RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-216	ENST00000601816	JPH4	Q96JJ6	628 aa		44.78	■■■■■ 4.76
PNKP-216	ENST00000601816	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	44.76	■■■■■ 4.76
PNKP-216	ENST00000601816	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		44.7	■■■■■ 4.75
PNKP-216	ENST00000601816	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		44.66	■■■■■ 4.74
PNKP-216	ENST00000601816	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		44.38	■■■■■ 4.69
PNKP-216	ENST00000601816	IQGAP2	Q13576	1575 aa		44.31	■■■■■ 4.68
PNKP-216	ENST00000601816	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		44.23	■■■■■ 4.67
PNKP-216	ENST00000601816	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		44.16	■■■■■ 4.66
PNKP-216	ENST00000601816	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	44.15	■■■■■ 4.66
PNKP-216	ENST00000601816	PTPRG	P23470	1445 aa		44.15	■■■■■ 4.66
PNKP-216	ENST00000601816	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		44.12	■■■■■ 4.65
PNKP-216	ENST00000601816	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	44.06	■■■■■ 4.64
PNKP-216	ENST00000601816	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		44.05	■■■■■ 4.64
PNKP-216	ENST00000601816	PRX	Q9BXM0	1461 aa		44.05	■■■■■ 4.64
PNKP-216	ENST00000601816	DISP1	Q96F81	1524 aa		44.04	■■■■■ 4.64
PNKP-216	ENST00000601816	MAPKBP1	O60336	1514 aa		44.02	■■■■■ 4.64
PNKP-216	ENST00000601816	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		43.97	■■■■■ 4.63
PNKP-216	ENST00000601816	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		43.95	■■■■■ 4.63
PNKP-216	ENST00000601816	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		43.9	■■■■■ 4.62
PNKP-216	ENST00000601816	KIAA0556	O60303	1618 aa		43.9	■■■■■ 4.62
PNKP-216	ENST00000601816	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		43.85	■■■■■ 4.61
PNKP-216	ENST00000601816	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		43.84	■■■■■ 4.61
PNKP-216	ENST00000601816	ABCC2	Q92887	1545 aa		43.83	■■■■■ 4.61
PNKP-216	ENST00000601816	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		43.83	■■■■■ 4.61
PNKP-216	ENST00000601816	UACA	Q9BZF9	1416 aa		43.82	■■■■■ 4.61
PNKP-216	ENST00000601816	DIP2B	Q9P265	1576 aa		43.81	■■■■■ 4.6
PNKP-216	ENST00000601816	EEA1	Q15075	1411 aa		43.81	■■■■■ 4.6
PNKP-216	ENST00000601816	GOLGA3	Q08378	1498 aa		43.77	■■■■■ 4.6
PNKP-216	ENST00000601816	ASXL2	Q76L83	1435 aa		43.63	■■■■■ 4.57
PNKP-216	ENST00000601816	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		43.61	■■■■■ 4.57
PNKP-216	ENST00000601816	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		43.61	■■■■■ 4.57
PNKP-216	ENST00000601816	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	43.57	■■■■■ 4.57
PNKP-216	ENST00000601816	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	43.51	■■■■■ 4.56
PNKP-216	ENST00000601816	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		43.51	■■■■■ 4.56
PNKP-216	ENST00000601816	ABCA8	O94911	1581 aa		43.46	■■■■■ 4.55
PNKP-216	ENST00000601816	GLI2	P10070	1586 aa		43.44	■■■■■ 4.54
PNKP-216	ENST00000601816	TSPOAP1	O95153	1857 aa		43.44	■■■■■ 4.54
PNKP-216	ENST00000601816	P3H3	Q8IVL6	736 aa		43.4	■■■■■ 4.54
PNKP-216	ENST00000601816	KIF21B	O75037	1637 aa		43.39	■■■■■ 4.54
PNKP-216	ENST00000601816	SAMD9	Q5K651	1589 aa		43.38	■■■■■ 4.54
PNKP-216	ENST00000601816	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	43.36	■■■■■ 4.53
PNKP-216	ENST00000601816	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		43.31	■■■■■ 4.52
PNKP-216	ENST00000601816	KDM6B	O15054	1643 aa		43.3	■■■■■ 4.52
PNKP-216	ENST00000601816	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	43.24	■■■■■ 4.51
PNKP-216	ENST00000601816	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	43.22	■■■■■ 4.51
PNKP-216	ENST00000601816	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		43.21	■■■■■ 4.51
PNKP-216	ENST00000601816	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		43.12	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	ARID3C	A6NKF2	412 aa		43.11	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		43.11	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	ATP10B	O94823	1461 aa		43.1	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		43.09	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		43.09	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		43.07	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	KCNH8	Q96L42	1107 aa		43.07	■■■■■ 4.49
PNKP-216	ENST00000601816	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	43.06	■■■■■ 4.48
PNKP-216	ENST00000601816	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	43.05	■■■■■ 4.48
PNKP-216	ENST00000601816	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		42.98	■■■■■ 4.47
PNKP-216	ENST00000601816	CD109	Q6YHK3	1445 aa		42.97	■■■■■ 4.47
PNKP-216	ENST00000601816	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	42.94	■■■■■ 4.47
PNKP-216	ENST00000601816	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		42.92	■■■■■ 4.46
PNKP-216	ENST00000601816	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	42.9	■■■■■ 4.46
PNKP-216	ENST00000601816	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	42.9	■■■■■ 4.46
PNKP-216	ENST00000601816	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	42.89	■■■■■ 4.46
PNKP-216	ENST00000601816	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		42.76	■■■■■ 4.44
PNKP-216	ENST00000601816	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		42.75	■■■■■ 4.43
PNKP-216	ENST00000601816	FMN1	Q68DA7	1419 aa		42.7	■■■■■ 4.43
PNKP-216	ENST00000601816	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		42.68	■■■■■ 4.42
PNKP-216	ENST00000601816	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	42.59	■■■■■ 4.41
PNKP-216	ENST00000601816	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		42.58	■■■■■ 4.41
PNKP-216	ENST00000601816	HECW1	Q76N89	1606 aa		42.57	■■■■■ 4.41
PNKP-216	ENST00000601816	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		42.56	■■■■■ 4.4
PNKP-216	ENST00000601816	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		42.55	■■■■■ 4.4
PNKP-216	ENST00000601816	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	42.55	■■■■■ 4.4
PNKP-216	ENST00000601816	NEO1	Q92859	1461 aa		42.5	■■■■■ 4.39
PNKP-216	ENST00000601816	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	42.45	■■■■■ 4.39
PNKP-216	ENST00000601816	ADGRL1	O94910	1474 aa		42.43	■■■■■ 4.38
PNKP-216	ENST00000601816	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		42.39	■■■■■ 4.38
PNKP-216	ENST00000601816	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	42.36	■■■■■ 4.37
PNKP-216	ENST00000601816	FANCA	O15360	1455 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	RAPGEF3	O95398	923 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		42.31	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	CLIP1	P30622	1438 aa		42.3	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		42.29	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	42.28	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	AKNA	Q7Z591	1439 aa		42.27	■■■■■ 4.36
PNKP-216	ENST00000601816	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		42.25	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		42.24	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	42.24	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	42.21	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		42.2	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	KIF14	Q15058	1648 aa		42.2	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	PLCH2	O75038	1416 aa		42.2	■■■■■ 4.35
PNKP-216	ENST00000601816	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		42.16	■■■■■ 4.34
PNKP-216	ENST00000601816	RICTOR	Q6R327	1708 aa		42.12	■■■■■ 4.33
PNKP-216	ENST00000601816	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		42.12	■■■■■ 4.33
PNKP-216	ENST00000601816	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		42.05	■■■■■ 4.32
PNKP-216	ENST00000601816	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		42.02	■■■■■ 4.32
PNKP-216	ENST00000601816	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		42.01	■■■■■ 4.32
PNKP-216	ENST00000601816	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		42	■■■■■ 4.31
PNKP-216	ENST00000601816	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		41.98	■■■■■ 4.31

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