RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	FXYD2	P54710	66 aa		5.25	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		5.25	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	DHRS4-AS1	Q9P1J3	65 aa		5.25	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	ZNF706	Q9Y5V0	76 aa	Predicted RBP	5.25	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	MUC2	Q02817	5179 aa		5.25	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	COX6C	P09669	75 aa		5.24	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		5.24	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520		H0YGX0	51 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	SCGB1C2	P0DMR2	95 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	BATF	Q16520	125 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZRX8	168 aa		5.23	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	5.22	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2-30	P06310	120 aa		5.22	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	5.22	□□□□□ -1.57
USP4-213	ENST00000488520	PRR4	Q16378	134 aa		5.21	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	hADV29S1	A0JD25	119 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP13-1	Q8IUC0	172 aa		5.2	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	PCP4L1	A6NKN8	68 aa		5.19	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520		K7ERJ3	54 aa		5.19	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	CRYGA	P11844	174 aa		5.19	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	DEFB105A	Q8NG35	78 aa		5.19	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520		Q9BRP9	147 aa		5.19	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	LINC00575	Q6W349	94 aa		5.18	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520		A0A0U1RQV1	116 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	FAM229B	Q4G0N7	80 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	SPRR4	Q96PI1	79 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	LAMTOR3	Q9UHA4	124 aa		5.17	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GX51	115 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	ERC2-IT1	O76042	136 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN13	O95857	204 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	DNAL4	O96015	105 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	LCE1A	Q5T7P2	110 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	LYRM7	Q5U5X0	104 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		5.16	□□□□□ -1.58
USP4-213	ENST00000488520	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	5.15	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	ST20-AS1	Q8NBB2	130 aa		5.15	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		5.15	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	SNHG12	Q9BXW3	62 aa		5.14	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		F8WEM9	126 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		H3BQ85	93 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	COL5A1-AS1	Q5SY13	56 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZQY7	126 aa		5.13	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		H3BUT2	72 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	LINC00483	Q53H64	154 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	CLEC2B	Q92478	149 aa		5.12	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	FABP2	P12104	132 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	ATXN8	Q156A1	80 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	SSBP3-AS1	Q7Z2R9	100 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		5.11	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	TRBV20-1	A0A075B6N2	111 aa		5.1	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		A0A087X002	238 aa		5.1	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	SPRR1B	P22528	89 aa		5.1	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	NAA38	Q9BRA0	125 aa	Known RBP	5.1	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		5.1	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	IGLV5-48	A0A075B6I7	105 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520		Q8N377	158 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		5.09	□□□□□ -1.59
USP4-213	ENST00000488520	LST1	O00453	97 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	TAX1BP3	O14907	124 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	TRAC	P01848	142 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	MOBP	Q13875	183 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		5.08	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PPM0	123 aa		5.07	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		5.07	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		5.07	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		5.07	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520		Q8NBF4	154 aa		5.07	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	TCL1B	O95988	128 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	NDUFV3	P56181	108 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	MPLKIP	Q8TAP9	179 aa		5.06	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520		H3BMG7	143 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520		Q6JHZ5	121 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	RETNLB	Q9BQ08	111 aa		5.05	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	SPINK1	P00995	79 aa		5.04	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	SMIM29	Q86T20	159 aa		5.04	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	SPCS1	Q9Y6A9	102 aa		5.04	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	UBE2V1	Q13404	147 aa		5.03	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		5.03	□□□□□ -1.6
USP4-213	ENST00000488520		C9JAW5	83 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	GTF2H5	Q6ZYL4	71 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	MUC17	Q685J3	4493 aa		5.02	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	RBM3	P98179	157 aa	Known RBP	5.01	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	DSCR8	Q96T75	97 aa		5.01	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		5	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	CD164	Q04900	197 aa		5	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	LIMD2	Q9BT23	127 aa		5	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	IGLV8-61	A0A075B6I0	122 aa		4.99	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GV72	72 aa		4.99	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	IGFL1	Q6UW32	110 aa		4.98	□□□□□ -1.61

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