RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000399494.5

HMGB1-205, Transcript of high mobility group box 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 2 BASIC

Gene HMGB1, Length 1,282 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB1-205ENST00000399494 KIF27Q86VH2 1401 aa49.89■■■■■ 5.58
HMGB1-205ENST00000399494 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa49.81■■■■■ 5.56
HMGB1-205ENST00000399494 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP49.8■■■■■ 5.56
HMGB1-205ENST00000399494 KIF13AQ9H1H9 1805 aa49.76■■■■■ 5.56
HMGB1-205ENST00000399494 CUL7Q14999 1698 aa49.74■■■■■ 5.55
HMGB1-205ENST00000399494 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP49.72■■■■■ 5.55
HMGB1-205ENST00000399494 FAM69CQ0P6D2 419 aa49.61■■■■■ 5.53
HMGB1-205ENST00000399494 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa49.61■■■■■ 5.53
HMGB1-205ENST00000399494 ABCC10Q5T3U5 1492 aa49.6■■■■■ 5.53
HMGB1-205ENST00000399494 ADCY10Q96PN6 1610 aa49.6■■■■■ 5.53
HMGB1-205ENST00000399494 MAPKBP1O60336 1514 aa49.56■■■■■ 5.52
HMGB1-205ENST00000399494 PTPRGP23470 1445 aa49.41■■■■■ 5.5
HMGB1-205ENST00000399494 DIP2BQ9P265 1576 aa49.41■■■■■ 5.5
HMGB1-205ENST00000399494 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa49.31■■■■■ 5.48
HMGB1-205ENST00000399494 TNIKQ9UKE5 1360 aa49.29■■■■■ 5.48
HMGB1-205ENST00000399494 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP49.29■■■■■ 5.48
HMGB1-205ENST00000399494 IQGAP2Q13576 1575 aa49.24■■■■■ 5.47
HMGB1-205ENST00000399494 ABCC2Q92887 1545 aa49.13■■■■■ 5.45
HMGB1-205ENST00000399494 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa49.1■■■■■ 5.45
HMGB1-205ENST00000399494 DISP1Q96F81 1524 aa49.09■■■■■ 5.45
HMGB1-205ENST00000399494 TSPOAP1O95153 1857 aa49.05■■■■■ 5.44
HMGB1-205ENST00000399494 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa49.04■■■■■ 5.44
HMGB1-205ENST00000399494 KDM6BO15054 1643 aa49.01■■■■■ 5.44
HMGB1-205ENST00000399494 UACAQ9BZF9 1416 aa49■■■■■ 5.44
HMGB1-205ENST00000399494 ASXL2Q76L83 1435 aa49■■■■■ 5.43
HMGB1-205ENST00000399494 PLB1Q6P1J6 1458 aa48.97■■■■■ 5.43
HMGB1-205ENST00000399494 UGGT2Q9NYU1 1516 aa48.97■■■■■ 5.43
HMGB1-205ENST00000399494 GLI2P10070 1586 aa48.86■■■■■ 5.41
HMGB1-205ENST00000399494 KDM5BQ9UGL1 1544 aa48.82■■■■■ 5.41
HMGB1-205ENST00000399494 KIAA0556O60303 1618 aa48.8■■■■■ 5.4
HMGB1-205ENST00000399494 KDM4FA0A1W2PPD8 638 aa48.76■■■■■ 5.4
HMGB1-205ENST00000399494 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP48.74■■■■■ 5.39
HMGB1-205ENST00000399494 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP48.69■■■■■ 5.39
HMGB1-205ENST00000399494 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP48.65■■■■■ 5.38
HMGB1-205ENST00000399494 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa48.6■■■■■ 5.37
HMGB1-205ENST00000399494 PRXQ9BXM0 1461 aa48.56■■■■■ 5.36
HMGB1-205ENST00000399494 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa48.55■■■■■ 5.36
HMGB1-205ENST00000399494 GOLGA3Q08378 1498 aa48.54■■■■■ 5.36
HMGB1-205ENST00000399494 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP48.52■■■■■ 5.36
HMGB1-205ENST00000399494 WDR7Q9Y4E6 1490 aa48.45■■■■■ 5.35
HMGB1-205ENST00000399494 TEX14Q8IWB6 1497 aa48.44■■■■■ 5.35
HMGB1-205ENST00000399494 ABCA8O94911 1581 aa48.4■■■■■ 5.34
HMGB1-205ENST00000399494 KCNH8Q96L42 1107 aa48.3■■■■■ 5.32
HMGB1-205ENST00000399494 CD109Q6YHK3 1445 aa48.23■■■■■ 5.31
HMGB1-205ENST00000399494 ADGRL1O94910 1474 aa48.22■■■■■ 5.31
HMGB1-205ENST00000399494 CSRNP3Q8WYN3 585 aa48.2■■■■■ 5.31
HMGB1-205ENST00000399494 P3H3Q8IVL6 736 aa48.19■■■■■ 5.3
HMGB1-205ENST00000399494 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa48.18■■■■■ 5.3
HMGB1-205ENST00000399494 CFAP43Q8NDM7 1665 aa48.15■■■■■ 5.3
HMGB1-205ENST00000399494 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP48.15■■■■■ 5.3
HMGB1-205ENST00000399494 ATP10BO94823 1461 aa48.06■■■■■ 5.28
HMGB1-205ENST00000399494 ARID3CA6NKF2 412 aa48.05■■■■■ 5.28
HMGB1-205ENST00000399494 SAMD9Q5K651 1589 aa47.96■■■■■ 5.27
HMGB1-205ENST00000399494 EEA1Q15075 1411 aa47.86■■■■■ 5.25
HMGB1-205ENST00000399494 ARAP3Q8WWN8 1544 aa47.83■■■■■ 5.25
HMGB1-205ENST00000399494 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa47.81■■■■■ 5.24
HMGB1-205ENST00000399494 ABCA9Q8IUA7 1624 aa47.78■■■■■ 5.24
HMGB1-205ENST00000399494 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP47.75■■■■■ 5.23
HMGB1-205ENST00000399494 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP47.74■■■■■ 5.23
HMGB1-205ENST00000399494 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP47.74■■■■■ 5.23
HMGB1-205ENST00000399494 PHLDB1Q86UU1 1377 aa47.73■■■■■ 5.23
HMGB1-205ENST00000399494 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP47.68■■■■■ 5.22
HMGB1-205ENST00000399494 FHOD3Q2V2M9 1422 aa47.66■■■■■ 5.22
HMGB1-205ENST00000399494 KIF21BO75037 1637 aa47.61■■■■■ 5.21
HMGB1-205ENST00000399494 HECW2Q9P2P5 1572 aa47.59■■■■■ 5.21
HMGB1-205ENST00000399494 RAPGEF3O95398 923 aa47.59■■■■■ 5.21
HMGB1-205ENST00000399494 NEO1Q92859 1461 aa47.58■■■■■ 5.21
HMGB1-205ENST00000399494 PLEKHD1A6NEE1 506 aa47.52■■■■■ 5.2
HMGB1-205ENST00000399494 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP47.44■■■■■ 5.18
HMGB1-205ENST00000399494 EFCAB5A4FU69 1503 aa47.42■■■■■ 5.18
HMGB1-205ENST00000399494 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa47.36■■■■■ 5.17
HMGB1-205ENST00000399494 ADAMTSL3P82987 1691 aa47.29■■■■■ 5.16
HMGB1-205ENST00000399494 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP47.28■■■■■ 5.16
HMGB1-205ENST00000399494 AKNAQ7Z591 1439 aa47.27■■■■■ 5.16
HMGB1-205ENST00000399494 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP47.25■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 PTPRMP28827 1452 aa47.23■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 FANCAO15360 1455 aa47.22■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 UBTFP17480 764 aaKnown RBP47.22■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 EHMT2Q96KQ7 1210 aa47.22■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 ARID4BQ4LE39 1312 aaPredicted RBP47.21■■■■■ 5.15
HMGB1-205ENST00000399494 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP47.18■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 TTC37Q6PGP7 1564 aa47.16■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 BCORL1Q5H9F3 1711 aa47.16■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 RICTORQ6R327 1708 aa47.16■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 CHIC1Q5VXU3 224 aa47.15■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 CFAP74Q9C0B2 1584 aa47.13■■■■■ 5.14
HMGB1-205ENST00000399494 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa47.08■■■■■ 5.13
HMGB1-205ENST00000399494 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP47.07■■■■■ 5.13
HMGB1-205ENST00000399494 FMN1Q68DA7 1419 aa47.05■■■■■ 5.12
HMGB1-205ENST00000399494 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa47.05■■■■■ 5.12
HMGB1-205ENST00000399494 MADDQ8WXG6 1647 aa47.04■■■■■ 5.12
HMGB1-205ENST00000399494 PLCH2O75038 1416 aa47.03■■■■■ 5.12
HMGB1-205ENST00000399494 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa46.99■■■■■ 5.11
HMGB1-205ENST00000399494 HECW1Q76N89 1606 aa46.95■■■■■ 5.11
HMGB1-205ENST00000399494 YEATS2Q9ULM3 1422 aa46.95■■■■■ 5.11
HMGB1-205ENST00000399494 SCAPERQ9BY12 1400 aa46.94■■■■■ 5.1
HMGB1-205ENST00000399494 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP46.93■■■■■ 5.1
HMGB1-205ENST00000399494 MAGI2Q86UL8 1455 aa46.92■■■■■ 5.1
HMGB1-205ENST00000399494 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa46.9■■■■■ 5.1
HMGB1-205ENST00000399494 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa46.87■■■■■ 5.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.4 ms