RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589706.1

SMAD4-208, Transcript of SMAD family member 4, human

TSL 3

Gene SMAD4, Length 563 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SMAD4-208	ENST00000589706	LITAF	Q99732	161 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	C16orf95	Q9H693	158 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM14B	Q9NUH8	114 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM14C	Q9P0S9	112 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		J3QT63	122 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	LST1	O00453	97 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	CXCL13	O43927	109 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFA3	O95167	84 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	FSTL3	O95633	263 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHG2	P01859	326 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	DLX1	P56177	255 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	HILS1	P60008	231 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	PRCD	Q00LT1	54 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	PLGLA	Q15195	96 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SPINK9	Q5DT21	86 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		Q6ZRU5	148 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	CNEP1R1	Q8N9A8	125 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	VSIG2	Q96IQ7	327 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	CNFN	Q9BYD5	112 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SRXN1	Q9BYN0	137 aa		4.24	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	IGLV2-18	A0A075B6J9	118 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A0J9YX75	114 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM223	A0PJW6	202 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	NDUFC1	O43677	76 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM222A	Q5U5X8	452 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SFTA2	Q6UW10	78 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	LYZL1	Q6UWQ5	148 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	PRR15	Q8IV56	129 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC01561	Q8N1V8	128 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	RNF182	Q8N6D2	247 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	DCANP1	Q8TF63	244 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		Q9H3A6	140 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC25A15	Q9Y619	301 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	PRR14L	Q5THK1	2151 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	IGKV1OR2-108	A0A075B7D4	117 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV26-2	A0A0B4J265	109 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV41	A0A0B4J266	112 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV1-69D	A0A0B4J2H0	117 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV7-6	A0A0J9YX20	115 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SDHAF1	A6NFY7	115 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		K7EQG2	157 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	SS18L1	O75177	396 aa	Predicted RBP	4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	IGHV3-13	P01766	116 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706		Q1RN00	199 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM30B	Q3MIR4	351 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	FAM216B	Q8N7L0	139 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	BRK1	Q8WUW1	75 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TOMM6	Q96B49	74 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	RNF185	Q96GF1	192 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TMEM243	Q9BU79	118 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	TENM3	Q9P273	2699 aa		4.22	□□□□□ -1.73
SMAD4-208	ENST00000589706	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf86	A6NJI1	115 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	C12orf77	C9JDV5	145 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	LY6H	O94772	140 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RNASE2	P10153	161 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF32	P17041	273 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ERH	P84090	104 aa	Known RBP	4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ERCC8	Q13216	396 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	C11orf71	Q6IPW1	123 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	PATE2	Q6UY27	113 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00305	Q7Z4B0	112 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	PRNT	Q86SH4	94 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	SMCR5	Q8TEV8	140 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RETN	Q9HD89	108 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ESM1	Q9NQ30	184 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ICOS	Q9Y6W8	199 aa		4.21	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706		A0A0U1RQV1	116 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	PLAC8L1	A1L4L8	177 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	PPP1R17	O96001	155 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	FXYD7	P58549	80 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	BSPH1	Q075Z2	132 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	SCGB3A1	Q96QR1	104 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	TRBV19	A0A075B6N1	114 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	TRAV3	A0A0B4J244	114 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1B	A6NDE4	496 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1E	A6NEQ0	496 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	IQCF6	A8MYZ5	107 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	EFNA2	O43921	213 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	PRB2	P02812	416 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1D	P0C7P1	496 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1A1	P0DJD3	496 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1C	P0DJD4	496 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RBMY1F	Q15415	496 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	RHOH	Q15669	191 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	SLC50A1	Q9BRV3	221 aa		4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	FGF23	Q9GZV9	251 aa	Predicted RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SMAD4-208	ENST00000589706	ZNF580	Q9UK33	172 aa		4.19	□□□□□ -1.74

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