RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	CUL7	Q14999	1698 aa		43.68	■■■■■ 4.58
NME3-208	ENST00000565379	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	43.67	■■■■■ 4.58
NME3-208	ENST00000565379	JPH4	Q96JJ6	628 aa		43.65	■■■■■ 4.58
NME3-208	ENST00000565379	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		43.56	■■■■■ 4.56
NME3-208	ENST00000565379	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		43.49	■■■■■ 4.55
NME3-208	ENST00000565379	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		43.19	■■■■■ 4.51
NME3-208	ENST00000565379	IQGAP2	Q13576	1575 aa		43.17	■■■■■ 4.5
NME3-208	ENST00000565379	EEA1	Q15075	1411 aa		43.16	■■■■■ 4.5
NME3-208	ENST00000565379	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		43.15	■■■■■ 4.5
NME3-208	ENST00000565379	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	43.09	■■■■■ 4.49
NME3-208	ENST00000565379	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	43.04	■■■■■ 4.48
NME3-208	ENST00000565379	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	43.02	■■■■■ 4.48
NME3-208	ENST00000565379	PTPRG	P23470	1445 aa		43.02	■■■■■ 4.48
NME3-208	ENST00000565379	DISP1	Q96F81	1524 aa		43	■■■■■ 4.47
NME3-208	ENST00000565379	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		42.98	■■■■■ 4.47
NME3-208	ENST00000565379	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		42.98	■■■■■ 4.47
NME3-208	ENST00000565379	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		42.97	■■■■■ 4.47
NME3-208	ENST00000565379	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		42.93	■■■■■ 4.46
NME3-208	ENST00000565379	PRX	Q9BXM0	1461 aa		42.92	■■■■■ 4.46
NME3-208	ENST00000565379	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		42.92	■■■■■ 4.46
NME3-208	ENST00000565379	MAPKBP1	O60336	1514 aa		42.89	■■■■■ 4.46
NME3-208	ENST00000565379	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		42.87	■■■■■ 4.45
NME3-208	ENST00000565379	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		42.85	■■■■■ 4.45
NME3-208	ENST00000565379	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		42.82	■■■■■ 4.45
NME3-208	ENST00000565379	KIAA0556	O60303	1618 aa		42.81	■■■■■ 4.44
NME3-208	ENST00000565379	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	42.79	■■■■■ 4.44
NME3-208	ENST00000565379	DIP2B	Q9P265	1576 aa		42.78	■■■■■ 4.44
NME3-208	ENST00000565379	ABCC2	Q92887	1545 aa		42.73	■■■■■ 4.43
NME3-208	ENST00000565379	UACA	Q9BZF9	1416 aa		42.71	■■■■■ 4.43
NME3-208	ENST00000565379	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		42.68	■■■■■ 4.42
NME3-208	ENST00000565379	ASXL2	Q76L83	1435 aa		42.57	■■■■■ 4.41
NME3-208	ENST00000565379	KIF21B	O75037	1637 aa		42.54	■■■■■ 4.4
NME3-208	ENST00000565379	GOLGA3	Q08378	1498 aa		42.52	■■■■■ 4.4
NME3-208	ENST00000565379	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		42.52	■■■■■ 4.4
NME3-208	ENST00000565379	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		42.51	■■■■■ 4.39
NME3-208	ENST00000565379	TSPOAP1	O95153	1857 aa		42.49	■■■■■ 4.39
NME3-208	ENST00000565379	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	42.46	■■■■■ 4.39
NME3-208	ENST00000565379	P3H3	Q8IVL6	736 aa		42.41	■■■■■ 4.38
NME3-208	ENST00000565379	ABCA8	O94911	1581 aa		42.39	■■■■■ 4.38
NME3-208	ENST00000565379	KDM6B	O15054	1643 aa		42.35	■■■■■ 4.37
NME3-208	ENST00000565379	GLI2	P10070	1586 aa		42.32	■■■■■ 4.37
NME3-208	ENST00000565379	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	42.31	■■■■■ 4.36
NME3-208	ENST00000565379	PPRC1	Q5VV67	1664 aa	Known RBP	42.28	■■■■■ 4.36
NME3-208	ENST00000565379	SAMD9	Q5K651	1589 aa		42.28	■■■■■ 4.36
NME3-208	ENST00000565379	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	42.25	■■■■■ 4.35
NME3-208	ENST00000565379	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		42.2	■■■■■ 4.35
NME3-208	ENST00000565379	ARID3C	A6NKF2	412 aa		42.2	■■■■■ 4.35
NME3-208	ENST00000565379	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	42.19	■■■■■ 4.34
NME3-208	ENST00000565379	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		42.16	■■■■■ 4.34
NME3-208	ENST00000565379	MAP3K4	Q9Y6R4	1608 aa		42.15	■■■■■ 4.34
NME3-208	ENST00000565379	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		42.09	■■■■■ 4.33
NME3-208	ENST00000565379	ATP10B	O94823	1461 aa		42.05	■■■■■ 4.32
NME3-208	ENST00000565379	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		42.05	■■■■■ 4.32
NME3-208	ENST00000565379	KCNH8	Q96L42	1107 aa		42.05	■■■■■ 4.32
NME3-208	ENST00000565379	COL17A1	Q9UMD9	1497 aa	Predicted RBP	42	■■■■■ 4.31
NME3-208	ENST00000565379	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		42	■■■■■ 4.31
NME3-208	ENST00000565379	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	41.91	■■■■■ 4.3
NME3-208	ENST00000565379	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		41.91	■■■■■ 4.3
NME3-208	ENST00000565379	CD109	Q6YHK3	1445 aa		41.89	■■■■■ 4.3
NME3-208	ENST00000565379	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		41.87	■■■■■ 4.29
NME3-208	ENST00000565379	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		41.86	■■■■■ 4.29
NME3-208	ENST00000565379	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		41.84	■■■■■ 4.29
NME3-208	ENST00000565379	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		41.8	■■■■■ 4.28
NME3-208	ENST00000565379	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	41.77	■■■■■ 4.28
NME3-208	ENST00000565379	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	41.77	■■■■■ 4.28
NME3-208	ENST00000565379	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		41.7	■■■■■ 4.27
NME3-208	ENST00000565379	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		41.68	■■■■■ 4.26
NME3-208	ENST00000565379	ADGRL1	O94910	1474 aa		41.62	■■■■■ 4.25
NME3-208	ENST00000565379	CLIP1	P30622	1438 aa		41.61	■■■■■ 4.25
NME3-208	ENST00000565379	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	41.6	■■■■■ 4.25
NME3-208	ENST00000565379	CEP162	Q5TB80	1403 aa		41.56	■■■■■ 4.24
NME3-208	ENST00000565379	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		41.5	■■■■■ 4.23
NME3-208	ENST00000565379	FMN1	Q68DA7	1419 aa		41.47	■■■■■ 4.23
NME3-208	ENST00000565379	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		41.46	■■■■■ 4.23
NME3-208	ENST00000565379	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	41.46	■■■■■ 4.23
NME3-208	ENST00000565379	HECW1	Q76N89	1606 aa		41.41	■■■■■ 4.22
NME3-208	ENST00000565379	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	41.41	■■■■■ 4.22	3e-22	■□□□□ 10.7
NME3-208	ENST00000565379	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		41.4	■■■■■ 4.22
NME3-208	ENST00000565379	NEO1	Q92859	1461 aa		41.36	■■■■■ 4.21
NME3-208	ENST00000565379	RAPGEF3	O95398	923 aa		41.35	■■■■■ 4.21
NME3-208	ENST00000565379	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		41.32	■■■■■ 4.21
NME3-208	ENST00000565379	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		41.3	■■■■■ 4.2
NME3-208	ENST00000565379	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		41.29	■■■■■ 4.2
NME3-208	ENST00000565379	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	41.25	■■■■■ 4.19
NME3-208	ENST00000565379	FANCA	O15360	1455 aa		41.22	■■■■■ 4.19
NME3-208	ENST00000565379	AKNA	Q7Z591	1439 aa		41.19	■■■■■ 4.18
NME3-208	ENST00000565379	KIF14	Q15058	1648 aa		41.19	■■■■■ 4.18
NME3-208	ENST00000565379	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		41.15	■■■■■ 4.18
NME3-208	ENST00000565379	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	41.13	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	41.12	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		41.11	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	RICTOR	Q6R327	1708 aa		41.1	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	PLCH2	O75038	1416 aa		41.1	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	41.09	■■■■■ 4.17
NME3-208	ENST00000565379	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		41.07	■■■■■ 4.16
NME3-208	ENST00000565379	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		41.06	■■■■■ 4.16
NME3-208	ENST00000565379	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		41.06	■■■■■ 4.16
NME3-208	ENST00000565379	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		41.02	■■■■■ 4.16
NME3-208	ENST00000565379	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		40.99	■■■■■ 4.15
NME3-208	ENST00000565379	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		40.98	■■■■■ 4.15

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