9HC84	5762 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP21-2	Q3LI59	83 aa		3.55	□□□□□ -1.84
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP5-11	Q6L8G4	156 aa		3.5	□□□□□ -1.85
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-12	Q9BQ66	201 aa		3.36	□□□□□ -1.87
COMMD4-208	ENST00000563220	AHNAK	Q09666	5890 aa	Known RBP	3.22	□□□□□ -1.89
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.19	□□□□□ -1.9
COMMD4-208	ENST00000563220	LCE1F	Q5T754	118 aa		3.12	□□□□□ -1.91
COMMD4-208	ENST00000563220	PHGR1	C9JFL3	82 aa		3.01	□□□□□ -1.93
COMMD4-208	ENST00000563220	KRTAP21-1	Q3LI58	79 aa		2.77	□□□□□ -1.97
COMMD4-208	ENST00000563220	MUC19	Q7Z5P9	8384 aa		2.74	□□□□□ -1.97
COMMD4-208	ENST00000563220	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		1.96	□□□□□ -2.1

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