RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000268049.11

USP3-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene USP3, Length 5,311 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-201ENST00000268049 HDGFP51858 240 aaKnown RBP10.89□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP10.89□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP10.88□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 BICRAQ9NZM4 1560 aa10.88□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 TSPY4P0CV99 314 aa10.86□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 TSPY10P0CW01 314 aa10.86□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 KCNH8Q96L42 1107 aa10.86□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 PLEKHD1A6NEE1 506 aa10.85□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 ABCC8Q09428 1581 aa10.84□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa10.83□□□□□ -0.67
USP3-201ENST00000268049 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP10.83□□□□□ -0.68
USP3-201ENST00000268049 OSCARQ8IYS5 282 aa10.8□□□□□ -0.68
USP3-201ENST00000268049 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP10.79□□□□□ -0.68
USP3-201ENST00000268049 HMGXB3Q12766 1538 aa10.78□□□□□ -0.68
USP3-201ENST00000268049 GOLGA3Q08378 1498 aa10.78□□□□□ -0.68
USP3-201ENST00000268049 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP10.77□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 MTUS2Q5JR59 1369 aa10.77□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 CLIP1P30622 1438 aa10.76□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 NESP48681 1621 aa10.75□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 CARMIL2Q6F5E8 1435 aa10.75□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 ZBTB7CA1YPR0 619 aa10.73□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP10.72□□□□□ -0.691e-8■■■□□ 15.2
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USP3-201ENST00000268049 NPHP1O15259 732 aa10.71□□□□□ -0.69
USP3-201ENST00000268049 MRC2Q9UBG0 1479 aa10.7□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 CFTRP13569 1480 aa10.7□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP10.69□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP10.68□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 CYB5RLQ6IPT4 315 aa10.68□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 JPH4Q96JJ6 628 aa10.68□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 FGD5Q6ZNL6 1462 aa10.66□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 MLECQ14165 292 aa10.66□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 MEX3CQ5U5Q3 659 aaKnown RBP10.66□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 CLSPNQ9HAW4 1339 aa10.65□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 LMOD2Q6P5Q4 547 aa10.65□□□□□ -0.7
USP3-201ENST00000268049 TNIKQ9UKE5 1360 aa10.64□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 CHIC2Q9UKJ5 165 aa10.64□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 GAPVD1Q14C86 1478 aa10.64□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP10.64□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa10.64□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP10.63□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 NEUROD1Q13562 356 aa10.63□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 CEP162Q5TB80 1403 aa10.63□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP10.63□□□□□ -0.715e-8■■■□□ 17.4
USP3-201ENST00000268049 KANK1Q14678 1352 aa10.62□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa10.62□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa10.62□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 FHAD1B1AJZ9 1412 aa10.61□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 PLEKHG5O94827 1062 aa10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 IFT140Q96RY7 1462 aa10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 CCDC9Q9Y3X0 531 aaKnown RBP10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP10.6□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 EID1Q9Y6B2 187 aa10.59□□□□□ -0.71
USP3-201ENST00000268049 CANXP27824 592 aaKnown RBP10.58□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 GRIN2BQ13224 1484 aa10.57□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 TOPBP1Q92547 1522 aa10.56□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 PTPRGP23470 1445 aa10.55□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 BCL11AQ9H165 835 aa10.55□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 CCNB3Q8WWL7 1395 aa10.55□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP10.53□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 FMN1Q68DA7 1419 aa10.53□□□□□ -0.72
USP3-201ENST00000268049 IGF1RP08069 1367 aa10.52□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 PEG3Q9GZU2 1588 aa10.52□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 ARXQ96QS3 562 aa10.52□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 POGKQ9P215 609 aa10.51□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 ANP32EQ9BTT0 268 aa10.51□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa10.5□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa10.5□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP10.5□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 DNMBPQ6XZF7 1577 aa10.49□□□□□ -0.73
USP3-201ENST00000268049 FHOD3Q2V2M9 1422 aa10.46□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 NBR1Q14596 966 aa10.46□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP10.46□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 FAM69CQ0P6D2 419 aa10.45□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa10.45□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa10.45□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 CUX1P39880 1505 aa10.44□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 CDCA8Q53HL2 280 aa10.42□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 CSB-PGBD3P0DP91 1061 aa10.41□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP10.41□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP10.4□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 GOLGA2Q08379 1002 aa10.4□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 GGT6Q6P531 493 aa10.4□□□□□ -0.74
USP3-201ENST00000268049 SYNJ1O43426 1573 aa10.39□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 VPS8Q8N3P4 1428 aa10.39□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP10.39□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 TOP2BQ02880 1626 aa10.39□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 TONSLQ96HA7 1378 aa10.39□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 FKBP8Q14318 412 aa10.38□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 ANP32CO43423 234 aa10.38□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP10.37□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa10.37□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 CCDC18Q5T9S5 1454 aa10.37□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 CFAP53Q96M91 514 aa10.36□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa10.35□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa10.35□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 RSPH4AQ5TD94 716 aa10.35□□□□□ -0.75
USP3-201ENST00000268049 DMRT2Q9Y5R5 561 aa10.35□□□□□ -0.75
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