RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	PIEZO1	Q92508	2521 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV4-3	A0A075B6K6	122 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM223	A0PJW6	202 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	IGLL5	B9A064	214 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		K7ERU9	68 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CCL24	O00175	119 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-53	P01767	116 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RBX1	P62877	108 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	RRN3P1	Q2M238	152 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ODF3L2	Q3SX64	289 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	OCIAD2	Q56VL3	154 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CFAP126	Q5VTH2	177 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF479	Q96JC4	524 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	AMELX	Q99217	191 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	LINC01587	Q99440	93 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZZEF1	O43149	2961 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0J9YY99	117 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		J3QQQ9	107 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		K7ERJ3	54 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CIDEA	O60543	219 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFA7	O95182	113 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CD28	P10747	220 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF22	P17026	224 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2D1	P51668	147 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	KRTAP1-1	Q07627	177 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM170B	Q5T4T1	132 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	LYRM7	Q5U5X0	104 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	STH	Q8IWL8	128 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZNRF2	Q8NHG8	242 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	VCX2	Q9H322	139 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	KALRN	O60229	2985 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CHD8	Q9HCK8	2581 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	COTL1	Q14019	142 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A29	Q8N8R3	303 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	NAA38	Q9BRA0	125 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CHCHD7	Q9BUK0	85 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ESM1	Q9NQ30	184 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	YAE1D1	Q9NRH1	226 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	MUC4	Q99102	2169 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ITPR1	Q14643	2758 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV4	A0A0B4J268	109 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TINCR	A0A1B0GVN0	87 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM238	C9JI98	176 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		F8W1H4	67 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472		J3QKU1	62 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	PLA2G2A	P14555	144 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	C1orf158	Q8N1D5	194 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	LINC01006	Q8NI28	216 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF418	Q8TF45	676 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM263	Q8WUH6	116 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	MRPL16	Q9NX20	251 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-73	A0A0B4J1V6	119 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0J9YXV3	536 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV1-51	P01701	117 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-30	P01768	117 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV3-30-5	P0DP03	117 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	HTN1	P15515	57 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	EMP1	P54849	157 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	PROK1	P58294	105 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	TIRAP	P58753	221 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	HILS1	P60008	231 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	DAZ2	Q13117	558 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	C1QTNF4	Q9BXJ3	329 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	DCHS2	Q6V1P9	2916 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV5-45	A0A087WSX0	123 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0B4J2C4	111 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV1-58	A0A0C4DH39	117 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PRX2	142 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472		K7EQD1	137 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	TIMM17B	O60830	172 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	AZU1	P20160	251 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2D3	P61077	147 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	UBE2D2	P62837	147 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	RPL36A	P83881	106 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472		Q6ZSN1	163 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	FAM19A3	Q7Z5A8	133 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	DAZ4	Q86SG3	579 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFA11	Q86Y39	141 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	RPL36AL	Q969Q0	106 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	FAM104A	Q969W3	186 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	C16orf74	Q96GX8	76 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	OPRPN	Q99935	248 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	DAZ3	Q9NR90	486 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	PGPEP1	Q9NXJ5	209 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	XCL2	Q9UBD3	114 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CLN3-223	ENST00000566472	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69

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