RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 JPH4Q96JJ6 628 aa26.82■■□□□ 1.88
CLN3-201ENST00000333496 KIAA0586Q9BVV6 1533 aa26.8■■□□□ 1.88
CLN3-201ENST00000333496 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa26.77■■□□□ 1.88
CLN3-201ENST00000333496 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP26.77■■□□□ 1.88
CLN3-201ENST00000333496 CHIC1Q5VXU3 224 aa26.69■■□□□ 1.86
CLN3-201ENST00000333496 PRXQ9BXM0 1461 aa26.67■■□□□ 1.86
CLN3-201ENST00000333496 IQGAP2Q13576 1575 aa26.66■■□□□ 1.86
CLN3-201ENST00000333496 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa26.6■■□□□ 1.85
CLN3-201ENST00000333496 CSRNP3Q8WYN3 585 aa26.59■■□□□ 1.85
CLN3-201ENST00000333496 EEA1Q15075 1411 aa26.58■■□□□ 1.85
CLN3-201ENST00000333496 UGGT2Q9NYU1 1516 aa26.52■■□□□ 1.84
CLN3-201ENST00000333496 DISP1Q96F81 1524 aa26.5■■□□□ 1.83
CLN3-201ENST00000333496 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP26.49■■□□□ 1.83
CLN3-201ENST00000333496 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa26.49■■□□□ 1.83
CLN3-201ENST00000333496 ADCY10Q96PN6 1610 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-201ENST00000333496 TNIKQ9UKE5 1360 aa26.43■■□□□ 1.82
CLN3-201ENST00000333496 TRHP20396 242 aaPredicted RBP26.43■■□□□ 1.82
CLN3-201ENST00000333496 KIAA0556O60303 1618 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-201ENST00000333496 PTPRGP23470 1445 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-201ENST00000333496 KIF21BO75037 1637 aa26.38■■□□□ 1.81
CLN3-201ENST00000333496 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP26.37■■□□□ 1.81
CLN3-201ENST00000333496 GOLGA3Q08378 1498 aa26.31■■□□□ 1.8
CLN3-201ENST00000333496 KIF13AQ9H1H9 1805 aa26.26■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP26.25■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 MAPKBP1O60336 1514 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 UACAQ9BZF9 1416 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 UHRF1BP1LA0JNW5 1464 aa26.25■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 ABCC2Q92887 1545 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 SAMD9Q5K651 1589 aa26.23■■□□□ 1.79
CLN3-201ENST00000333496 EHMT2Q96KQ7 1210 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-201ENST00000333496 PLB1Q6P1J6 1458 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-201ENST00000333496 P3H3Q8IVL6 736 aa26.16■■□□□ 1.78
CLN3-201ENST00000333496 ABCA8O94911 1581 aa26.14■■□□□ 1.78
CLN3-201ENST00000333496 ABCC10Q5T3U5 1492 aa26.14■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 KDM5BQ9UGL1 1544 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 DIP2BQ9P265 1576 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 ZCCHC11Q5TAX3 1644 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP26.11■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 UBTFP17480 764 aaKnown RBP26.1■■□□□ 1.77
CLN3-201ENST00000333496 ASXL2Q76L83 1435 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-201ENST00000333496 FAM69CQ0P6D2 419 aa26.06■■□□□ 1.76
CLN3-201ENST00000333496 EFCAB5A4FU69 1503 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-201ENST00000333496 FHOD3Q2V2M9 1422 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-201ENST00000333496 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa25.99■■□□□ 1.75
CLN3-201ENST00000333496 TSPOAP1O95153 1857 aa25.97■■□□□ 1.75
CLN3-201ENST00000333496 GLI2P10070 1586 aa25.94■■□□□ 1.74
CLN3-201ENST00000333496 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa25.93■■□□□ 1.74
CLN3-201ENST00000333496 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP25.92■■□□□ 1.74
CLN3-201ENST00000333496 ATP10BO94823 1461 aa25.92■■□□□ 1.74
CLN3-201ENST00000333496 WDR7Q9Y4E6 1490 aa25.92■■□□□ 1.74
CLN3-201ENST00000333496 ARID3CA6NKF2 412 aa25.88■■□□□ 1.73
CLN3-201ENST00000333496 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP25.88■■□□□ 1.73
CLN3-201ENST00000333496 PPRC1Q5VV67 1664 aaKnown RBP25.87■■□□□ 1.73
CLN3-201ENST00000333496 MAP3K4Q9Y6R4 1608 aa25.86■■□□□ 1.73
CLN3-201ENST00000333496 KCNH8Q96L42 1107 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-201ENST00000333496 FMN1Q68DA7 1419 aa25.78■■□□□ 1.72
CLN3-201ENST00000333496 CFAP43Q8NDM7 1665 aa25.75■■□□□ 1.71
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP25.73■■□□□ 1.71
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP25.73■■□□□ 1.71
CLN3-201ENST00000333496 KDM6BO15054 1643 aa25.71■■□□□ 1.71
CLN3-201ENST00000333496 HECW1Q76N89 1606 aa25.7■■□□□ 1.71
CLN3-201ENST00000333496 CDK13Q14004 1512 aaKnown RBP25.7■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 CLIP1P30622 1438 aa25.69■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa25.69■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 CD109Q6YHK3 1445 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 ABCA9Q8IUA7 1624 aa25.67■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 TEX14Q8IWB6 1497 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-201ENST00000333496 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP25.63■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 PLEKHD1A6NEE1 506 aa25.63■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP25.62■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 COL17A1Q9UMD9 1497 aaPredicted RBP25.6■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.58■■□□□ 1.69
CLN3-201ENST00000333496 CEP162Q5TB80 1403 aa25.57■■□□□ 1.68
CLN3-201ENST00000333496 GEMIN5Q8TEQ6 1508 aaKnown RBP eCLIP25.54■■□□□ 1.68
CLN3-201ENST00000333496 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.51■■□□□ 1.68
CLN3-201ENST00000333496 TTC37Q6PGP7 1564 aa25.51■■□□□ 1.68
CLN3-201ENST00000333496 CCDC18Q5T9S5 1454 aa25.48■■□□□ 1.67
CLN3-201ENST00000333496 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP25.47■■□□□ 1.67
CLN3-201ENST00000333496 KIF14Q15058 1648 aa25.46■■□□□ 1.67
CLN3-201ENST00000333496 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP25.45■■□□□ 1.66
CLN3-201ENST00000333496 ARAP3Q8WWN8 1544 aa25.43■■□□□ 1.66
CLN3-201ENST00000333496 NEO1Q92859 1461 aa25.42■■□□□ 1.66
CLN3-201ENST00000333496 PHLDB1Q86UU1 1377 aa25.4■■□□□ 1.66
CLN3-201ENST00000333496 MYO5CQ9NQX4 1742 aa25.39■■□□□ 1.65
CLN3-201ENST00000333496 FANCAO15360 1455 aa25.36■■□□□ 1.65
CLN3-201ENST00000333496 PLCH2O75038 1416 aa25.36■■□□□ 1.65
CLN3-201ENST00000333496 CFAP74Q9C0B2 1584 aa25.36■■□□□ 1.65
CLN3-201ENST00000333496 AKNAQ7Z591 1439 aa25.33■■□□□ 1.65
CLN3-201ENST00000333496 FRMPD1Q5SYB0 1578 aa25.31■■□□□ 1.64
CLN3-201ENST00000333496 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa25.3■■□□□ 1.64
CLN3-201ENST00000333496 RAPGEF3O95398 923 aa25.3■■□□□ 1.64
CLN3-201ENST00000333496 RICTORQ6R327 1708 aa25.29■■□□□ 1.64
CLN3-201ENST00000333496 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa25.26■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 VPS8Q8N3P4 1428 aa25.26■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 PREX2Q70Z35 1606 aa25.25■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP25.24■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 ARHGAP5Q13017 1502 aa25.23■■□□□ 1.63
CLN3-201ENST00000333496 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa25.22■■□□□ 1.63
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