RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF27	Q86VH2	1401 aa		43.74	■■■■■ 4.59
PTPRF-216	ENST00000617451	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		43.63	■■■■■ 4.58
PTPRF-216	ENST00000617451	CUL7	Q14999	1698 aa		43.62	■■■■■ 4.57
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		43.54	■■■■■ 4.56
PTPRF-216	ENST00000617451	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	43.5	■■■■■ 4.55
PTPRF-216	ENST00000617451	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	43.47	■■■■■ 4.55
PTPRF-216	ENST00000617451	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		43.46	■■■■■ 4.55
PTPRF-216	ENST00000617451	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		43.43	■■■■■ 4.54
PTPRF-216	ENST00000617451	MAPKBP1	O60336	1514 aa		43.41	■■■■■ 4.54
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		43.4	■■■■■ 4.54
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		43.38	■■■■■ 4.53
PTPRF-216	ENST00000617451	PTPRG	P23470	1445 aa		43.26	■■■■■ 4.52
PTPRF-216	ENST00000617451	DIP2B	Q9P265	1576 aa		43.25	■■■■■ 4.51
PTPRF-216	ENST00000617451	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		43.2	■■■■■ 4.51
PTPRF-216	ENST00000617451	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		43.16	■■■■■ 4.5
PTPRF-216	ENST00000617451	IQGAP2	Q13576	1575 aa		43.16	■■■■■ 4.5
PTPRF-216	ENST00000617451	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	43.12	■■■■■ 4.49
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCC2	Q92887	1545 aa		43.03	■■■■■ 4.48
PTPRF-216	ENST00000617451	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		43.03	■■■■■ 4.48
PTPRF-216	ENST00000617451	DISP1	Q96F81	1524 aa		43	■■■■■ 4.47
PTPRF-216	ENST00000617451	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		42.95	■■■■■ 4.47
PTPRF-216	ENST00000617451	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		42.92	■■■■■ 4.46
PTPRF-216	ENST00000617451	TSPOAP1	O95153	1857 aa		42.91	■■■■■ 4.46
PTPRF-216	ENST00000617451	UACA	Q9BZF9	1416 aa		42.91	■■■■■ 4.46
PTPRF-216	ENST00000617451	KDM6B	O15054	1643 aa		42.89	■■■■■ 4.46
PTPRF-216	ENST00000617451	ASXL2	Q76L83	1435 aa		42.89	■■■■■ 4.46
PTPRF-216	ENST00000617451	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		42.87	■■■■■ 4.45
PTPRF-216	ENST00000617451	GLI2	P10070	1586 aa		42.78	■■■■■ 4.44
PTPRF-216	ENST00000617451	KIAA0556	O60303	1618 aa		42.77	■■■■■ 4.44
PTPRF-216	ENST00000617451	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		42.76	■■■■■ 4.44
PTPRF-216	ENST00000617451	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	42.66	■■■■■ 4.42
PTPRF-216	ENST00000617451	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	42.63	■■■■■ 4.42
PTPRF-216	ENST00000617451	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	42.61	■■■■■ 4.41
PTPRF-216	ENST00000617451	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		42.61	■■■■■ 4.41
PTPRF-216	ENST00000617451	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		42.59	■■■■■ 4.41
PTPRF-216	ENST00000617451	PRX	Q9BXM0	1461 aa		42.59	■■■■■ 4.41
PTPRF-216	ENST00000617451	GOLGA3	Q08378	1498 aa		42.55	■■■■■ 4.4
PTPRF-216	ENST00000617451	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		42.52	■■■■■ 4.4
PTPRF-216	ENST00000617451	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		42.45	■■■■■ 4.39
PTPRF-216	ENST00000617451	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	42.43	■■■■■ 4.38
PTPRF-216	ENST00000617451	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCA8	O94911	1581 aa		42.41	■■■■■ 4.38
PTPRF-216	ENST00000617451	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		42.24	■■■■■ 4.35
PTPRF-216	ENST00000617451	KCNH8	Q96L42	1107 aa		42.24	■■■■■ 4.35
PTPRF-216	ENST00000617451	CD109	Q6YHK3	1445 aa		42.21	■■■■■ 4.35
PTPRF-216	ENST00000617451	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		42.2	■■■■■ 4.35
PTPRF-216	ENST00000617451	ADGRL1	O94910	1474 aa		42.18	■■■■■ 4.34
PTPRF-216	ENST00000617451	P3H3	Q8IVL6	736 aa		42.18	■■■■■ 4.34
PTPRF-216	ENST00000617451	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		42.17	■■■■■ 4.34
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	42.17	■■■■■ 4.34
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP10B	O94823	1461 aa		42.09	■■■■■ 4.33
PTPRF-216	ENST00000617451	ARID3C	A6NKF2	412 aa		42.06	■■■■■ 4.32
PTPRF-216	ENST00000617451	SAMD9	Q5K651	1589 aa		42.05	■■■■■ 4.32
PTPRF-216	ENST00000617451	EEA1	Q15075	1411 aa		42.01	■■■■■ 4.32
PTPRF-216	ENST00000617451	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		41.91	■■■■■ 4.3
PTPRF-216	ENST00000617451	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		41.87	■■■■■ 4.29
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		41.85	■■■■■ 4.29
PTPRF-216	ENST00000617451	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	41.82	■■■■■ 4.29
PTPRF-216	ENST00000617451	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	41.79	■■■■■ 4.28
PTPRF-216	ENST00000617451	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		41.79	■■■■■ 4.28
PTPRF-216	ENST00000617451	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	41.79	■■■■■ 4.28
PTPRF-216	ENST00000617451	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	41.79	■■■■■ 4.28
PTPRF-216	ENST00000617451	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		41.78	■■■■■ 4.28
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF21B	O75037	1637 aa		41.68	■■■■■ 4.26
PTPRF-216	ENST00000617451	NEO1	Q92859	1461 aa		41.67	■■■■■ 4.26
PTPRF-216	ENST00000617451	RAPGEF3	O95398	923 aa		41.63	■■■■■ 4.25
PTPRF-216	ENST00000617451	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		41.62	■■■■■ 4.25
PTPRF-216	ENST00000617451	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		41.62	■■■■■ 4.25
PTPRF-216	ENST00000617451	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		41.6	■■■■■ 4.25
PTPRF-216	ENST00000617451	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		41.48	■■■■■ 4.23
PTPRF-216	ENST00000617451	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	41.42	■■■■■ 4.22
PTPRF-216	ENST00000617451	AKNA	Q7Z591	1439 aa		41.39	■■■■■ 4.22
PTPRF-216	ENST00000617451	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	41.39	■■■■■ 4.22
PTPRF-216	ENST00000617451	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		41.39	■■■■■ 4.22
PTPRF-216	ENST00000617451	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	41.38	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	FANCA	O15360	1455 aa		41.38	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	41.38	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		41.36	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		41.35	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	41.34	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		41.33	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	PTPRM	P28827	1452 aa		41.33	■■■■■ 4.21
PTPRF-216	ENST00000617451	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		41.32	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	RICTOR	Q6R327	1708 aa		41.3	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	41.3	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	FMN1	Q68DA7	1419 aa		41.27	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		41.27	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		41.26	■■■■■ 4.2
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		41.25	■■■■■ 4.19
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	41.21	■■■■■ 4.19
PTPRF-216	ENST00000617451	PLCH2	O75038	1416 aa		41.19	■■■■■ 4.18
PTPRF-216	ENST00000617451	HECW1	Q76N89	1606 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PTPRF-216	ENST00000617451	MADD	Q8WXG6	1647 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PTPRF-216	ENST00000617451	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		41.18	■■■■■ 4.18
PTPRF-216	ENST00000617451	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	41.12	■■■■■ 4.17
PTPRF-216	ENST00000617451	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PTPRF-216	ENST00000617451	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PTPRF-216	ENST00000617451	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		41.1	■■■■■ 4.17
PTPRF-216	ENST00000617451	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		41.09	■■■■■ 4.17
PTPRF-216	ENST00000617451	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		41.06	■■■■■ 4.16

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