RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000619151.4

BRF1-221, Transcript of BRF1, RNA polymerase III transcription initiation factor subunit, human

TSL 5 BASIC

Gene BRF1, Length 1,530 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
BRF1-221	ENST00000619151	CLIP1	P30622	1438 aa		44.06	■■■■■ 4.64
BRF1-221	ENST00000619151	NUP160	Q12769	1436 aa		44.01	■■■■■ 4.64
BRF1-221	ENST00000619151	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		43.99	■■■■■ 4.63
BRF1-221	ENST00000619151	CEP170	Q5SW79	1584 aa		43.93	■■■■■ 4.62
BRF1-221	ENST00000619151	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		43.83	■■■■■ 4.61
BRF1-221	ENST00000619151	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		43.78	■■■■■ 4.6
BRF1-221	ENST00000619151	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		43.77	■■■■■ 4.6
BRF1-221	ENST00000619151	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	43.73	■■■■■ 4.59
BRF1-221	ENST00000619151	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		43.68	■■■■■ 4.58
BRF1-221	ENST00000619151	IQGAP2	Q13576	1575 aa		43.65	■■■■■ 4.58
BRF1-221	ENST00000619151	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		43.61	■■■■■ 4.57
BRF1-221	ENST00000619151	ARAP1	Q96P48	1450 aa		43.6	■■■■■ 4.57
BRF1-221	ENST00000619151	JPH4	Q96JJ6	628 aa		43.59	■■■■■ 4.57
BRF1-221	ENST00000619151	SHROOM2	Q13796	1616 aa		43.53	■■■■■ 4.56
BRF1-221	ENST00000619151	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		43.53	■■■■■ 4.56
BRF1-221	ENST00000619151	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		43.49	■■■■■ 4.55
BRF1-221	ENST00000619151	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	43.39	■■■■■ 4.54
BRF1-221	ENST00000619151	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	43.32	■■■■■ 4.53
BRF1-221	ENST00000619151	DISP1	Q96F81	1524 aa		43.32	■■■■■ 4.52
BRF1-221	ENST00000619151	SAMD9	Q5K651	1589 aa		43.3	■■■■■ 4.52
BRF1-221	ENST00000619151	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		43.3	■■■■■ 4.52
BRF1-221	ENST00000619151	APLP2	Q06481	763 aa		43.29	■■■■■ 4.52
BRF1-221	ENST00000619151	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		43.23	■■■■■ 4.51
BRF1-221	ENST00000619151	KIAA0556	O60303	1618 aa		43.22	■■■■■ 4.51
BRF1-221	ENST00000619151	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		43.22	■■■■■ 4.51
BRF1-221	ENST00000619151	ARHGEF11	O15085	1522 aa		43.2	■■■■■ 4.51
BRF1-221	ENST00000619151	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		43.19	■■■■■ 4.51
BRF1-221	ENST00000619151	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		43.17	■■■■■ 4.5
BRF1-221	ENST00000619151	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	43.15	■■■■■ 4.5
BRF1-221	ENST00000619151	P3H3	Q8IVL6	736 aa		43.14	■■■■■ 4.5
BRF1-221	ENST00000619151	FMN1	Q68DA7	1419 aa		43.12	■■■■■ 4.49
BRF1-221	ENST00000619151	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		43.07	■■■■■ 4.49
BRF1-221	ENST00000619151	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		43.07	■■■■■ 4.49
BRF1-221	ENST00000619151	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		43.07	■■■■■ 4.49
BRF1-221	ENST00000619151	PTPRG	P23470	1445 aa		43.01	■■■■■ 4.48
BRF1-221	ENST00000619151	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	43	■■■■■ 4.47
BRF1-221	ENST00000619151	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		43	■■■■■ 4.47
BRF1-221	ENST00000619151	MAP3K1	Q13233	1512 aa		42.98	■■■■■ 4.47
BRF1-221	ENST00000619151	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		42.98	■■■■■ 4.47
BRF1-221	ENST00000619151	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	42.87	■■■■■ 4.45
BRF1-221	ENST00000619151	TIAM1	Q13009	1591 aa		42.86	■■■■■ 4.45
BRF1-221	ENST00000619151	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		42.82	■■■■■ 4.44
BRF1-221	ENST00000619151	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		42.77	■■■■■ 4.44
BRF1-221	ENST00000619151	UACA	Q9BZF9	1416 aa		42.74	■■■■■ 4.43
BRF1-221	ENST00000619151	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	42.74	■■■■■ 4.43
BRF1-221	ENST00000619151	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		42.73	■■■■■ 4.43
BRF1-221	ENST00000619151	ABCA8	O94911	1581 aa		42.72	■■■■■ 4.43
BRF1-221	ENST00000619151	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	42.7	■■■■■ 4.43
BRF1-221	ENST00000619151	HECW1	Q76N89	1606 aa		42.69	■■■■■ 4.42
BRF1-221	ENST00000619151	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		42.68	■■■■■ 4.42
BRF1-221	ENST00000619151	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		42.65	■■■■■ 4.42
BRF1-221	ENST00000619151	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		42.64	■■■■■ 4.42
BRF1-221	ENST00000619151	ABCC2	Q92887	1545 aa		42.63	■■■■■ 4.41
BRF1-221	ENST00000619151	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		42.62	■■■■■ 4.41
BRF1-221	ENST00000619151	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		42.57	■■■■■ 4.4
BRF1-221	ENST00000619151	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	42.53	■■■■■ 4.4
BRF1-221	ENST00000619151	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		42.52	■■■■■ 4.4
BRF1-221	ENST00000619151	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		42.45	■■■■■ 4.39
BRF1-221	ENST00000619151	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	42.44	■■■■■ 4.39
BRF1-221	ENST00000619151	ATP10B	O94823	1461 aa		42.41	■■■■■ 4.38
BRF1-221	ENST00000619151	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		42.4	■■■■■ 4.38
BRF1-221	ENST00000619151	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		42.38	■■■■■ 4.37
BRF1-221	ENST00000619151	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	42.36	■■■■■ 4.37
BRF1-221	ENST00000619151	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	42.34	■■■■■ 4.37
BRF1-221	ENST00000619151	ARID3C	A6NKF2	412 aa		42.32	■■■■■ 4.37
BRF1-221	ENST00000619151	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	42.3	■■■■■ 4.36
BRF1-221	ENST00000619151	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	42.28	■■■■■ 4.36
BRF1-221	ENST00000619151	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	42.24	■■■■■ 4.35
BRF1-221	ENST00000619151	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	42.23	■■■■■ 4.35
BRF1-221	ENST00000619151	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	42.23	■■■■■ 4.35
BRF1-221	ENST00000619151	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		42.21	■■■■■ 4.35
BRF1-221	ENST00000619151	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		42.2	■■■■■ 4.35
BRF1-221	ENST00000619151	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	42.18	■■■■■ 4.34
BRF1-221	ENST00000619151	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		42.17	■■■■■ 4.34
BRF1-221	ENST00000619151	MAPKBP1	O60336	1514 aa		42.16	■■■■■ 4.34
BRF1-221	ENST00000619151	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		42.14	■■■■■ 4.34
BRF1-221	ENST00000619151	NCOA2	Q15596	1464 aa		42.13	■■■■■ 4.34
BRF1-221	ENST00000619151	ASXL2	Q76L83	1435 aa		42.12	■■■■■ 4.33
BRF1-221	ENST00000619151	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		42.05	■■■■■ 4.32
BRF1-221	ENST00000619151	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	42.02	■■■■■ 4.32
BRF1-221	ENST00000619151	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		42	■■■■■ 4.31
BRF1-221	ENST00000619151	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		41.97	■■■■■ 4.31
BRF1-221	ENST00000619151	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	41.97	■■■■■ 4.31	3e-6	■■■■■ 37.9
BRF1-221	ENST00000619151	HRC	P23327	699 aa		41.91	■■■■■ 4.3
BRF1-221	ENST00000619151	KCNH8	Q96L42	1107 aa		41.89	■■■■■ 4.3
BRF1-221	ENST00000619151	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	41.85	■■■■■ 4.29
BRF1-221	ENST00000619151	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		41.85	■■■■■ 4.29
BRF1-221	ENST00000619151	MIA2	Q96PC5	1412 aa		41.81	■■■■■ 4.28
BRF1-221	ENST00000619151	KIF14	Q15058	1648 aa		41.79	■■■■■ 4.28
BRF1-221	ENST00000619151	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		41.77	■■■■■ 4.28
BRF1-221	ENST00000619151	GLI2	P10070	1586 aa		41.77	■■■■■ 4.28
BRF1-221	ENST00000619151	DIP2B	Q9P265	1576 aa		41.77	■■■■■ 4.28
BRF1-221	ENST00000619151	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	41.73	■■■■■ 4.27	2e-7	■■■■■ 33.4
BRF1-221	ENST00000619151	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	41.73	■■■■■ 4.27
BRF1-221	ENST00000619151	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		41.73	■■■■■ 4.27
BRF1-221	ENST00000619151	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		41.71	■■■■■ 4.27
BRF1-221	ENST00000619151	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		41.7	■■■■■ 4.27
BRF1-221	ENST00000619151	ITGAE	P38570	1179 aa		41.69	■■■■■ 4.27
BRF1-221	ENST00000619151	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	41.66	■■■■■ 4.26
BRF1-221	ENST00000619151	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		41.64	■■■■■ 4.26

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