RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	ESRG	Q1W209	222 aa		3.72	□□□□□ -1.81
ATG4A-208	ENST00000489247	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		3.72	□□□□□ -1.81
ATG4A-208	ENST00000489247	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.72	□□□□□ -1.81
ATG4A-208	ENST00000489247	MGAM2	Q2M2H8	2515 aa		3.72	□□□□□ -1.81
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLV5-37	A0A075B6J1	123 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV3OR2-268	A0A0C4DH90	116 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		F8WDY8	70 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	C6orf226	Q5I0X4	101 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	UPK3B	Q9BT76	320 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP4-4	Q9BYR3	166 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PKD1L1	Q8TDX9	2849 aa		3.71	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	NBEAL1	Q6ZS30	2694 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAV13-2	A0A0B4J235	113 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BMG7	143 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TCL1B	O95988	128 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	CCL18	P55774	89 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	CLPSL2	Q6UWE3	100 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		Q75L30	129 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	WFDC10B	Q8IUB3	73 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	DAND5	Q8N907	189 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TOMM7	Q9P0U1	55 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	KLK12	Q9UKR0	248 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	NOTCH1	P46531	2555 aa		3.7	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TENM3	Q9P273	2699 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2-28	A0A075B6P5	120 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFC2	O95298	119 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2D-28	P01615	120 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	CRP	P02741	224 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL13A	P40429	203 aa	Known RBP	3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	C2orf48	Q96LS8	159 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	B9D2	Q9BPU9	175 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH7	Q8WXX0	4024 aa		3.69	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		K7ERU9	68 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	LST1	O00453	97 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	COX6C	P09669	75 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00158	P58513	81 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	CKS1B	P61024	79 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	SPAG11B	Q08648	103 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	ATXN8	Q156A1	80 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2W	Q96B02	151 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		3.68	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PLEC	Q15149	4684 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAC	P01848	142 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	SCGB1C2	P0DMR2	95 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PSMB2	P49721	201 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	NPC2	P61916	151 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	WFDC2	Q14508	124 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP21-3	Q3LHN1	58 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC01620	Q4KN68	170 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	C2orf82	Q6UX34	121 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00337	Q8N6G1	96 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	C15orf56	Q8N910	161 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00588	Q9Y4M8	146 aa		3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	PRKDC	P78527	4128 aa	Known RBP	3.67	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A0U1RRA0	63 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BT86	120 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	GAGE2B	Q13066	116 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247		Q1RN00	199 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	GAGE2E	Q4V326	116 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	DEFB121	Q5J5C9	76 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	GAGE2A	Q6NT46	116 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	TEN1	Q86WV5	123 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	CARD19	Q96LW7	228 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		3.66	□□□□□ -1.82
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2D-30	A0A075B6S6	120 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		H0YGX0	51 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		H7C2G1	150 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC25A20	O43772	301 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	PFN2	P35080	140 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		3.65	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1B0GX51	115 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		J3QR89	54 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	ETDB	Q3ZM63	59 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	C6orf223	Q8N319	242 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	ANKRD29	Q8N6D5	301 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM11B	Q8TCY0	68 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	MRAP	Q8TCY5	172 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	PPDPFL	Q8WWR9	84 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	RMI2	Q96E14	147 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM126A	Q9H061	195 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	APLN	Q9ULZ1	77 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH6	Q9C0G6	4158 aa		3.64	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	STAB2	Q8WWQ8	2551 aa		3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		C9JAW5	83 aa		3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLV6-57	P01721	117 aa		3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		Q8NDZ9	215 aa		3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00167	Q96N53	147 aa		3.63	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	STARD9	Q9P2P6	4700 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		3.62	□□□□□ -1.83

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