RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636853.1

CLN3-251, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 2,289 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-251ENST00000636853 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.7■■□□□ 1.386e-6■■■■□ 25.1
CLN3-251ENST00000636853 PBRM1Q86U86 1689 aa23.68■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 FHOD3Q2V2M9 1422 aa23.68■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 WDR62O43379 1518 aa23.68■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 EFCAB5A4FU69 1503 aa23.66■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 FHAD1B1AJZ9 1412 aa23.65■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 ERCC6Q03468 1493 aa23.65■■□□□ 1.38
CLN3-251ENST00000636853 TIAM1Q13009 1591 aa23.63■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP23.62■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 IFT140Q96RY7 1462 aa23.61■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP23.6■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 MAP3K1Q13233 1512 aa23.6■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP23.59■■□□□ 1.37
CLN3-251ENST00000636853 GRIN2BQ13224 1484 aa23.57■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 ADAMTS12P58397 1594 aa23.56■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP23.55■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa23.53■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP23.53■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 SAMD9Q5K651 1589 aa23.52■■□□□ 1.36
CLN3-251ENST00000636853 FYCO1Q9BQS8 1478 aa23.52■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 CFAP43Q8NDM7 1665 aa23.51■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa23.51■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 FMN1Q68DA7 1419 aa23.49■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 CCNB3Q8WWL7 1395 aa23.48■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP23.46■■□□□ 1.35
CLN3-251ENST00000636853 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa23.44■■□□□ 1.34
CLN3-251ENST00000636853 IQGAP2Q13576 1575 aa23.42■■□□□ 1.34
CLN3-251ENST00000636853 PHLDB1Q86UU1 1377 aa23.41■■□□□ 1.34
CLN3-251ENST00000636853 ITGAEP38570 1179 aa23.39■■□□□ 1.34
CLN3-251ENST00000636853 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa23.35■■□□□ 1.33
CLN3-251ENST00000636853 GRIN2AQ12879 1464 aa23.31■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP23.29■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 UGGT2Q9NYU1 1516 aa23.28■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP23.28■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 MTUS2Q5JR59 1369 aa23.28■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa23.27■■□□□ 1.32
CLN3-251ENST00000636853 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-251ENST00000636853 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-251ENST00000636853 FBLN2P98095 1184 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-251ENST00000636853 SYNJ2O15056 1496 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-251ENST00000636853 DISP1Q96F81 1524 aa23.19■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 HECW1Q76N89 1606 aa23.19■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 CEP170Q5SW79 1584 aa23.18■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 KIAA0556O60303 1618 aa23.17■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 CCDC18Q5T9S5 1454 aa23.17■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 NCOA2Q15596 1464 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa23.16■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 FGD6Q6ZV73 1430 aa23.15■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa23.15■■□□□ 1.3
CLN3-251ENST00000636853 ARID3CA6NKF2 412 aa23.14■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 CLSPNQ9HAW4 1339 aa23.14■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP23.14■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP23.12■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 SETD5Q9C0A6 1442 aa23.11■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP23.11■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP23.1■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 NUP160Q12769 1436 aa23.08■■□□□ 1.29
CLN3-251ENST00000636853 MYOM3Q5VTT5 1437 aa23.08■■□□□ 1.28
CLN3-251ENST00000636853 ARHGEF11O15085 1522 aa23.04■■□□□ 1.28
CLN3-251ENST00000636853 JPH4Q96JJ6 628 aa23.03■■□□□ 1.28
CLN3-251ENST00000636853 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa23.02■■□□□ 1.28
CLN3-251ENST00000636853 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP23.02■■□□□ 1.28
CLN3-251ENST00000636853 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP23.01■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 PTPRKQ15262 1439 aa22.99■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 PTPN23Q9H3S7 1636 aa22.98■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.98■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa22.97■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 MAPKBP1O60336 1514 aa22.96■■□□□ 1.27
CLN3-251ENST00000636853 PLB1Q6P1J6 1458 aa22.95■■□□□ 1.26
CLN3-251ENST00000636853 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP22.89■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 CHD1O14646 1710 aa22.88■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP22.87■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 HFM1A2PYH4 1435 aa22.87■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 MIA2Q96PC5 1412 aa22.86■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 NAIPQ13075 1403 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-251ENST00000636853 CHIC2Q9UKJ5 165 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 SIN3AQ96ST3 1273 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 ABCA8O94911 1581 aa22.79■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 NEUROD1Q13562 356 aa22.77■■□□□ 1.24
CLN3-251ENST00000636853 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP22.75■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 UACAQ9BZF9 1416 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 KIF14Q15058 1648 aa22.74■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 PTPRGP23470 1445 aa22.73■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 ATP10BO94823 1461 aa22.72■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 GCC2Q8IWJ2 1684 aa22.71■■□□□ 1.23
CLN3-251ENST00000636853 ADCY10Q96PN6 1610 aa22.7■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 DAPK1P53355 1430 aa22.69■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 PLEKHD1A6NEE1 506 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 AKNAQ7Z591 1439 aa22.68■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 SHROOM2Q13796 1616 aa22.67■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 ABCC5O15440 1437 aa22.67■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP22.67■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 KDM6BO15054 1643 aa22.67■■□□□ 1.22
CLN3-251ENST00000636853 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP22.66■■□□□ 1.22
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