RNA–Protein interactions for RNA: YKR029C

SET3, Transcript of Defining member of the SET3 histone deacetylase complex, yeast

Gene SET3, Length 2,256 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SET3	YKR029C	PML39	Q03760	334 aa		4.32	□□□□□ -1.72
SET3	YKR029C	DBP1	P24784	617 aa	Known RBP	4.32	□□□□□ -1.72
SET3	YKR029C	GYP5	Q12344	894 aa		4.32	□□□□□ -1.72
SET3	YKR029C	DCW1	P36091	449 aa		4.3	□□□□□ -1.72
SET3	YKR029C	YMR1	P47147	688 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.3	□□□□□ -1.72	not detected
SET3	YKR029C	GAR1	P28007	205 aa	Known RBP	4.27	□□□□□ -1.73
SET3	YKR029C	YFR006W	P43590	535 aa		4.26	□□□□□ -1.73
SET3	YKR029C	PEX29	Q03370	554 aa		4.25	□□□□□ -1.73
SET3	YKR029C	YML082W	Q04533	649 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
SET3	YKR029C	MRM1	P25270	412 aa		4.23	□□□□□ -1.73
SET3	YKR029C	AMS1	P22855	1083 aa		4.2	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	4.19	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	BNI4	P53858	892 aa		4.18	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	MTC5	Q03897	1148 aa		4.18	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	STS1	P38637	319 aa		4.17	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	VPS29	P38759	282 aa		4.17	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	HAP5	Q02516	242 aa		4.16	□□□□□ -1.74
SET3	YKR029C	MID1	P41821	548 aa		4.12	□□□□□ -1.75
SET3	YKR029C	BRE2	P43132	505 aa		4.12	□□□□□ -1.75
SET3	YKR029C	GCR2	Q01722	534 aa		4.11	□□□□□ -1.75
SET3	YKR029C	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	4.1	□□□□□ -1.75
SET3	YKR029C	YAH1	Q12184	172 aa	Known RBP	4.09	□□□□□ -1.75
SET3	YKR029C	RTG3	P38165	486 aa		4.02	□□□□□ -1.77
SET3	YKR029C	GYP1	Q08484	637 aa		4	□□□□□ -1.77
SET3	YKR029C	YEL077C	Q3E7X8	1277 aa		4	□□□□□ -1.77
SET3	YKR029C	GRE2	Q12068	342 aa	Known RBP	3.97	□□□□□ -1.77
SET3	YKR029C	MET22	P32179	357 aa		3.96	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	ENV9	Q08651	330 aa		3.95	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	YPR015C	Q12531	247 aa		3.94	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	SDH2	P21801	266 aa		3.93	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	YLR271W	Q06152	274 aa		3.93	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	SAS4	Q04003	481 aa		3.91	□□□□□ -1.78
SET3	YKR029C	MPC54	Q08550	464 aa		3.9	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	NMA111	P53920	997 aa		3.89	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	NST1	P53935	1240 aa		3.87	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	YDL176W	Q12027	708 aa		3.87	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	YDR444W	Q04093	687 aa		3.86	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	AI4	P03878	556 aa		3.86	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	MPH3	P0CE00	602 aa		3.86	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	RAM1	P22007	431 aa		3.86	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	GUT1	P32190	709 aa		3.85	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	ATH1	P48016	1211 aa		3.85	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	AIR1	P40507	360 aa	Known RBP	3.84	□□□□□ -1.79
SET3	YKR029C	MRF1	P30775	413 aa	Predicted RBP	3.83	□□□□□ -1.8
SET3	YKR029C	NRD1	P53617	575 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.81	□□□□□ -1.8	not detected
SET3	YKR029C	ILV3	P39522	585 aa	Known RBP	3.77	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	DPL1	Q05567	589 aa		3.77	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	LCB5	Q06147	687 aa	Known RBP	3.77	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	RCR1	P38212	213 aa		3.75	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	CLA4	P48562	842 aa		3.75	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	SOL3	P38858	249 aa		3.75	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	CDC4	P07834	779 aa		3.73	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	TRK2	P28584	889 aa		3.72	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	ISU2	Q12056	156 aa		3.72	□□□□□ -1.81
SET3	YKR029C	ERG12	P07277	443 aa		3.7	□□□□□ -1.82
SET3	YKR029C	LSB3	P43603	459 aa	Known RBP	3.7	□□□□□ -1.82
SET3	YKR029C	PTC3	P34221	468 aa	Known RBP	3.69	□□□□□ -1.82
SET3	YKR029C	CST9	Q06032	482 aa		3.68	□□□□□ -1.82
SET3	YKR029C	CST6	P40535	587 aa		3.65	□□□□□ -1.82
SET3	YKR029C	MIF2	P35201	549 aa		3.64	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	SLI15	P38283	698 aa		3.64	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	PUS1	Q12211	544 aa	Known RBP	3.63	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	PDR1	P12383	1068 aa		3.63	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	ARP8	Q12386	881 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.63	□□□□□ -1.83	not detected
SET3	YKR029C	ICP55	P40051	511 aa		3.62	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	YGR035C	P53222	116 aa		3.62	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	LAM6	Q08001	693 aa		3.61	□□□□□ -1.83
SET3	YKR029C	EDS1	P38073	919 aa		3.59	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	RRD1	P40454	393 aa	Known RBP	3.59	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	CAF120	P53836	1060 aa		3.59	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	PRT1	P06103	763 aa	Known RBP	3.58	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	BFR2	Q06631	534 aa	Known RBP	3.56	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	ACO2	P39533	789 aa		3.56	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	YGR273C	P53329	174 aa		3.55	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	MGA2	P40578	1113 aa		3.55	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	FRK1	Q03002	865 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	BUD20	Q08004	166 aa	Predicted RBP	3.53	□□□□□ -1.84
SET3	YKR029C	HED1	Q03937	162 aa		3.53	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	YPR204W	Q08995	1032 aa		3.52	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	ASH1	P34233	588 aa		3.51	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	PHM7	Q12252	991 aa		3.5	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	HPF1	Q05164	967 aa		3.49	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	CDC73	Q06697	393 aa		3.49	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	AFT1	P22149	690 aa		3.48	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	HST3	P53687	447 aa		3.48	□□□□□ -1.85
SET3	YKR029C	BDP1	P46678	594 aa		3.45	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	MAK11	P20484	414 aa	Known RBP	3.44	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	SPT16	P32558	1035 aa	Known RBP	3.44	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	YJR115W	P47152	169 aa		3.42	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	MET32	Q12041	191 aa		3.42	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	SSP1	P38871	571 aa		3.41	□□□□□ -1.86
SET3	YKR029C	COQ8	P27697	501 aa		3.39	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	STR2	P47164	639 aa		3.39	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	SBP1	P10080	294 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	YIR007W	P40566	764 aa		3.38	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	ISM1	P48526	1002 aa		3.38	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	CCT8	P47079	568 aa	Known RBP	3.37	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	YLR346C	Q06139	101 aa		3.37	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	KEX1	P09620	729 aa		3.35	□□□□□ -1.87
SET3	YKR029C	RPP1B	P10622	106 aa	Known RBP	3.35	□□□□□ -1.87

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