RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538333.3

LIMK1-208, Transcript of LIM domain kinase 1, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene LIMK1, Length 2,170 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMK1-208ENST00000538333 GAPVD1Q14C86 1478 aa21.08■□□□□ 0.97
LIMK1-208ENST00000538333 FHAD1B1AJZ9 1412 aa21.07■□□□□ 0.96
LIMK1-208ENST00000538333 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP21.07■□□□□ 0.96
LIMK1-208ENST00000538333 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP21.05■□□□□ 0.96
LIMK1-208ENST00000538333 CFAP43Q8NDM7 1665 aa21.03■□□□□ 0.96
LIMK1-208ENST00000538333 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa21■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 FHOD3Q2V2M9 1422 aa21■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 CCNB3Q8WWL7 1395 aa21■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP20.97■□□□□ 0.952e-6■■■■□ 23.4
LIMK1-208ENST00000538333 MRC2Q9UBG0 1479 aa20.97■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 FYCO1Q9BQS8 1478 aa20.97■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 P3H3Q8IVL6 736 aa20.96■□□□□ 0.95
LIMK1-208ENST00000538333 SAMD9Q5K651 1589 aa20.95■□□□□ 0.94
LIMK1-208ENST00000538333 PBRM1Q86U86 1689 aa20.95■□□□□ 0.94
LIMK1-208ENST00000538333 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa20.94■□□□□ 0.94
LIMK1-208ENST00000538333 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP20.9■□□□□ 0.94
LIMK1-208ENST00000538333 FMN1Q68DA7 1419 aa20.89■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa20.89■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 PHLDB1Q86UU1 1377 aa20.88■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 CLSPNQ9HAW4 1339 aa20.88■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 WDR62O43379 1518 aa20.86■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 ADAMTS12P58397 1594 aa20.85■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 ERCC6Q03468 1493 aa20.83■□□□□ 0.93
LIMK1-208ENST00000538333 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa20.81■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 IFT140Q96RY7 1462 aa20.8■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 GRIN2BQ13224 1484 aa20.8■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP20.79■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP20.79■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP20.79■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP20.78■□□□□ 0.92
LIMK1-208ENST00000538333 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP20.76■□□□□ 0.91
LIMK1-208ENST00000538333 IQGAP2Q13576 1575 aa20.75■□□□□ 0.91
LIMK1-208ENST00000538333 ITGAEP38570 1179 aa20.74■□□□□ 0.91
LIMK1-208ENST00000538333 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP20.72■□□□□ 0.91
LIMK1-208ENST00000538333 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa20.72■□□□□ 0.91
LIMK1-208ENST00000538333 SETD5Q9C0A6 1442 aa20.69■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP20.67■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP20.66■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 MTUS2Q5JR59 1369 aa20.66■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 FGD6Q6ZV73 1430 aa20.66■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 UGGT2Q9NYU1 1516 aa20.65■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa20.64■□□□□ 0.9
LIMK1-208ENST00000538333 MAPKBP1O60336 1514 aa20.63■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP20.62■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 CCDC18Q5T9S5 1454 aa20.62■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 HECW1Q76N89 1606 aa20.62■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 NCOA2Q15596 1464 aa20.61■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa20.6■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 ARHGEF11O15085 1522 aa20.6■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa20.59■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 GRIN2AQ12879 1464 aa20.58■□□□□ 0.89
LIMK1-208ENST00000538333 MYOM3Q5VTT5 1437 aa20.57■□□□□ 0.88
LIMK1-208ENST00000538333 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP20.55■□□□□ 0.88
LIMK1-208ENST00000538333 KIAA0556O60303 1618 aa20.55■□□□□ 0.88
LIMK1-208ENST00000538333 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP20.54■□□□□ 0.88
LIMK1-208ENST00000538333 DISP1Q96F81 1524 aa20.54■□□□□ 0.88
LIMK1-208ENST00000538333 PTPRKQ15262 1439 aa20.51■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 PTPN23Q9H3S7 1636 aa20.5■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP20.49■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 SYNJ2O15056 1496 aa20.48■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 HFM1A2PYH4 1435 aa20.47■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 CEP170Q5SW79 1584 aa20.46■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP20.46■□□□□ 0.87
LIMK1-208ENST00000538333 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa20.42■□□□□ 0.86
LIMK1-208ENST00000538333 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP20.41■□□□□ 0.86
LIMK1-208ENST00000538333 NAIPQ13075 1403 aa20.4■□□□□ 0.86
LIMK1-208ENST00000538333 NUP160Q12769 1436 aa20.39■□□□□ 0.86
LIMK1-208ENST00000538333 MIER1Q8N108 512 aa20.39■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 MIA2Q96PC5 1412 aa20.38■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP20.37■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 UACAQ9BZF9 1416 aa20.37■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 SIN3AQ96ST3 1273 aa20.35■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 GCC2Q8IWJ2 1684 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 NEUROD1Q13562 356 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMK1-208ENST00000538333 AKNAQ7Z591 1439 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMK1-208ENST00000538333 ARID3CA6NKF2 412 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMK1-208ENST00000538333 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
LIMK1-208ENST00000538333 FBLN2P98095 1184 aa20.28■□□□□ 0.84
LIMK1-208ENST00000538333 PLB1Q6P1J6 1458 aa20.27■□□□□ 0.84
LIMK1-208ENST00000538333 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa20.27■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 JPH4Q96JJ6 628 aa20.26■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP20.24■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP20.23■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 KDM6BO15054 1643 aa20.23■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP20.23■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 ADCY10Q96PN6 1610 aa20.23■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa20.22■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP20.21■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP20.21■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 CHIC2Q9UKJ5 165 aa20.21■□□□□ 0.83
LIMK1-208ENST00000538333 DAPK1P53355 1430 aa20.2■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 ABCA8O94911 1581 aa20.2■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP20.19■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 ITSN2Q9NZM3 1697 aa20.18■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 ROCK1Q13464 1354 aa20.18■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 KIF14Q15058 1648 aa20.17■□□□□ 0.82
LIMK1-208ENST00000538333 ABCC5O15440 1437 aa20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.7 ms