RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	C14orf178	Q8N769	122 aa	Predicted RBP	5.9	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		Q8N8P6	123 aa		5.9	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IBA57-AS1	B1ANH7	110 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		K7EMI3	77 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	CRP	P02741	224 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IGLC6	P0CF74	106 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	CNFN	Q9BYD5	112 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	JPT2	Q9H910	190 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	FAM30A	Q9NZY2	134 aa		5.89	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	LOC107984156	A0A0G2JMH3	177 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	LINC01549	A6NIU2	74 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		F8VRH5	84 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	SLC25A20	O43772	301 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-30	P01768	117 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-33	P01772	117 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	LINC00694	P0DN24	101 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-30-3	P0DP02	117 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	AMN1	Q8IY45	258 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	MAPKAPK5-AS1	Q8N8E1	139 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	NTN5	Q8WTR8	489 aa	Predicted RBP	5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	PPDPF	Q9H3Y8	114 aa		5.88	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TRBV6-8	A0A0A6YYG3	113 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TCL1B	O95988	128 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	PAPPA-AS1	Q5QFB9	102 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	LYZL1	Q6UWQ5	148 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZSN1	163 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	KIR2DL4	Q99706	377 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	CHCHD5	Q9BSY4	110 aa		5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	5.87	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	UBE2L6	O14933	153 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	UQCRQ	O14949	82 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	PPP1R17	O96001	155 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	ACYP1	P07311	99 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TMEM101	Q96IK0	257 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		Q9HAA7	133 aa		5.86	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	C14orf177	Q52M58	125 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	NEXN-AS1	Q8NBZ9	246 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		A0A087WTM6	91 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	CDK2AP2	O75956	126 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	ATXN8	Q156A1	80 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	TMEM170B	Q5T4T1	132 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	PRO1854	Q9UHT4	67 aa		5.85	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	VPS13D	Q5THJ4	4388 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		A4D1N5	150 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		H3BT86	120 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		M0QY20	66 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	HERVK_113	P61574	105 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		Q6ZRN7	208 aa	Predicted RBP	5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	ZNF575	Q86XF7	245 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285	RNF185	Q96GF1	192 aa		5.84	□□□□□ -1.47
USP3-208	ENST00000558285		A0A0B4J2C4	111 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TRBV10-2	A0A0K0K1G8	114 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		C9JAW5	83 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	ANG	P03950	147 aa	Known RBP	5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	MIA	Q16674	131 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	ORMDL2	Q53FV1	153 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	BAALC	Q8WXS3	180 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	UBE2W	Q96B02	151 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TMEM243	Q9BU79	118 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	KLK12	Q9UKR0	248 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	KIF25-AS1	Q9Y6Z4	181 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	DNAH6	Q9C0G6	4158 aa		5.83	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	IGKV2D-24	A0A075B6R9	120 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	IGLV5-52	A0A0A0MRZ9	124 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	ZNF815P	A8K554	130 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	HYDIN	Q4G0P3	5121 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		H7C423	109 aa		5.82	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	KMT2A	Q03164	3969 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	CXCL5	P42830	114 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	LINC01620	Q4KN68	170 aa		5.81	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	CFC1B	P0CG36	223 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	CFC1	P0CG37	223 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	CRYGA	P11844	174 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		Q8N814	137 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TOMM6	Q96B49	74 aa		5.8	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		A0A1B0GUV1	79 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	SMKR1	H3BMG3	65 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		I3L3M4	83 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	HERVK_113	P63121	156 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	PMVK	Q15126	192 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	BIRC6	Q9NR09	4857 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285	TMEM258	P61165	79 aa		5.79	□□□□□ -1.48
USP3-208	ENST00000558285		Q9UF83	564 aa		5.79	□□□□□ -1.48

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