RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 CUL7Q14999 1698 aa38.71■■■■□ 3.79
CLN3-232ENST00000568443 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa38.67■■■■□ 3.78
CLN3-232ENST00000568443 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa38.62■■■■□ 3.77
CLN3-232ENST00000568443 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa38.58■■■■□ 3.77
CLN3-232ENST00000568443 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP38.32■■■■□ 3.72
CLN3-232ENST00000568443 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa38.28■■■■□ 3.72
CLN3-232ENST00000568443 IQGAP2Q13576 1575 aa38.23■■■■□ 3.71
CLN3-232ENST00000568443 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa38.23■■■■□ 3.71
CLN3-232ENST00000568443 PTPRGP23470 1445 aa38.21■■■■□ 3.71
CLN3-232ENST00000568443 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP38.19■■■■□ 3.7
CLN3-232ENST00000568443 ADCY10Q96PN6 1610 aa38.17■■■■□ 3.7
CLN3-232ENST00000568443 TNIKQ9UKE5 1360 aa38.15■■■■□ 3.7
CLN3-232ENST00000568443 KIF13AQ9H1H9 1805 aa38.08■■■■□ 3.69
CLN3-232ENST00000568443 MAPKBP1O60336 1514 aa38.07■■■■□ 3.68
CLN3-232ENST00000568443 FAM69CQ0P6D2 419 aa38.06■■■■□ 3.68
CLN3-232ENST00000568443 DISP1Q96F81 1524 aa38.02■■■■□ 3.68
CLN3-232ENST00000568443 ABCC10Q5T3U5 1492 aa38.02■■■■□ 3.68
CLN3-232ENST00000568443 UGGT2Q9NYU1 1516 aa38.01■■■■□ 3.67
CLN3-232ENST00000568443 PRXQ9BXM0 1461 aa37.96■■■■□ 3.67
CLN3-232ENST00000568443 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa37.9■■■■□ 3.66
CLN3-232ENST00000568443 ABCC2Q92887 1545 aa37.9■■■■□ 3.66
CLN3-232ENST00000568443 DIP2BQ9P265 1576 aa37.89■■■■□ 3.66
CLN3-232ENST00000568443 UACAQ9BZF9 1416 aa37.89■■■■□ 3.66
CLN3-232ENST00000568443 KIAA0556O60303 1618 aa37.87■■■■□ 3.65
CLN3-232ENST00000568443 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa37.86■■■■□ 3.65
CLN3-232ENST00000568443 CSRNP3Q8WYN3 585 aa37.85■■■■□ 3.65
CLN3-232ENST00000568443 GOLGA3Q08378 1498 aa37.78■■■■□ 3.64
CLN3-232ENST00000568443 ASXL2Q76L83 1435 aa37.75■■■■□ 3.63
CLN3-232ENST00000568443 PLB1Q6P1J6 1458 aa37.74■■■■□ 3.63
CLN3-232ENST00000568443 KDM5BQ9UGL1 1544 aa37.69■■■■□ 3.62
CLN3-232ENST00000568443 EEA1Q15075 1411 aa37.69■■■■□ 3.62
CLN3-232ENST00000568443 TSPOAP1O95153 1857 aa37.67■■■■□ 3.62
CLN3-232ENST00000568443 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP37.61■■■■□ 3.61
CLN3-232ENST00000568443 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP37.59■■■■□ 3.61
CLN3-232ENST00000568443 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP37.58■■■■□ 3.61
CLN3-232ENST00000568443 GLI2P10070 1586 aa37.57■■■■□ 3.6
CLN3-232ENST00000568443 P3H3Q8IVL6 736 aa37.55■■■■□ 3.6
CLN3-232ENST00000568443 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP37.51■■■■□ 3.59
CLN3-232ENST00000568443 ABCA8O94911 1581 aa37.51■■■■□ 3.59
CLN3-232ENST00000568443 KDM6BO15054 1643 aa37.5■■■■□ 3.59
CLN3-232ENST00000568443 CHIC1Q5VXU3 224 aa37.45■■■■□ 3.59
CLN3-232ENST00000568443 WDR7Q9Y4E6 1490 aa37.43■■■■□ 3.58
CLN3-232ENST00000568443 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP37.39■■■■□ 3.58
CLN3-232ENST00000568443 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP37.38■■■■□ 3.57
CLN3-232ENST00000568443 SAMD9Q5K651 1589 aa37.38■■■■□ 3.57
CLN3-232ENST00000568443 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa37.36■■■■□ 3.57
CLN3-232ENST00000568443 KCNH8Q96L42 1107 aa37.35■■■■□ 3.57
CLN3-232ENST00000568443 KIF21BO75037 1637 aa37.32■■■■□ 3.56
CLN3-232ENST00000568443 ARID3CA6NKF2 412 aa37.31■■■■□ 3.56
CLN3-232ENST00000568443 TEX14Q8IWB6 1497 aa37.29■■■■□ 3.56
CLN3-232ENST00000568443 ATP10BO94823 1461 aa37.25■■■■□ 3.55
CLN3-232ENST00000568443 CD109Q6YHK3 1445 aa37.2■■■■□ 3.55
CLN3-232ENST00000568443 EHMT2Q96KQ7 1210 aa37.2■■■■□ 3.55
CLN3-232ENST00000568443 FHOD3Q2V2M9 1422 aa37.19■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa37.18■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 UBTFP17480 764 aaKnown RBP37.18■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP37.16■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP37.16■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 CFAP43Q8NDM7 1665 aa37.15■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP37.15■■■■□ 3.54
CLN3-232ENST00000568443 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa37.11■■■■□ 3.53
CLN3-232ENST00000568443 EFCAB5A4FU69 1503 aa37.1■■■■□ 3.53
CLN3-232ENST00000568443 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP37.06■■■■□ 3.52
CLN3-232ENST00000568443 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa37.02■■■■□ 3.52
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHD1A6NEE1 506 aa36.95■■■■□ 3.51
CLN3-232ENST00000568443 ABCA9Q8IUA7 1624 aa36.93■■■■□ 3.5
CLN3-232ENST00000568443 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa36.83■■■■□ 3.49
CLN3-232ENST00000568443 PHLDB1Q86UU1 1377 aa36.83■■■■□ 3.49
CLN3-232ENST00000568443 ARAP3Q8WWN8 1544 aa36.82■■■■□ 3.48
CLN3-232ENST00000568443 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP36.82■■■■□ 3.48
CLN3-232ENST00000568443 FMN1Q68DA7 1419 aa36.82■■■■□ 3.48
CLN3-232ENST00000568443 ADGRL1O94910 1474 aa36.77■■■■□ 3.48
CLN3-232ENST00000568443 NEO1Q92859 1461 aa36.75■■■■□ 3.47
CLN3-232ENST00000568443 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP36.74■■■■□ 3.47
CLN3-232ENST00000568443 RAPGEF3O95398 923 aa36.68■■■■□ 3.46
CLN3-232ENST00000568443 HECW1Q76N89 1606 aa36.67■■■■□ 3.46
CLN3-232ENST00000568443 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP36.65■■■■□ 3.46
CLN3-232ENST00000568443 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP36.64■■■■□ 3.46
CLN3-232ENST00000568443 TTC37Q6PGP7 1564 aa36.57■■■■□ 3.45
CLN3-232ENST00000568443 FANCAO15360 1455 aa36.57■■■■□ 3.45
CLN3-232ENST00000568443 AKNAQ7Z591 1439 aa36.56■■■■□ 3.44
CLN3-232ENST00000568443 CFAP74Q9C0B2 1584 aa36.52■■■■□ 3.44
CLN3-232ENST00000568443 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP36.5■■■■□ 3.43
CLN3-232ENST00000568443 PLCH2O75038 1416 aa36.47■■■■□ 3.43
CLN3-232ENST00000568443 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa36.47■■■■□ 3.43
CLN3-232ENST00000568443 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa36.44■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP36.43■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 CLIP1P30622 1438 aa36.42■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa36.41■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa36.4■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 RICTORQ6R327 1708 aa36.39■■■■□ 3.42
CLN3-232ENST00000568443 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP36.38■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 KIF14Q15058 1648 aa36.37■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP36.36■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 CCDC18Q5T9S5 1454 aa36.36■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 MYO5CQ9NQX4 1742 aa36.35■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 SCAPERQ9BY12 1400 aa36.34■■■■□ 3.41
CLN3-232ENST00000568443 FYCO1Q9BQS8 1478 aa36.3■■■■□ 3.4
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa36.28■■■■□ 3.4
CLN3-232ENST00000568443 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa36.27■■■■□ 3.4
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.4 ms