RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637667.1

CLN6-222, Transcript of CLN6, transmembrane ER protein, human

TSL 1 (best)

Gene CLN6, Length 874 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN6-222	ENST00000637667	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		34.82	■■■■□ 3.16
CLN6-222	ENST00000637667	CUL7	Q14999	1698 aa		34.77	■■■■□ 3.16
CLN6-222	ENST00000637667	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		34.72	■■■■□ 3.15
CLN6-222	ENST00000637667	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		34.71	■■■■□ 3.15
CLN6-222	ENST00000637667	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	34.45	■■■■□ 3.11
CLN6-222	ENST00000637667	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	34.41	■■■■□ 3.1
CLN6-222	ENST00000637667	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		34.4	■■■■□ 3.1
CLN6-222	ENST00000637667	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		34.39	■■■■□ 3.1
CLN6-222	ENST00000637667	IQGAP2	Q13576	1575 aa		34.38	■■■■□ 3.09
CLN6-222	ENST00000637667	PTPRG	P23470	1445 aa		34.38	■■■■□ 3.09
CLN6-222	ENST00000637667	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		34.38	■■■■□ 3.09
CLN6-222	ENST00000637667	MAPKBP1	O60336	1514 aa		34.34	■■■■□ 3.09
CLN6-222	ENST00000637667	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		34.33	■■■■□ 3.09
CLN6-222	ENST00000637667	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		34.3	■■■■□ 3.08
CLN6-222	ENST00000637667	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		34.3	■■■■□ 3.08
CLN6-222	ENST00000637667	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	34.3	■■■■□ 3.08
CLN6-222	ENST00000637667	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		34.29	■■■■□ 3.08
CLN6-222	ENST00000637667	DISP1	Q96F81	1524 aa		34.23	■■■■□ 3.07
CLN6-222	ENST00000637667	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		34.2	■■■■□ 3.06
CLN6-222	ENST00000637667	DIP2B	Q9P265	1576 aa		34.18	■■■■□ 3.06
CLN6-222	ENST00000637667	ABCC2	Q92887	1545 aa		34.14	■■■■□ 3.06
CLN6-222	ENST00000637667	UACA	Q9BZF9	1416 aa		34.12	■■■■□ 3.05
CLN6-222	ENST00000637667	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		34.11	■■■■□ 3.05
CLN6-222	ENST00000637667	PRX	Q9BXM0	1461 aa		34.1	■■■■□ 3.05
CLN6-222	ENST00000637667	KIAA0556	O60303	1618 aa		34.06	■■■■□ 3.04
CLN6-222	ENST00000637667	ASXL2	Q76L83	1435 aa		34.02	■■■■□ 3.04
CLN6-222	ENST00000637667	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		34	■■■■□ 3.03
CLN6-222	ENST00000637667	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		33.99	■■■■□ 3.03
CLN6-222	ENST00000637667	GOLGA3	Q08378	1498 aa		33.95	■■■■□ 3.03
CLN6-222	ENST00000637667	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		33.95	■■■■□ 3.03
CLN6-222	ENST00000637667	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		33.91	■■■■□ 3.02
CLN6-222	ENST00000637667	TSPOAP1	O95153	1857 aa		33.87	■■■■□ 3.01
CLN6-222	ENST00000637667	GLI2	P10070	1586 aa		33.86	■■■■□ 3.01
CLN6-222	ENST00000637667	KDM6B	O15054	1643 aa		33.82	■■■■□ 3
CLN6-222	ENST00000637667	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	33.82	■■■■□ 3
CLN6-222	ENST00000637667	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	33.8	■■■■□ 3
CLN6-222	ENST00000637667	EEA1	Q15075	1411 aa		33.79	■■■■□ 3
CLN6-222	ENST00000637667	ABCA8	O94911	1581 aa		33.76	■■■□□ 2.99
CLN6-222	ENST00000637667	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		33.71	■■■□□ 2.99
CLN6-222	ENST00000637667	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	33.7	■■■□□ 2.99
CLN6-222	ENST00000637667	P3H3	Q8IVL6	736 aa		33.69	■■■□□ 2.98
CLN6-222	ENST00000637667	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	33.66	■■■□□ 2.98
CLN6-222	ENST00000637667	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		33.64	■■■□□ 2.98
CLN6-222	ENST00000637667	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		33.6	■■■□□ 2.97
CLN6-222	ENST00000637667	SAMD9	Q5K651	1589 aa		33.58	■■■□□ 2.97
CLN6-222	ENST00000637667	KCNH8	Q96L42	1107 aa		33.56	■■■□□ 2.96
CLN6-222	ENST00000637667	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	33.54	■■■□□ 2.96
CLN6-222	ENST00000637667	ARID3C	A6NKF2	412 aa		33.53	■■■□□ 2.96
CLN6-222	ENST00000637667	ATP10B	O94823	1461 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	33.5	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	CD109	Q6YHK3	1445 aa		33.5	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		33.47	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	KIF21B	O75037	1637 aa		33.46	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		33.45	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		33.45	■■■□□ 2.95
CLN6-222	ENST00000637667	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		33.42	■■■□□ 2.94
CLN6-222	ENST00000637667	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		33.42	■■■□□ 2.94
CLN6-222	ENST00000637667	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		33.4	■■■□□ 2.94
CLN6-222	ENST00000637667	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	33.33	■■■□□ 2.93
CLN6-222	ENST00000637667	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	33.32	■■■□□ 2.92
CLN6-222	ENST00000637667	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	33.32	■■■□□ 2.92
CLN6-222	ENST00000637667	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		33.32	■■■□□ 2.92
CLN6-222	ENST00000637667	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	33.27	■■■□□ 2.92
CLN6-222	ENST00000637667	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		33.27	■■■□□ 2.92
CLN6-222	ENST00000637667	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		33.23	■■■□□ 2.91
CLN6-222	ENST00000637667	ADGRL1	O94910	1474 aa		33.21	■■■□□ 2.91
CLN6-222	ENST00000637667	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		33.18	■■■□□ 2.9
CLN6-222	ENST00000637667	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		33.16	■■■□□ 2.9
CLN6-222	ENST00000637667	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		33.16	■■■□□ 2.9
CLN6-222	ENST00000637667	NEO1	Q92859	1461 aa		33.09	■■■□□ 2.89
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		33.06	■■■□□ 2.88
CLN6-222	ENST00000637667	FMN1	Q68DA7	1419 aa		33.04	■■■□□ 2.88
CLN6-222	ENST00000637667	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	33.02	■■■□□ 2.88
CLN6-222	ENST00000637667	RAPGEF3	O95398	923 aa		33.01	■■■□□ 2.87
CLN6-222	ENST00000637667	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	32.97	■■■□□ 2.87
CLN6-222	ENST00000637667	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	32.97	■■■□□ 2.87	2e-6	■■■■□ 19.9
CLN6-222	ENST00000637667	HECW1	Q76N89	1606 aa		32.92	■■■□□ 2.86
CLN6-222	ENST00000637667	FANCA	O15360	1455 aa		32.9	■■■□□ 2.86
CLN6-222	ENST00000637667	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		32.9	■■■□□ 2.86
CLN6-222	ENST00000637667	AKNA	Q7Z591	1439 aa		32.89	■■■□□ 2.86
CLN6-222	ENST00000637667	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		32.88	■■■□□ 2.85
CLN6-222	ENST00000637667	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
CLN6-222	ENST00000637667	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
CLN6-222	ENST00000637667	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	32.85	■■■□□ 2.85
CLN6-222	ENST00000637667	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		32.83	■■■□□ 2.85
CLN6-222	ENST00000637667	PLCH2	O75038	1416 aa		32.79	■■■□□ 2.84
CLN6-222	ENST00000637667	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	RICTOR	Q6R327	1708 aa		32.74	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	32.72	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		32.72	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		32.71	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	CLIP1	P30622	1438 aa		32.7	■■■□□ 2.83
CLN6-222	ENST00000637667	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		32.69	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	KIF14	Q15058	1648 aa		32.68	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	32.66	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		32.66	■■■□□ 2.82
CLN6-222	ENST00000637667	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		32.65	■■■□□ 2.82

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.8 ms